Alors qu'elle rentre du lycée, Clara Baldy, une jeune fille âgée de quinze ans, disparaît mystérieusement. Arrivés au commissariat, les parents de Clara implorent Navarro de retrouver leur fille au plus vite. Diabétique, elle peut mourir si elle n'a pas son injection d'insuline au-delà de vingt heures. Carole et Paoli retrouvent très vite le cartable de la victime tandis que Roussel et Boldec interrogent Mélissa, la meilleure amie de Clara. Elle leur confie, tout d'abord, que Clara ne se sentait pas très bien chez elle car sa mère était insupportable voire tyrannique. Elle leur avoue également que la dernière fois qu'elle a vu Clara, elle a remarqué la présence d'un homme qui semblait la suivre de loin.

Navarro enquête sur une bande de braqueurs qui écument les pharmacies de Paris afin de se fournir en stupéfiants. Lors d'un contrôle de routine, Paoli et Aurélie Beye, de la brigade des stups, croisent les braqueurs. Une fusillade éclate, un des malfrats est tué, Aurélie est blessée. Les autres prennent la fuite. Navarro est rejoint par le commandant Gerrard. Supérieur hiérarchique d'Aurélie, il s'en prend violemment à Paoli. Pendant ce temps, Christophe Morini, l'un des fuyards, retrouve Margaux Gerrard, sa petite amie, la fille du policier. Il lui raconte le braquage et lui demande de lui fournir un alibi. Navarro remonte jusqu'à Morini, qui nie les faits. Avant d'interroger Margaux, Navarro convoque sa mère. La femme de Gerrard se présente au commissariat, le visage couvert d'hématomes...

Le corps d'un jeune homme poignardé est retrouvé sur un terrain vague. Identifiée, la victime, Sébastien Duchemin, était connue des services de police pour des délits mineurs. Mathieu Gagnon, un proche de Sébastien, est bientôt soupçonné. En effet, des témoins ont vu les deux hommes se quereller l'après-midi précédant la découverte du corps. Alors que l'équipe de Navarro s'organise pour retrouver le coupable présumé, un prêtre arrive à "l'usine" et sollicite un entretien avec le commissaire. Le Père Georges affirme que Mathieu Gagnon est innocent mais, invoquant le secret de la confession, refuse d'en dire davantage. Jamais encore dans sa carrière, Navarro n'avait eu affaire à un curé qui plus est, semble détenir la clé d'un meurtre. Pour en savoir plus sur cet homme, visiblement torturé, il décide de mener sa propre enquête dans un univers qui lui est totalement inconnu, celui de l'Eglise... Ses premières investigations sur le père Georges lui révèlent que le curé, qui n' a plus de famille à l'exception de Guy , un frère dont il est très proche, partage son quotidien avec Blaise Jacquin, son homme à tout faire...