A causa del trabajo de su padre, Kōichi Sakakibara se muda a Yomiyama a vivir con sus abuelos y su tía Reiko. Debido a un neumotórax, él se pasa su primer mes hospitalizado, perdieron así su primer día de escuela. Tres estudiantes de su clase lo visitan, pero ellos actúan extraño y le cuestionan preguntas personales, como si él había vivido en Yomiyama antes. En el elevador del hospital, Kōichi conoce a una chica con un parche en el ojo, que se presenta como Mei Misaki. Cuando Kōichi se recupera, va a la escuela y todos son amigables con él. Kōichi le pregunta a Yukari dónde está Mei, ella se sorprende, pretendiendo no saber de quién está hablando. Durante la conversación con Mei en el tejado, ella le dice que no intente acercarse a ella, diciendo que la clase es "mucho más cercana a la muerte" que otra clases. Al momento de ir a casa, Kōichi ve a Mei mirando hacía arriba mientras estaba lloviendo.

Mientras Kōichi habla con dos de sus compañeros, uno de ellos, Naoya Teshigawara, menciona por accidente que la Clase 3-3 está maldita. Antes de que Naoya puede explicarse, Kōichi observa a Mei en la biblioteca y se va con ella. Él le pregunta acerca de su parche en el ojo pero ella se reusa a decirle cualquier cosa sobre eso. El bibliotecario, Mr. Chibiki, llega y le dice a Kōichi que se retire. Más tarde, preocupado por las interaciones con Mei, Kōichi se dirige al hospital y le pregunta a Sanae Mizuno, una enfermera que conoció mientras estaba ahí, acerca de una chhica que debió de haber fallecido el diía de su alta en el hospital. Aunque ella no sabe mucho al respecto al principio, más tarde le vuelve a llamar para decir que un estudiante de secundaria, falleció esa noche y que su nombre era algo como Misaki o Misaki. Kōichi, que estaba de pie frente a una misteriosa tienda de muñecas cuando recibió la llamada, debatiendo si debe o no entrar, está sorprendido por la revelación y decide entrar. Allí conoce a Mei, que decide mostrarle lo que está bajo su parche en el ojo.

Mei revela que uno de sus ojos es un ojo de muñeca, antes de eso menciona que la chica que murió en el hospital fue su prima, cuyo nombre era Misaki Fujioka. Ella le dice a Kōichi parte de la historia en relación al estudiante también llamado Misaki de hace 26 años, que murió sin terminar el año escolar, pero que él apareció en la foto de graduación de la clase. Muy a su pesar, los compañeros de Kōichi continúan comportándose de forma extraña cuando él intenta acercarse a Mei, lo cual incrementa su confusión. En clase el siguiente día, Mei se afirma enigmáticamente como "algo que no existe", y aparentemente solo puede ser vista por Kōichi. Al mismo tiempo otro estudiante, Yukari, recibe malas noticias acerca de su madre y sale corriendo del salón de clase; impresionada al ver a Mei y Kōichi, ella tropieza en las escaleras; su paraguas se gira hacía arriba y se clava en su garganta, matándola.

Una semana después de la muerte de Yukari, Kōichi almuerza con Sanae le pregunta sobre lo que piensa de Mei y de la historia de hace 26 años. Después, se encuentra con otro compañero de clase llamado Ayano, que logra salvar cuando son casi aplastados por una lámina que cae de vidrio. Ella enseguida empieza a llorar y a gritar que ella no quiere morir. Kōichi una vez más se dirige a la tienda de muñecas para ver a Mei, pero ella se rehúsa a decirle el resto de la historia. Sanae al día siguiente le habla a Kōichi sobre si realmente existe Mei o no, cuando están hablando el elevador del hospital en el que ella iba cae y muere aplastada.

Mientras que Kōichi es interrogado por la policía con el caso de Sanae, la Clase 3-3 hace una reunión de emergencia. A su regreso, el salón de clases está vacío y los compañeros de Kōichi no están en ninguna parte. Él va con Yūya y Ikuo Takabayashi, en su camino a casa les pregunta acerca de respuestas, pero Ikuo tiene un ataque al corazón y muere antes de ser ayudado. Al siguiente día, Kōichi es completamente ignorado por sus compañeros. Él intenta de entender por qué la clase está actuando de esa manera, recibe una nota diciéndole que Mei puede darle una explicación. Más tarde, visita la tienda de muñecas una vez más y Mei finalmente le revela el misterio entre las muertes y la historia de la Clase 3-3.

A través de un flashback, se muestra cómo se eligió Mei como estudiante para ser ignorada. Mei y Kōichi continúan hablando hasta que llega la madre de Mei, quién creo las muñecas de la tienda. Ellas tienen una relación bastante distante, lo cual sorprende a Kōichi. Más tarde, mientras Kōichi habla por teléfono con su padre, su padre le pregunta cómo se siente estar de vuelta en Yomiyama después de un año de no haber estado, Kōichi le responde que él nunca había estado aquí antes. Su padre parece pensarlo, entonces afirma que fue un error, y la llamada se cortó. Un tiempo después, Mei y Kōichi van a la biblioteca y discuten de la calamidad con Chibiki, que revela que ha mantenido un registro de los acontecimientos en los últimos 26 años y comparte sus hallazgos con ellos.

Sr. Kubodera, el maestro de la Clase 3-3, llega y se apuñala en el cuello hasta la muerte delante de su clase, dejando a los estudiantes traumatizados. Más tarde se reveló que antes de suicidarse, Kubodera también había asesinado a su madre enferma.Este evento demuestra que las contramedidas en efecto hasta el momento no han tenido éxito por lo que Mei y de Kōichi vuelven a existir una vez más por sus compañeros de clase. Después, Kōichi se encuentra con Yuuya, Naoya, e Izumi en un café, donde la hermana mayor de Yuya les dice acerca de Katsumi Matsunaga. Un ex estudiante de la Clase 3-3 que logró detener la calamidad en 1983 y la información que dejo para los futuros estudiantes. Sin embargo, parece como si no se acordara de qué es o dónde puede estar ésta información. Kōichi explica la situación a Mei, incluyendo su temor de ser un muerto detrás de la calamidad de este año, a lo que ella responde de manera inquietante: "No eres tú. Tú no eres el muerto".

Kōichi, Reiko, y algunos estudiantes de la Clase 3-3 van a un balneario cercano a reunirse con Katsumi Matsunaga. Aunque tenso al principio, todos se tranquilizan cuando salen con éxito Yomiyama sin ningún incidente, convencidos de que la maldición no es efectiva fuera de la ciudad. Como Katsumi está ocupado, se van a la playa y pasan la tarde divirtiéndose, incluso la organizan de un concurso de pesca para la comida. Katsumi se une a ellos más adelante, pero aún así no recuerda que haya dejado alguna pista, aunque sí menciona que no es de papel. De repente, el tiempo hace de las suyas y una ráfaga de viento sopla la pelota de playa lejos en el agua. Uno de los estudiantes, Nakao, corre y nada para traerlo de vuelta, pero se ahoga en el proceso. Poco después, su cuerpo es destrozado por una lancha de motor, lo que llevó a todos a darse cuenta de que la maldición no puede limitarse a Yomiyama. Katsumi, claramente en un estado de shock, murmura que "los protegió", y que ha dejado "eso" (presumiblemente la pista) en el aula.

Tras el funeral de Nakao, Chibiki revela que Nakao muy probablemente murió a causa de un traumatismo en la cabeza que recibió, mientras que todavía estaba en Yomiyama. Después de una discusión, Kōichi, Yuya, y Naoya deciden buscar la pista de Katsumi que menciona en el antiguo edificio de la escuela. El grupo se encuentra con Mei, y los cuatro de ellos buscan en el viejo salón 3-3. Allí, Kōichi encuentra una cinta de audio por Katsumi, en el que explica lo que sucedió en un viaje de estudios al santuario hace 15 años. Aunque la oración en el santuario resultó ineficaz, ocurrió algo que era muy importante; Sin embargo, antes de que pueda ser revelado, un profesor llega, lo que obligó al grupo a ocultarse. Naoya rompe accidentalmente el casete en el proceso, pero Yuya se ofrece para repararlo. Mientras tanto, Ayano y su familia, que se movían fuera de la ciudad, son asesinados cuando su coche es golpeado por una piedra que cae y dirige a un precipicio, mientras Yumi regresa a casa para descubrir que su hermano ha sido asesinado después de un camión que transportaba una excavadora estrelló en su casa.

A medida que la Clase 3-3 van a un viaje al santuario, Koichi y los demás escuchan la cinta reparada, en la que Katsumi explica que mató accidentalmente a alguien en una pelea a puñetazos. Cuando no pudo encontrar el cuerpo al día siguiente, descubrió que nadie más sabía del muerto, que lo llevó a la conclusión de que había matado al "estudiante extra", creyendo que es lo que puede detener la calamidad. Durante la cena de esa noche, como Izumi comienza a culpar a Mei de la muerte, un alumno sufre un ataque de asma. Chibiki ofrece a llevarlo al hospital. Más tarde esa noche, Mei invita a Kōichi a su habitación para mostrarle la atormentada foto Clase 3-3 de 1972, antes de revelar que su prima, Misaki Fujioka, era en realidad su hermana gemela, como ella misma fue acogida por su tía cuando su embarazo fracasó . Esto nos lleva a la posibilidad de que la muerte de Fujioka en abril fue la primera que se produjo, lo que significa que el estudiante adicional ya estaba en la clase antes de que Kōichi llegó. Mei a continuación se explica cómo el ojo de su muñeca le deja ver el "color de la muerte", que es su prueba de que Kōichi no es el "estudiante extra". Antes de que pueda revelar quién es el extra es, Naoya irrumpe, diciendo que él acaba de matar a alguien inocente.

Naoya les explica cómo él empujó Tomohiko por el balcón, creyendo que era la persona extra. Kōichi y Mei van con Naoya para comprobar si aún está vivo, Kōichi encuentra que alguien había sido apuñalado, el comedor incendiándose, y el gerente asesinado. Naoya y Yuya descubren que la cinta ha desaparecido, son atacados y perseguidos después por la dueña del hotel. Mientras tanto, la amiga de Izumi, Takako Sugiura, quien cree que Mei es el extra, debido a ser diferente a la Misaki que conocía en la escuela primaria, transmite la cinta a través del hotel, ordenando a todos a matar a Mei. Como Kōichi y Mei tratan de escapar, la Sra Mikami se "mató" para proteger Mei, mientras Yumi muere tratando perseguir a ellos. Después una explosión del comedor mata a otro estudiante, Takako lesiona Kōichi y viene después de Mei, pero es estrangulada cuando es atrapada por algunos cables. Como Izumi llega a la escena, cree que Mei mató a Takako, Mei se va, dejando a Kōichi atrás.

A medida que más estudiantes mueren tratando de escapar del hotel, Chibiki llega para salvar Naoya y Yuya del asesino. Mientras tanto, Kōichi se encuentra con Kazami, que había estado matando al azar a los estudiantes con el fin de encontrar al extra y comienza a atacar a Kōichi, pero Izumi lo detiene golpeándolo. Kōichi regresa a la casa donde se encuentra Izumi que intenta matar a Mei, sólo para que ella sea golpeado por cristales rotos causados por un rayo. Como ella muere, ella le menciona a Kōichi sobre cómo se habían conocido un año y medio atrás. Como Kōichi encuentra a Mei después, se entera de que el extra es la Sra Mikami - tía Reiko - que murió hace un año y medio. Al darse cuenta los recuerdos que había olvidado, Kōichi mata a Reiko el mismo, poniendo fin a la calamidad. Después de que Kōichi y Mei reflexionan sobre los recuerdos que pronto pueden olvidar, ellos y los otros estudiantes grabar un nuevo mensaje para los que puedan hacer frente a la catástrofe en el futuro. Como Naoya y Yuya ocultan el mensaje, se escuchan las últimas líneas del mensaje "...y así es como se detiene la calamidad. Tómenlo como quieran. Sólo asegúrense de considerar sus acciones cuidadosamente. Piénsenlo y discútanlo con todos a su al rededor. De esa manera, no hay arrepentimientos."