已昏迷一年之久的韩振宇一直在医院接受治疗，姜京熙不时前来探望。最近一起残障人士被拐卖入黑工厂的案件让京熙倍感压力，她还被疑犯打伤头部。此时医院传来振宇复苏的消息，振宇假装失忆令京熙甚是着急。经查打伤京熙的并不是凶手，而是被拐卖少女郑美的父亲。患有泪血症的郑美成为案件的突破点，振宇通过过敏条件锁定了凶手的窝点。经过一番紧急营救，京熙从凶手手中救下郑美。原来凶手朱福也是残疾人，多年来饱受歧视令他心理扭曲，竟让他将罪恶之手伸向了同类。

警署刑侦股长姜秀河在家附近遇害，罪案现场留下的体液信息却牵扯出几年前的一桩强奸杀人案。振宇和京熙介入调查竟然发现当年被害人朴河莹竟和凶手儿子高庆银生活在一起，河莹和庆银一致认为凶手另有其人，正当秀河准备重新调查此案之时却遭杀害。振宇得知自己昏迷时京熙都在旁悉心照顾，他表达歉意并和京熙拥吻一起。河莹描述凶手使用香水这一细节让京熙将目标锁定秀河的儿子勇俊，原来勇俊吸毒犯下罪行，母亲秀河伪造证据替儿子逃罪，一同行凶的金永硕怕秀河翻案便将她杀害。

法医官事务所人员紧缺，韩施雨作为新晋员工加入进来，他对振宇教授倍加崇敬。患有亨亭顿舞蹈症的徐研珠自杀在藤蔓之间，死者注射的处方药和遗书却颇存疑点。死者的两个女儿熙研和皓研对母亲的死反应异常冷静，熙研透漏出母亲和剧院老板姜民哲的不正当关系，振宇则发现她另有所隐瞒。经调查是熙研偷为母亲服用违禁药品，然而妹妹皓研才是幕后真凶，这一切源于女儿对母亲的仇恨，皓研幻想杀死继父和母亲后会让熙研幸福，结果此时的熙研更加痛苦。

从事过非法行医的洪锡太死在地下室里，他被人注射肌肉松弛针剂并挑断脚筋，安装在门口靠下的密码锁引起京熙的注意。振宇在锡太住所发现一名受伤害的畸形儿童照片，他们找到此时已经长大的朴秀荣以及一直抚养他的吴景淑。稍经审问景淑和秀荣便争着认罪，几次亲子鉴定更让人捉摸不透，原来锡太当年用自己畸形孩子秀荣换来景淑孩子基俊。长期受虐的基俊得知此事后起了报复之心，他杀死锡太并让秀荣在场观看，谁知秀荣一心维护基俊而选择自杀

郊区废品回收站突然出现一个装有少女尸体的冰箱，令人奇怪的是死者的小肠被切，上次类似案件的死者被切的是肝脏。京熙调查废物回收公司的雇员张万亨，结果新的案件竟在隔壁街发生。此次的死者全身无伤，腹部的伤痕让振宇若有所思。京熙从电话得到灵感并查到凶手徐久日的身份，振宇也确定日久下一个目标是儿童的心脏。幸亏京熙及时赶到，日久的计划落空，他声称自己罪行是为拯救自己的身体，但在振宇看来他该拯救的是自己的灵魂。

公司职员李焕成突然死于水中毒，死者公司的敷衍了事令焕成的母亲伤心不已。振宇决定以小职员的身份前去调查取证，京熙和施雨却在分别暗地调查一宗水污染的案件。振宇开始了每天挤公交看老板脸色的职员生活，公司的气氛十分压抑，环境恶劣加之各种规定对员工的身心存在很大威胁。几天的工作让振宇感觉到身心疲惫，焕成的死检也证实了振宇的猜测。原来黑心的老板克扣员工应有福利，各种强制规定致使员工诱发病症死亡。

京熙在停车场遭遇刺杀，振宇挺身握住歹徒伸向京熙的匕首。高中生李宗赫的尸体被发现在石膏像中，他的美术老师姜道振面对警方的质疑心神不宁。宗赫昔日的好友东俊被查出曾指使他人殴打宗赫，而同为美术部的恩实也进入警方的视线。南警官突击审查道振竟发现他的染色体是女人，道振慌忙认罪让振宇怀疑。恩实迫于压力坦白罪行，原来她喜欢的宗赫竟是是同性恋者，宗赫和道振的关系令恩实吃醋，气急之下的恩实将宗赫杀死。

检查官李在忠在自己的车中遇害，京熙悲伤至极，她无法接手此案还被列为头号嫌疑犯。一线消防员李佑哲在连续工作后突然死亡，尸检结果显示也无法确定死亡原因。振宇在佑哲的追悼会见到前来闹事的佑珉，佑珉更是拿火烧自己胳膊用来恐吓振宇。振宇借机接近佑珉，根据佑哲生前留的影片，振宇认定佑哲和弟弟都患有脊髓半切综合症，佑哲早先知道真相便奋力工作想要为弟弟治病，佑珉得知哥哥一生都是在为自己付出，他失声痛哭起来。

新生代钢琴家崔书研死在家中的钢琴上，解剖后的死因仍显示为突发心梗。振宇和京熙去现场查找证据，邻居志勋提供的一份视频使得案情更为复杂。南警官也开始调查起那宗水污染案件，嫌疑犯李石南露面并邀请京熙单独见面。振宇排除掉跟随书研的八卦记者的嫌疑，他查出书研罕见的静电特征，志勋随即交代了事件始末。原来书研为了能让心爱的人抚摸自己的头发不惜选择自杀，志勋不得已答应帮书研实现愿望。

京熙独自赴约见到了神秘人，神秘人曾被朴正旭劫持，他自断手腕才得以逃生，京熙渐渐发觉日成劳务的阴谋。振宇的母亲突然出现，他得知多美竟然是自己妹妹。高桂女杀死黑帮老大吴张曼的案件颇有疑点，振宇怀疑她是帮儿子灿颖顶罪。灿颖同事炳春身上的药剂残留让他暴露，原来是他杀死老板并嫁祸给灿颖，高桂女以为是儿子犯罪，她急忙咬定是自己作案。真相水落石出，高桂女病发却没能见灿颖最后一面。

时宇被朴正旭所抓，正旭很能难问出消息只好将其关押起来。郑熙媛终于向振宇坦白，多美并不是自己所生而是克隆出来的产物。振宇听闻大为吃惊，他发现多美存在返老还童的症状便和母亲争吵起来。李石南突然被人杀害，京熙成为重点的嫌疑人遭到调查。振宇搜集到的证据都将目光指向徐尚宇，但证人朱福突然被暗杀让案件陷入僵局。振宇收到时宇被绑架的录像，原来是正旭利用时宇交换振宇手上的罪证，振宇不得已交出资料并成功救出时宇。

时宇被交换后却中黑枪射击，他最终没能被救下，众人都沉浸在巨大的伤痛之中。西韩化学的罪证也被指为伪造，振宇还发现熙媛竟是徐尚宇主治医生。京熙突然遭遇朴正旭的刺杀，幸好防弹衣救了她一命。振宇用麻醉剂将徐尚宇的助手强行控制，最终从他嘴里获取重要线索。振宇煽动吴检察官反戈一击，加上母亲交出了控制徐尚宇的电子芯片，振宇令徐尚宇暴露当年女生性侵案件的罪证。然而徐尚宇却被无罪释放，熙媛已派人将徐尚宇暗中杀死，振宇因违法走上了逃亡之路。