يبدو أن سيون البالغ من العمر 12 عامًا له مستقبل مشرق كمواطن مختار من نخبة المجتمع المثالي في المدينة رقم 6 ، حتى قرر توفير المأوى لـنيزومي أثناء إعصار حتى بعد علمه بأنه هارب مطلوب.

بعد إيواء أحد الهاربين، يجرد سيون من امتيازات مواطنة النخبة وإجباره على العيش في الضواحي مع والدته. بعد أربع سنوات ، أثناء عمله في مركز التخلص من النفايات، اكتشف طفيل غامض يجعل الناس يكبرون ويموتون في ثوانٍ. بعدها استجوبته سلطة المدينة مرة أخرى وقبض عليه، ولكن أنقذه نيزومي وأظهر له ما يكمن حقًا خارج أسوار رقم 6.

بعد فترة وجيزة من هروب سيون من المنطقة رقم 6، اكتشف سيون أنه مصاب أيضًا. يستخرج نيزومي الطفيلي من جسد سيون ويبقى على قيد الحياة ، ولكن مع بعض الآثار الجانبية.

بعد تعليمات والدة سيون، يقوم سيون ونيزومي بزيارة إلى ريكيغا، وهو صديق قديم لوالدة سيون. يعرض ريكيغا رعاية سيون، لكن يغضب سيون منه عندما يطلب من نيزومي أن يعمل لديه كعاهرة ويغادر.

امرأة في المنطقة رقم 6 كبرت فجأة وتوفيت. يسمع سيون عن هذا الأمر من ريكيغا ويتسابق إلى المسرح حيث كان نيزومي يؤدي مسرحية لإبلاغه بالأخبار.

عادت سافو إلى المنطقة رقم 6 بسبب وفاة جداتها. أثناء عودتها علمت بما حدث لسيون. في الوقت نفسه يواصل سيون ونيزومي مناقشتهما حول مستقبل المنطقة رقم 6 والنحل الطفيلي.

Rat learns from Karan's note that Safu was taken by the Bureau of Peace. However, he decides to hide this information from Sion and secretly request that Dogkeeper obtain information on the correctional facility. However, unbeknownst to Rat, Sion and Rikiga are visiting a used clothing store where Sion discovers Safu's coat that was smuggled from the correctional facility. Meanwhile, Safu is being treated as a "sample" by the researchers at the facility where she was taken.

In order to save Safu, Sion and Rat head to the edges of the Western District. There, they meet a legless old man who leads a large group of men. The old man, the person who named Rat, is actually one of the researchers with the young Karan in Rikiga's picture. The man tells Sion that Rat is the last survivor of the forest folk who were wiped out by No. 6, and he also tells them about Elyurias, the reason No. 6 destroyed the forest folk.

With Rikiga's help, Sion and Rat are able to extract information on the correctional facility from a top No. 6 official. They learn that it will be more difficult than they expected to infiltrate the facility. They also learn that No. 6 will engage in a cleaning operation before the Holy Day. On the eve of the Holy day, Sion and Rat are visiting a market in the West District when they encounter the military and find themselves caught up in a large-scale massacre and kidnapping.

The plan to rescue Safu is going as expected. But the further Sion and Rat go inside the facility, Sion’s attitude changes dramatically.

Sion and Rat have overcome many difficulties to reach Safu. But once they learn that Safu has merged with Elyurias, Sion becomes enraged. Meanwhile, the people gathered to celebrate the Holy Day have been attacked by a large number of parasite bees. Will No. 6 survive? And what will be the fate of Sion and Rat?