斯派克在一场汽车人和霸天虎的斗争中受了伤，要救他必须进行一项危险性比较大的手术。千斤顶和救护车成功地将斯派克的思想传输到了一个机器人身上，以便让他的思想在他身体进行手术时仍能继续工作。对发生在自己身上的一切无法接受的汽车人斯派克把自己看成了一个科学怪兽，思想传输过程中的副作用使得他变得疯狂起来。威震天成功地影响了汽车人斯派克，并叫他加入到反对汽车人的行列中来。但结果却不如他所愿，手术后，斯派克的思想成功地传回到他的身体中，他又恢复了正常。

霸天虎在纽约市庞大的地铁隧道和排水系统中偷偷建立了一个地下基地，接着他们困住了擎天柱并使他失常。他们还将帝国大厦变成了他们的总部，给纽约的市民发出最后通牒：如果不答应霸天虎的条件，就要看着这个大城市毁灭，斯派克和汽车人成功地救出了擎天柱并重新组装了他，然后他们一起打败了威震天和霸天虎，并拯救了纽约这个著名的城市。

自从邪恶的霸天虎用不稳定的能源污染了汽车人的能源供应后，汽车人就变得邪恶起来，开始攻击世界主要的防御中心，而且他们看起来似乎是一心要搞破坏。汽车人的狂乱行为都是受威震天控制的，这样他就可以强占地球新轨道上的太阳能站，有了这个霸天虎就所向无敌了。当然，斯派克和斯派克普拉没有受到影响。另外，爵士和大汉因为外出执行侦察任务而幸运地逃过此劫，斯派克普拉在霸天虎启动太阳能站前想出了解决方法把不稳定的能源去掉，但这个任务必须冒很大的险。

一次汽车人在威震天的新的能源储存站中发动了一场对付霸天虎和机器昆虫的战斗，幻影在这次战斗中受损，他发誓要让霸天虎和机器昆虫相互敌对，他潜入到机器昆虫的总部偷了一些能源块，并故意留下线索陷害霸天虎，当他把偷来的能源块放到霸天虎的储存站时，飞过山发现了他并把他的恶行告知了擎天柱。同时，幻影的计划生效了，机器昆虫向霸天虎发起了行动要夺回他们的能源块。在行动过程中，幻影被炸弹的脑硬化弹击中。当汽车人赶到时，他们发现幻影已经神经错乱，并且站到了机器昆虫的一边。但他们的到来却促使了两派恶势力再次联合，汽车人成功地毁掉了储存站，抓住了幻影并使他恢复了本来的自己。自此，他不仅对汽车人更加忠心，也开始对飞过山忠诚了。

千斤顶新发明了一个静止器，这项发明能暂时停止分子运动。在汽车人观察这个发明时，铁皮发现有个女孩在门口观察他们，他以为她是霸天虎派来的间谍，于是打算赶走她。后来，威震天带着他的部队潜入，打败了汽车人，并带走了静止器。铁皮觉得非常懊恼，并积极从服务队中退出来。另一方面，千斤顶担心霸天虎会让他发明的装置不停地工作。少了铁皮的汽车人全体出动去抢回装置，但他们遭到了霸天虎的伏击、之前出现过的那个女孩卡莉觉得自己对汽车人现在的困境有责任。她个人单枪匹马几乎快要成功毁掉霸天虎的总部时，却失手被擒。这时，汽车人被静止器冰封了。后来还是铁皮救了卡莉，并和她一起解救了他的伙伴们，最后，他终于意识到汽车人还是需要他的。

应切普的要求，汽车人们答应参加了一个慈善汽车秀，并进行一场表演赛。但他们不知道他们正被激光鸟和声波监视着。威震天带着刚刚研发出来的“司达坦（stasitron）”潜入竞技场，不让汽车人变回原形，切普和斯派克赶回汽车人总部，并碰到了落在后面的其他汽车人，在那里，切普利用他的电脑天分想出了对付“司达坦（stasitron）”的办法。结果，在一个险峻的山边，切普给了霸天虎着实的一击，并帮助汽车人变回人身以及打败了霸天虎。

威震天及霸天虎在海底发现了失落已久的大西洋城，他们和那里的国王纳吉尔结成了个联盟，一起统治地球。汽车人的一支部队发现了霸天虎和大西洋城的联盟，但这时千斤顶却被抓住了。随后大西洋城岛升出了地面，进入波托马克河流域，接着占领了华盛顿。国王纳吉尔用千斤顶来做实验并研发了一种光线麻醉枪，把汽车人给麻醉了。机器恐龙被召集来拯救汽车人，他们毁掉了麻醉枪。随着麻醉枪的消失，汽车人也都恢复了正常。汽车人和机器恐龙联合起来一起打败了他们的敌人，大西洋城最终也沉入了海底。

霸天虎改造了世界上最强大的电脑TORQ三代，因而全世界的机器都在TORQ的控制操纵之下，整个地球变的一团糟。擎天柱和汽车人们很快就注意到地球上的机器和能源站都在往霸天虎的总部传送能源量。通过追踪遥控波的来源，汽车人找到了TORQ。他们意识到，如果不及时切断TORQ与外界的联系，并重编程序的话，不但所有的能量都会传到霸天虎那去，就连他们自己也会被TORQ所控制。汽车人对TORQ发动可攻击，但却发现有一大群汽车和机器在保护着TORQ，而这些汽车和机器都是被派来对付汽车人的。

一个日本发明家展出了他新发明的机器人——夜莺，霸天虎的出现打断了这次展示会，他们还偷走了夜莺。霸天虎重新设置了夜莺的回路，极大地加强了它的力量，并把汽车人设置成为它的敌人。夜莺潜入汽车人总部偷走了一块很重要的微型芯片，致使显像一号无法工作，汽车人尾随夜莺进入到沙漠地区，却发现经过霸天虎改造后的夜莺的武器火力十分强劲。后来由于红蜘蛛的嫉妒夜莺受到了很大的伤害，那块微型芯片也失而复得。最后，夜莺还是被汽车人安全地送回他的发明者那里了。

威震天发现了一个满布水晶的裂谷，这是一个巨大的能量源，但是一旦接触到这些水晶，汽车人本身的电路就会毁坏。于是威震天把汽车人引到这个致命的裂谷里去。他利用在一次战斗中擎天柱与战友分开的时机，复制了一个擎天柱。很快的，斯派克和其他的汽车人就因为常收到一些奇怪的命令而感到迷惑。他们甚至感到擎天柱性格上的一些微小变化，直到碰上了两个一模一样的擎天柱他们才知道真相。他们用了一系列的测试来分辨他们的真假，后来斯派克被抓，假的擎天柱还鼓励大家要先去找水晶，这时汽车人们才把真的擎天柱分辨出来。

威震天命令挖地虎挖掘地球核心以求新的能量来源，他丝毫不顾这一举动会造成地球的爆裂。千斤顶发明了一种新的装置来控制挖地虎，并在一次行动中大胆地将这种装置用在他们身上，防止了挖地虎变形为大力神。汽车人带着被控制的大力神回到汽车人总部，但他们忽视了一件事情，那就是有一种简单的电子干涉器能令千斤顶发明的装置无法生效。当汽车人尝试与大力神一起阻止挖掘时，威震天使用了干涉器。因为被两股力量在控制着，大力神的电路遭到破坏，他狂乱地四处乱跑。最后，为了重新控制大力神，威震天不得不和千斤顶合作。在最后紧要关头，还是大力神成功地阻止了挖掘。

威震天把机器昆虫带到一颗新星的能源储存站上，他打算利用它们占领这个能源站后再甩掉它们。机器昆虫得知他的诡计后，给声波装了个大脑炸弹，使他成了他们的间谍。同时，汽车人得知机器昆虫会对新星上的能源产生强烈的排斥，最终他们都会爆炸。但是威震天的计划失败了，因为霸天虎都成了炸弹的受害者。汽车人发明了一种特殊的对抗机器，但是这种机器只要在被机器昆虫吞进肚子里才会发生作用。当威震天变成枪型时，擎天柱把对抗机器放进枪筒里，并把它打进炸弹和反冲的喉咙里。斯派克成功地把对抗机器射入到弹片的胸前，防御中心才得救了。

机器恐龙在汽车人总部恶意损坏了一些装置，于是被流放到一个充满史前生物的“失落岛”上。激光鸟发现汽车人到了岛上，并把他的发现报告了威震天。对于岛上那些惊人的能量源，威震天和霸天虎都非常兴奋。于是他们开始去那开采。可是在大都市地区却出现了时光流逝，并伴随着出现了一个巨大的，浑身长毛的怪物，而且还伴随着残忍的卫士。这引起了极大的混乱和恐慌。回到岛上，霸天虎遭到机器恐龙的攻击，但是威震天利用真恐龙把机器恐龙困住，并把它们由悬崖边赶到了焦油陷阱里去。

野蛮的斗士横跨在怪物上，再加上从老西部出来的牛仔的出现，给交通繁忙的市中心地带造成了极大的混乱。只有汽车人才有能力逼它们通过时光流逝回到原来的时空去。这种现象是由霸天虎对“失落岛”过于集中的开发所致的。汽车人赶到“失落岛”并攻击，但是很快霸天虎就占了上风。这时，机器恐龙安全地逃离，并跟真恐龙和霸天虎进行了斗争。随后使得霸天虎落荒而逃。擎天柱意识到机器恐龙已经认识到与汽车人联合的明智性了。开路先锋把岛屿围起来，并把它当作自己的势力范围永远保护它。

擎天柱发现吊车发明的太阳能塔不太实际，并且难以抵御外敌。但是在滑车的支持下，吊车公然挑衅擎天柱的意见，并继续进行塔的建设。威震天想出了一个邪恶的计划，他派挖地虎给那两位汽车人传达信息，说愿意提供能源以供建塔之用。在吊车杰出的监督之下，巨大的塔楼终于建成。接着挖地虎就变形为大力神，并很快地将吊车和滑车留住，并可耻地将他们带进了组织。正当威震天准备激活太阳能塔时，汽车人得知了消息并及时地给了大力神一击，使得他们变回了挖地虎，并驱散了他们，接着他们就跟着霸天虎一起逃跑了。后来吊车和滑车给大家找到了，尴尬的他们也得到了他们的教训。

在一次战斗中打败霸天虎后，红色警报的感知能力和他的听力都遭到了严重的损坏，而且他还得了多疑症，认为消防车很快就要取代他作为安全主管的位置了，他甚至没有通知他的伙伴们将遭到第二次攻击，也不向擎天柱解释他这样做的原因。他的多疑症越来越严重，他甚至认为擎天柱要把它解体了。于是他惊慌地出逃，红蜘蛛利用红色警报的背叛，诱使他说出超级武器的位置。当他意识到他被利用来帮助威震天抓住汽车人和他们的武器时，他感到非常震惊，于是他攻击红蜘蛛，却徒劳无功。不过在战斗中他的电路却恢复了正常，懊悔的他引爆霸天虎的临时基地，并把自己困在里面。他的牺牲帮助汽车人逃脱了，而消防车则冲进火场中去救他的伙伴——红色警报。

在一艘很久以前坠毁的太空船的坠毁的地方，霸天虎发现了在船上有一个特别的能量增强器“塞伯坦之心”仍在工作。威震天得知这个增强器能使他的能量增大几倍之后，就把这个装置装进他的身体内。为了切断这个装置，感知器利用他新发明的变形光线把自己、大黄蜂和大汉缩小，他们秘密潜入威震天的内部系统，并以高速粒子把杂质撞入威震天的体内，并直奔能量增强器。威震天正要毁掉汽车总部，就在这时，小机器人们释放了增强器，并成功逃出了威震天身体。威震天恢复了原状，宇宙飞碟把装置送入太空，接着感知器的超精确光束就在太空中把装置毁灭了。

富裕的沙恩贝格得知霸天虎企图攻击这个城市的太阳能站后，就打算抓住他们，好让自己成名。谁知汽车人却抢先击退了霸天虎，生气的贝格很快就被威震天蒙骗了，并相信他的话，认为是汽车人而不是霸天虎在威胁着地球的安全。稍后，贝格惊讶地发现汽车人在破坏一片油田，并把这一景象拍了下来交给了霸天虎。斯派克得到了那盒录象带，看了之后才发现原来录象带里的汽车人原来都是霸天虎乔装的。但是正当斯派克准备揭露真相时，他被机器狗抓住了。那盒录象带被呈上法庭，汽车人被判逐出地球。可恶的威震天在送走汽车人的飞船上做了手脚，使得汽车人踏上不归路。

在显示屏上看着汽车人的飞船越来越近太阳，并爆炸之后，威震天忍不住开心大笑起来。贝格则恰恰相反。斯派克把录影带放给市长看，并证明汽车人的无辜。但是这时，威震天却占领控制了整个城市。贝格难过地把汽车人死亡的消息告知斯派克。但谢天谢地，原来在危急之时开路先锋的巨型保护罩救了所有的汽车人。贝格认清了事实，还主动保护斯派克。斯派克普拉和切普的安全，最后的关键时刻，擎天柱带领汽车人及时赶到，并将霸天虎打得落荒而逃。最后，贝格说他已准备好要接受审判了，但汽车人以及其他人类朋友都认为他勇气可嘉。

机器恐龙开始对老是执行汽车人的命令感到厌烦，后来在一场与霸天虎的战争中差点坏了大事。于是他们逃走了。不久后，所有的汽车人都开始失常，原因是汽车人所必须的一种必要元素——塞伯坦素在快速地消散，汽车人的力量越来越弱，情况还在一直恶化。他们发现霸天虎在用太空桥运输塞伯坦素，在地球上诞生的机器恐龙用不上塞伯坦素。他们被派去阻止这次运输，机器恐龙展开了攻击，进入太空桥并被传送到塞伯坦上。可是到了塞伯坦上的机器恐龙根本不愿回到地球上。在毫无办法的情况下，斯派克和卡莉只好通过太空桥到塞伯坦去把机器恐龙和一部分塞伯坦素带回来。可当卡莉和斯派克刚踏上塞伯坦，他们就遭到了震荡波的攻击。

卡莉和斯派克避开了震荡波的攻击后遇上了飞标。飞标告诉他们，其他的机器恐龙被霸天虎捉住并被带到机械星球的塞伯坦素堆中去。他们三人排除重重困难到了古塞伯坦文明的废墟。在那他们遇到了更多的困难险阻，到最后还被霸天虎的守卫抓获。他们也被送到塞伯坦素堆去，在那他们还遇上了其他的机器恐龙，但机器恐龙现在已经成了霸天虎的奴隶了。卡莉悄悄地重组了他们，并在太空桥刚打开时带上足够的塞伯坦素离开。震荡波试图阻止他们进入太空桥，但失败了。卡莉一行人赶回地球，他们带回的塞伯坦素及时挽救了汽车人。

由于录音机在播放一场音乐会，汽车人错过了接收信息的好时机以致于让霸天虎偷走了一个强大的信息通信器装置。宇宙飞碟和收音机发现霸天虎在月球上的一个基地，威震天就把通信器安装在这个基地上，并把它的信号调得更强。就在这时他们被抓了。很快，地球上所有的无线电信号都受到干扰，接着又引发了台风、地震和海啸等自然灾害。威震天要地球上的能源储备来交换电波的正常。大力金刚带着斯派克、卡莉、滑翔机和受损的擎天柱乘坐火箭到了月球，并与威震天和大火车展开斗争。在斗争中，录音机成功地使通信器超负荷，并清除了地球上的电波干扰，另一方面，大力金刚和恢复了的擎天柱把霸天虎打得落荒而逃。

在英格兰之战中，红蜘蛛、喷气机、轰隆隆和机器狗被神奇地送到了中世纪，斯派克、滑车和战戟也尾随而至，黑骑士维真把霸天虎当作拥有神奇力量的全副武装的骑士，并招募他们来对付他的敌人红骑士亚星铃。红蜘蛛答应了，并暗地里打算自己统治这个古代世界。但是在一次比武大会中输给了汽车人后，红蜘蛛就绑架了亚星铃的女儿纽梅，并要求亚星铃向他投降以换回女儿，汽车人成功营救了纽梅。后来纽梅和维真相爱了。这促使了两大骑士的联合，最后时间旅行装置又重新把斯派克和其他变形金刚都送回了现在，而红蜘蛛必须面对的是愤怒的威震天。

巨浪在一个美丽的河谷发现了一个金礁湖。他意识到任何机器人只要拥有了这个金礁湖就会变得天下无敌。他害怕金礁湖及其周围的河谷会成为霸天虎争夺的对象，于是他决定不告诉任何人。但是很快的，霸天虎也发现了这个湖并跳入湖中，这使得他们变的刀枪不入。在接下来的一次小战斗中，霸天虎轻易地打败了汽车人。他们打败了大力金刚并抓获了感知器和浪花。为了弥补他的错失，巨浪救出了汽车人。他们和其他的汽车人在金礁湖边集合，并给他们添上金礁湖里的金漆。霸天虎又发动了攻击，但是这次他们刀枪不入的本领被证明只是暂时的，现在实力得到增强的汽车人很快就击退了霸天虎。

在土星的卫星泰坦星上发生了一场冲突，发生冲突的双方分别是高级牧师杰罗和反对派领袖塔拉利亚。宇宙飞碟击落了大火车，并降落在泰坦星上。杰罗宣布宇宙飞碟就是天神，但大火车却自称是主要的神，并且在其他霸天虎“神”的帮助下储存了泰坦星上的能源水晶体。塔拉利亚悄悄地在宇宙飞碟身上安装了一条偷听线，结果发现他跟地球上的擎天柱联系上了。擎天柱派出了大力金刚、感知器和爵士去营救宇宙飞碟，但是霸天虎抓住了塔拉利亚相要挟。在大力金刚的帮助之下，爵士和感知器解救了被邪恶的牧师压迫的当地居民，他们还揭穿了霸天虎的身份。霸天虎落荒而逃，泰坦星上于是开始建设新的文明，而宇宙飞碟也恢复并与汽车人一起回到了地球。

轮胎在一次空战中被击落，他被一街头男孩劳尔找到并修理好。劳尔原来是打算把轮胎卖给一个汽车商的，后来他们发现那是个非法汽车商，专门把偷来的汽车卖给霸天虎。霸天虎则把买来的车改造成带有起爆器的普通汽车。不久，几百辆这些机器车涌进城市并威胁着汽车人的安全。劳尔发现在改造厂有一台巨型电脑在控制了这些机器车。他和轮胎带领汽车人到达改造厂展开了斗争，并毁掉了电脑的控制板。机器车停止了工作，改造厂也被吹上了天空。稍后，劳尔与斯派克普拉及汽车人一起把那几百部偷来的汽车物归原主，他还发誓以后不再偷车了。

宇宙飞碟在一个小行星上得到了一种机器杀虫剂，用来对付机器昆虫。谁知后来他给一棵巨大的机器植物的触丝抓住并在他的船体上留下了一些发光的种子。他逃脱了束缚，并降落到了地球，但食人株很快就在他身上长了出来，并布满了整个河谷。汽车人全体出动去救宇宙飞碟，并得到了机器杀虫剂。这时，威震天警告机器昆虫不要靠近那个河谷，接着他带着霸天虎去毁灭杀虫剂。但是机器昆虫想起以前威震天经常欺骗它们，所以这次它们不相信他的警告并飞到了那个河谷。结果它们被含有机器杀虫剂的食人株抓住了，只有弹片、反冲和炸弹成功逃脱，并和霸天虎一起撤退。汽车人把这些食人株放进一艘宇宙飞船上并把它发射到一个只有机器昆虫存在的星球上。

擎天柱发现挖地虎正在挖掘地球轨道上的一颗陨石星，他联系大力金刚来帮忙。大力金刚承认他十分痛恨挖地虎，因为以前挖地虎背叛了他的友情并加入了霸天虎。擎天柱要大力金刚只身去观察挖地虎的挖掘行动。但是刚到陨石星，大力金刚就忍不住报复，他立刻攻击敌人，结果在陨石星上打开了一条很大的裂缝，接着陨石星就像鸡蛋一样裂开一两半，并孵出一个机器生物直飞往地球。这只愤怒的怪物准备攻击地球。意识到这点，擎天柱告诉大力金刚只有他才能把这只怪物引诱回到陨石星上。经过一番自我斗争后，为了地球的安全而暂时把对挖地虎的敌对感情先搁在一边。

霸天虎在一个棒球馆中间建造了一座新的太空桥，汽车人赶来营救吓坏了的观众和运动员。这时，太空桥意外地被启动了，汽车人、霸天虎以及大量能量体一起被运到了一个异国星球上。他们来到了一个外星巨人男孩阿朗的卧室里，阿朗把汽车人和霸天虎当成自己的玩具。他的父母把这些机器车带到专家那，这些科学家准备解剖这些“小型”机器车。正在这时，阿朗拿起被困的汽车人跑出了实验室，科学家们追了出去。这时霸天虎趁机逃走，回到阿朗卧室的汽车人准备利用能量光线束返回地球，但霸天虎到来并利用了这束光线。幸运的是，感知器改造了阿朗的玩具火箭船，在告别了他们的巨人朋友后，汽车人们就启程回家了。

刚逃出一个异国星球的汽车人被保时抓住了并洗了脑。保时是个赌徒，他想靠变卖汽车人来换取能量，“烟幕”幸运地逃脱了被洗脑的命运。他还帮助保时在赌场摩纳科斯做了一场好交易并得到了保时所需的能量。以此，烟幕换得了他的伙伴的自由，后来烟幕用汽车人作为担保，在赌场与贵族古可尼展开了一场赌博。结果他在赌台上输掉了一切。古可尼用汽车人来对付“毁灭谷”里的野兽。这时，救不了汽车人的烟幕和保时又遭到了古可尼的同谋者喷气机和挽歌的攻击。汽车人的资助者德肯尾随霸天虎来到了摩纳科斯。由于他的干预，霸天虎被迫逃离，汽车人因而得救，已经成了烟幕的朋友的保时也把所有的汽车人恢复了正常。

威震天发明了一种顽皮的生物叫“小精灵”，他们以能量为生，并能自由进出电力装置，使得他们变的混乱。威震天把小精灵放在汽车人总部的进口处，他打算趁着汽车人在忙着对付这些小麻烦时对一块巨大的能量磁石进行测试，这块磁石能将其目标地区的能量吸附过来。汽车人追踪小精灵到了东京，录音机尝试以自己的录音盒困住小精灵。但这些小精灵迅速繁殖，并组成了一支军队。汽车人尝试以电子铁栅引诱小精灵，但是巨型精灵的能量由于超负荷，磁石和巨型精灵都毁掉了。汽车人终于松了一口气。但是还有一些小精灵刚开始时被录音盒困住的，现在又跑了出来，于是他们又开始了一番追逐。

汽车人为了回复一个来自遥远星球的电话而降落，因而躲过了特拉坎人的攻击。特拉坎人受到邪恶的霸天虎电脑的压迫。这时，浪花爱上了霸天虎电脑防御小组的女成员阿拉娜。接下来，汽车人和霸天虎为电脑展开斗争，阿拉娜把汽车人带到了一个安全的海底城市。另一方面，浪花跳进变形金刚井中并重组自己的物质组成，变成了一个人形，以图获得阿拉娜的爱。威震天发现了海底城市，但是他由于接到霸天虎的求救信号而没有发动进攻。原来，阿拉娜给霸天虎电脑装配了新电线去攻击霸天虎，而浪花则引爆了储存的能量，被打败的霸天虎落荒而逃。特拉坎人得到了解放。对自己的人形感到失望的浪花重新恢复了机器人的形状，而阿拉娜则告诉他说哪怕他们有所不同，但她依旧爱他。

闪电、大火车和红蜘蛛联合起来，冰封了威震天并免了他的职，因为被另外两人出卖，红蜘蛛也被冰封了。于是为了争做霸天虎的领袖，闪电和大火车你争我斗起来。闪电占了一个足球场作为自己的总部，而大火车则控制了一队机车。紧接着的炮击和洪水使整个城市陷入一片混乱。在闪电的命令下，挖地虎包围了体育馆，并把汽车人引来困在里面。另一方面，由于洪水涌入地下室，威震天和红蜘蛛身上的冰融化了。他们发现霸天虎成员在为领导的位置而自相残杀，威震天制服了其他所有人。而汽车人此时也意识到了擎天柱叫大家别介入的命令是正确的了。

美军击败了一架俄军飞机，但几个汽车人却被犯罪集团的查利爵士抓获。查利是一个电子机器猎手，他想要擎天柱的作为战利品。擎天柱为了救其他伙伴，于是回应了查利的利诱，并来到查利的宅邸。在那儿他碰到了更多的障碍，到最后几乎要冲破所有障碍的时候，擎天柱中了圈套， 失手被擒机器蜘蛛黑寡妇放出的不锈钢网里。在接下来的战斗中，擎天柱设计使得黑寡妇用自己的毒牙钉住了自己的大腿，结果它给自己的毒液毒死了。至此所有的障碍装置都被毁了。擎天柱救出了汽车人，他们一起把查利送回俄国，成功地使地球免遭一场战争。

轮胎和录音机帮劳尔和他的朋友打败了一伙样貌奇怪的商人和家庭主妇。另外，挖地虎在半夜里建起的一座摩天大楼也显得十分不合适。录音机得知这一切可能都是一个新组织舞派在背后搞的鬼，于是他展开调查。轮胎潜入舞派俱乐部，即听到一种高音调的声音，接着那些舞者就像水蛇一样向他围过来。劳尔冲进来救轮胎，并发现那种刺耳的声音是由声波制造出来的。劳尔发现了克服这种声音的办法，并且解放了被催眠了的赞助人。录音机和声波展开了一场声音的斗争，并毁掉了那个俱乐部。劳尔和汽车人追踪红蜘蛛到了摩天大楼——霸天虎的新总部。轮胎呼风唤雨，接着一场暴风雨解了所有被催眠的人，接着他们把红蜘蛛和声波打得落荒而逃。

为了抓住擎天柱，威震天抓了女汽车人的领袖――擎天柱的女拍档艾丽塔。擎天柱到塞伯坦上去救艾丽塔，但他也因此被抓了。艾丽塔用自己的特殊能力帮助擎天柱免受霸天虎的破坏，但也因此失去了大部分的能量。擎天柱把艾丽塔带到了钛师傅处，他解释说只有擎天柱才能救艾丽塔，因为他们俩的线路表是相似的。至此擎天柱才明白了钛师傅的真实身份。接着，擎天柱和艾丽塔救出了尾随他到塞伯坦的其他汽车人和女汽车人，并打败了霸天虎。选择留在塞伯坦上的女汽车人们欢送他们的拍档汽车人们，并祝他们在回地球基地的路上一路顺风。

阿丝特丽亚是一个可爱但却有点蠢的年轻姑娘，她被霸天虎绑架，最后是滑翔机救了她。滑翔机发现她原来是她父亲公司董事会的主席，她还有一项特异功能，在她身边的机器都会突然坏掉，只有她知道她父亲远程能量转移的配方，于是霸天虎绑架了她，并把她带到了威震天的天空平台。纽摩斯企图强迫阿丝特丽亚说出配方，谁知却被她的特异功能害到无法工作。滑翔机飞上平台去找阿丝特丽亚，但却受到由平台制造出来的暴雨的袭击。阿丝特丽亚为了救滑翔机，把含有配方的项链扔进天空平台的机器中去使之停止工作。接着，滑翔机把她救了出来，并毁掉了霸天虎的天空平台。

在一个动作电影的拍摄现场，滑车救了一些参加汽车特技演出的司机，于是导演在工作室给他找了份工作。在一次与霸天虎进行战斗后，滑车还来不及从汽车变身回人身，他的汽车模样得到了赏识和接受。不仅如此，他的汽车人伙伴们也都在电影里出演特技汽车。就在这时，挽歌在塞伯坦上千斤顶的工作室内偷来了一批神秘的物品并经太空桥回来，谁知却失控掉到工作现场来。喷气机和冲锋寻回了挽歌和那批物品，谁知这一切意外地被电影摄制队拍摄了下来。威震天命令霸天虎要保守物品的秘密不让汽车人知道。他自己则潜入工作室去偷底片，滑车骗威震天说他已经被导演看中并能出演一部电影的主要角色，而事实上却是另一个与汽车人一起演出不太重要的角色。

对汽车人在公路上的优势感到十分沮丧的威震天偷来了几辆汽车，并把它们改造成变形金刚，命名为“飞虎队”。但是因为没有人工电脑所以飞虎队无法正常工作，因此威震天就把它们带到塞伯坦上，因为在那的一台超级电脑威托能赋予他们思考的能力。擎天柱带着汽车人以及钛师傅抢先威震天一步到达电脑威托的所在地——塞伯坦的中心。在那儿，他们碰上了威托的守卫——先驱派机器人，他们被威震天重新设置了程序并对付汽车人。汽车人逃脱先驱派的追捕，但是威震天已经启动了威托并使飞虎队有了思想，而汽车人则留在塞伯坦上对付先驱派。

由于威震天偷走了启动超级电脑威托的钥匙，钛师傅为了能给飞行太保生命只有牺牲自己与超级电脑合并。但是回到地球后的飞行太保却认为人类不值得保护并离开了汽车人之列，威震天意外地发现钥匙的秘密，这样他能把地球变成另一个钢铁塞伯坦。但擎天柱和汽车人赶到攻击霸天虎，及时阻止了威震天的计划。这时，银剑提醒弹弓他们的生存完全是汽车人给的，飞行太保终于改变了想法并赶忙帮助汽车人，但他们却碰上了由飞虎队合体组成的飞天虎，威震天带着钥匙逃上了天空去。而克服了惧高症的银剑穷追不舍，最后终于毁掉了钥匙。

银剑和弹弓正停在一个中东停机场等待修理，就在这时，他们被一群由阿里领导的阿拉伯人连同一批货物一起抢走。阿里偷飞机是为了组织自己的空军，他和威震天合作，并在被废了的王子哈森的宫殿里居住。哈森王子只有12岁，他和坏掉了的飞机成了好朋友，并帮助他们免遭暴露身份的危险。其他的飞行太保找到了银剑和弹弓的位置，并包围了哈森的宫殿救出了银剑和弹弓，但他们碰上了威震天的最新武器——长着翅膀的机器人，他们飞上天空去与飞行太保展开了最后的战斗。飞行太保组合成大无畏并击毁了那只长着翅膀的怪物，并把威震天和阿里打得落荒而逃，哈森也恢复了他王子的身份并顺理成章地住进了他的宫殿。

飞行太保上了霸天虎的当，并被威震天新的时光机送回了900万年前的塞伯坦。在那儿，飞行太保和年轻人奥利安·派克斯成了朋友，他给他们介绍了塞伯坦的黄金时代，奥利安上了年轻时候的威震天的当，告诉了他能源仓库的位置，塞伯坦上一场灾难性的内战爆发了。为了阻止威震天，奥利安差点被毁，但钛师傅把它重新组合成了新一代的变形金刚——擎天柱！年轻的擎天柱与威震天展开了斗争，而飞行太保则设置一系列的爆炸来帮忙。回到现在，汽车人启动时光机把飞行太保带回现在，汽车人们都急切的追问飞行太保想知道塞伯坦的情况，飞行太保要他们问擎天柱，因为他知道所发生的一切。

汽车人参加了尤罗芭3000汽车大赛，这是一个从伦敦到土耳其的跨洲大赛。威震天命令飞虎队把汽车人撞出比赛，因为终点线离他让挖地虎挖掘“杰胡丁之珠”的地方太近了。擎天柱被告知那颗著名的明珠原是古波斯的护身符，根据传说，它有聚集能量的威力。汽车人赢得了大赛后加速来到霸天虎的挖掘现场，结果却发现来得太晚了。霸天虎已经挖出了“杰胡丁之珠”，并已酿成大祸，造成了大气的混乱。后来一个参赛选手故意把他的车开往悬崖，并坠毁到飞天虎的脸上，整个世界才获救。“杰胡丁之珠”继而被毁灭，而汽车人也把他们获得的两千万美元奖金全部捐给了慈善机构。

通过对一个废弃在外太空的汽车人基地的调查，威震天发现了一种闪电虫，这种闪电虫能发出惊人的热量射线。但是当威震天带着这个闪电虫返回地球时，他发现自己已经满身生锈了。另一方面，感知器指导汽车人给自由女神像覆盖上他新发明的金属保护元素―超级化合物。后来，感知器被抓并被带到威震天跟前，经过他的诊断，威震天得的是宇宙锈病。威震天强迫感知器用剩下的超级化合物治好他以后，就把感染了锈病的感知器放走，企图让他回去感染其他汽车人。感知器打算复制自由女神像上的化合物来救治汽车人。但是这个计划让威震天知道了，他打算利用热能射线毁掉自由女神像。汽车人与霸天虎展开了斗争，并销毁了威震天带回来的闪电虫。汽车人不但保护了自由女神像，还从复制了化合物并回复了正常。

自从一次与威震天争夺领导地位失败后，红蜘蛛就被激光鸟丢弃在一个太平洋小岛上。他发现了一些二战中留下来的生了锈的军用船废置于此。他通过太空桥到了塞伯坦，并潜入霸天虎的监禁中心偷走了储存在那的五个犯罪人格的电脑元件，并把它们安装到那些废置了的船上，从而组成了他自己的军队----战车队。但是这些新生的霸天虎还需要吸收电路才能存活，于是红蜘蛛让他们绑架了爵士和飞过山，企图抢走他们的部件。威震天的部队和红蜘蛛的部队在一次战斗中相遇，结果大力神不敌战车队的组合混天豹。在混天豹离开之前，红蜘蛛一直都占了上风。混天豹飞走的时候用掉了最后的能量，最后坠回地面。威震天把红蜘蛛和战车队永远逐出地球，同时，汽车人也救出了他们的伙伴。

战车队被放逐到宇宙中的一颗小行星上，接着他们来到塞伯坦上并打败了震荡波。为了毁掉威震天，他们用太空桥把地球送往太阳。红蜘蛛通过控制战车队又重新控制了地球。他威胁威震天交出霸天虎的领导权，否则就要毁灭地球。随着地球越来越靠近太阳，汽车人和霸天虎决定联手阻止红蜘蛛和战车队。擎天柱和威震天在塞伯坦上联手打败了混天豹，并在红蜘蛛的帮助下拿到了安全密码并扭转了地球的运行方向。大家原谅了红蜘蛛并决定在返回地球之前毁掉混天豹。但是这时，威震天却又作出了愚弄擎天柱的事情，他竟然想重设混天豹和战车队的程序并使之成为霸天虎的新成员。

汽车人抓住了飞虎队，发现他们在为威震天的一个装置搜集配件。于是他们伪装成飞虎队潜入霸天虎总部去看威震天在搞什么鬼。在出发前，擎天柱命令汽车人不准尾随他们五个，并且用严格的无线电来保护他们的伪装。当伪装的汽车人的来到一个火山口并把配件交给威震天时，他们看到了一个奇怪而庞大的装置。这个时候，飞虎队击败守卫并逃出了汽车人总部。威震天把他的新武器对准了擎天柱和他的伙伴，其他的汽车人赶到出事地点。趁着威震天分神的时候，擎天柱扣发了武器的扳机让它自我毁灭。擎天柱后来还说多亏其他汽车人违背他的命令跟了来，但是只此一次，下不为例。

诈骗因为无法工作而离开了战车队，他把战车队的一些旧零件卖给了黑市。这一举动威胁到了威震天要把月球撞偏轨道的计划。诈骗被命令去收回或销毁那些零件。这时，有三名中学生被分配到任务，为学校的科学展装配一个机器人。于是他们从废弃堆积场捡来配件并组装了一个机器人，他们给他命名为“胖娃”。他们给胖娃装上吵闹的性格组件--高压电路箱。刚装好，胖娃就开始横冲直撞并跑开了。担心的孩子们给汽车人打电话求救，谁知却让诈骗抢先一步找到胖娃。他抢走了配件后就跑掉了。就在汽车人追逐诈骗的时候，那几个小孩利用胖娃身上的声音合成器探测到威震天的声音，从而知道了威震天的计划。在汽车人和霸天虎的战斗中，那几个孩子引导胖娃牺牲自己去消灭霸天虎对准月球的镭射光。