本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。2010 年 7 月 28 日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。这一切都是命运石之门的选择。

改編自 5pb. 與 Nitro+ 合作企劃的科學系列冒險遊戲的動畫作品。《命運石之門》與《混沌思緒）》擁有相同的世界觀，故事發生在《混沌思緒》之後的一年，作品中的大學生主角「岡部倫太郎」，擁有可以穿越時空傳送郵件的設備，並透過這些訊息的傳送來決定人類的未來……

Der 18-jährige Wissenschaftsstudent Rintarou Okabe glaubt, von einer mysteriösen Organisation verfolgt zu werden und betreibt mit seiner Sandkastenfreundin Mayuri und seinem Hacker-Kumpel Itaru ein Geheimlabor im Otaku-Mekka Akihabara.

Als er bemerkt, dass eine von ihm modifizierte Mikrowelle tatsächlich Textnachrichten in die Vergangenheit schicken und so die Gegenwart verändern kann, verstrickt er sich immer tiefer in das komplexe Raum-Zeit-Gefüge…

舞台は2010年夏の秋葉原。厨二病から抜け出せない大学生である岡部倫太郎は、｢未来ガジェット研究所｣を立ち上げ、用途不明の発明品を日々生み出していた。だが、ある日、偶然にも過去へとメールが送れる｢タイムマシン｣を作り出す。世紀の発明と興奮を抑えきれずに、興味本位で過去への干渉を繰り返す。その結果、世界を巻き込む大きな悲劇が、岡部たちに訪れることになるのだが・・・悲劇を回避するために、岡部の孤独な戦いが始まる。果たして彼は、運命を乗り越えることができるのか!?