28 июля 2010 года Окабе Ринтаро и Шиина Маюри идут на пресс-конференцию в Радио-холле, посвященную изобретению века — машине времени. Вдруг Ринтаро ощущает что-то вроде землетрясения и видит на крыше странный объект. Его окликает Маюри, которая нашла что-то поинтереснее. Оказывается, что Маюри у торгового автомата с коллекционными Упами. У нее не хватает денег, чтобы попытать удачу. Тогда Ринтаро опускает деньги в автомат, и ему достается очень редкий металлический Упа. Он отдает его Маюри. Вскоре объявляют начало конференции, и Ринтаро с Маюри идут в зал.

28 июля 2010 года Окабе Ринтаро пытается справиться с шокирующим фактом — Макисе Курису, которую он недавно видел мертвой в луже крови, стоит перед ним живая и здоровая. Неспособный верить своим глазам, Ринтаро ведет себя глупо и даже неприлично. Курису зовут, и это ее спасает.

29 июля 2010 года Курису неожиданно появляется в «секретной» лаборатории Ринтаро, что приводит к стычке между ними. Но оказывается, что это Итару рассказал ей об этом месте, что обрушило гнев Ринтаро уже на него. Курису еще раз представляется ребятам как следует, и они начинают думать над тем, что произошло. Курису внимательно исследует бананы и думает, что могло произойти в микроволновке для создания гель-банана.

31 июля 2010 года. Ринтаро осознает, что из-за экспериментов СЕРНа гибнут люди. Они с Итару пытаются узнать больше, но ничего не находят. Ринтаро вспоминает информацию об IBN 5100 от Сузухи и Джона Тайтора. Ринтаро решает связаться с Тайтором.

Позже Маюри и Ринтаро идут в прачечную, и по дороге встречаются с Сузухой, которую мистер Тенноджи уже зовет работать.

31 июля 2010 года, вечер. Сузуха закрывает магазин и видит, как Ринтаро и Курису тащат компьютер. Она сразу догадывается, что это IBN 5100, чем впечатляет Ринтаро. Потом Сузуха узнает Курису, хотя ранее их друг другу не представляли, и это по непонятной причине становится очень взволнованной. Однако Тенноджи зовет Сузуху, и на этом разговор заканчивается.

2 августа 2010 года, 11:52 утра. Прошло уже пять дней, с тех пор как спутник врезался в здание радиоцентра в Акихабаре. Это место становится популярным среди жителей и туристов, все хотят лично взглянуть на объект. Кирию Моэка находится среди толпы у здания, хотя сосредоточена она на своем телефоне, а не на спутнике. У нее пытаются взять интервью, но она убегает.

3 августа 2010, 13:25. После усовершенствования Телефонной микроволновки она получила номер 1.03 и теперь может отправлять Ди-мейлы на любые номера. Они проверяют работу устройства, и всё проходит успешно.

Позже Курису и Маюри идут за покупками в магазин. Когда они пришли в лабораторию, Окабе не обнаружил своего любимого Доктора Пеппера, вместо него Курису купила овощной сок. После этого он созывает “Собрание круглого стола”, где объявляет о второй стадии Операции Урд, суть которой изменение прошлого с помощью сообщения. Курису предупреждает его, что это может вызвать временной парадокс, но Окабе стоит на своём. Он решает отправить в прошлое выигрышный номер лотереи.

3 августа 2010, около 16:25. Окабе получает сообщение от Джона Тайтора, в котором он просит стать спасителем мира. Это его шокирует, и он начинает хохотать. Вскоре в лабораторию приходит Дару и Окабе говорит, что они продолжат эксперименты с Телефонной микроволновкой, даже несмотря на то, что Мистер Браун всё ещё в магазине. Курису не соглашается с этой идеей, но Окабе говорит, что ещё недавно она была за. Дару спрашивает, когда это было, и Курису понимает, что прошлое уже было изменено.

Окабе начинает задумываться о значительных изменениях, вызванных их экспериментами, и обнаруживается пропажа IBN 5100 из лаборатории. Единственная надежда найти компьютер ложится на плечи кошкодевочки Фейрис.

Окабе обнаруживает, что теперь в Акихабаре нет ничего связанного с культурой отаку. Он спрашивает Маюри и Дару о Тараноано и других магазинах которые раньше были в городе, но Маюри уверена, что их никогда не было в Акихабаре. Исчез даже May Queen Nyan-Nyan. Теперь Окабе понял, насколько сильно одно сообщение может изменить их мир.

10 августа 2010, 15:00. Чтобы провести очередной эксперимент с Мобиловолновкой, Окабе попросил Сузуху отвлечь Мистера Брауна, чтобы он не заметил тряску. Во время эксперимента, из-за тряски, на пульт от 42-х дюймового телевизора случайно падает отвертка и выключает его, и в этот же момент тряска прекращается. Чтобы проверить догадку Окабе ещё раз включает и выключает телевизор, и оказывается, что он выполняет роль лифтера. Раз теперь известно устройство Мобиловолновки, Окабе предлагает Курису подумать над физическим перемещением человека в прошлое, но она сразу говорит, что это невозможно. Говоря почему именно это невозможно, Курису приходит идея как можно переместиться в прошлое иначе. Она предлагает отправить воспоминания из настоящего себе в прошлое, почти также, как и Ди-мейл.

Напряжение в Лаборатории нарастает, когда Сузуха и Курису вдвоём приходят на вечеринку в честь завершения Машины для прыжков во времени, но это лишь начало. Ближе к ночи к ним врывается группа вооруженных людей во главе с их общим знакомым, и требуют отдать им машину времени.

Кирию Моэка вместе с пятью вооруженными людьми требует отдать им машину времени, а Окабе, Курису и Дару должны пойти с ними. Когда Окабе спрашивает о судьбе Маюри, то Моэка говорит, что ней нет необходимости и стреляет ей в голову.

Шокированный Окабе падает на колени и держит тело Маюри, повторяя её имя. Моэка подходит к нему сзади и требует отойти. В этот момент в комнату вбегает Сузуха и быстро нокаутирует всех мужчин с оружием. Она подбирает пистолет и направляет его на Моэку, которая делает тоже самое.

После неожиданной смерти Маюри в метро, Окабе множество раз возвращается назад и пробует разные способы спасти её. Но как бы он ни старался, Маюри всё равно умирает: от рук Моэки и её приспешников или от каких-либо других причин.

В одной из попыток, Окабе пробует уехать на такси, но из-за остановившихся поездов все дороги намертво встали. В пробке, к их машине подходит группа Моэки, и они в очередной раз убивают Маюри. Окабе же сбегает в Лабораторию и снова возвращается назад во времени.

Suzuha reveals the orgins of SERN's future totalitarianism. While she continues her work to destroy the organization, Okabe and Mayuri continue the search for Suzuha's father.

After the change in divergence fails to have a lasting effect, Okabe and Kurisu set out to further manipulate time in the hopes of gaining an IBN 5100.

In a further attempt to rescue Mayuri from her fate, Okabe reveals Ruka's past to her. Ruka must make a difficult decision that might change her entire life.

Okabe must make a time leap in order to save Moeka from herself. He realizes that all is not what it seems as Moeka's shady behavior leads him closer to the IBN 5100.

With the help of Kurisu and Moeka, Okabe attempts to get closer to the IBN 5100 and the mysterious FB. As he closes in on SERN's network, he realizes that the path to victory will not be without additional sacrifice.

With his new discovery in mind, Okabe continues his attempts to protect Mayuri while also trying to avoid Kurisu's potential impending fate.

In order to continue his work against SERN, Okabe must finally choose between saving Kurisu or Mayuri.

Tasked with preventing an impending World War III by an alternate Suzuha, Okabe finds himself playing an active part in Kurisu's death.

Okabe has one final chance to travel back in time, set everything right, and save the girl he never even got to love. His mission is vital, but it may mean the end for the mad scientist.