アメリカ西海岸センターシティ。ヒーローに憧れる少年ジョーイは、この街で祖母と二人暮らし。ある日、ジョーイは捨てられていた玩具のロボットを拾うと、修理を施し“ヒーローマン”と名前を付ける。ところが、その玩具に稲妻が直撃！ 驚くジョーイの目前には、巨大化した“ヒーローマン”が誕生していた…！

ヒーローマンの力を目の当たりにしたジョーイは、嬉しさと共に戸惑いを隠せないでいた。そんな中、地球は謎の生命体“スクラッグ”による侵略が開始されようとしていた。それを知ったジョーイは、宇宙との交信を行っていたデントンの元へと危機を知らせるべく駆けつける。しかし、武器を持ったスクラッグが出現！

センターシティ上空に現れた巨大な宇宙船は、大量のスクラッグを地上へと送り込んでいく。軍の力を持ってしても太刀打ち出来ない彼らの攻撃に、人々はただ逃げ惑うしかなかった。ジョーイは破壊された街並みにショックを受けながらも、意を決してヒーローマンを起動させると、自らも敵へと立ち向かっていく。

“自分こそがヒーローだ”その思いに駆られたウィルは、スクラッグの武器を奪うべく敵のアジトへと潜入する。一方、ジョーイは祖母を避難所へ送り届けると、情報を求めてデントンのもとへ向かう。かたや、ゴゴールは巨大な“タマ”による攻撃を開始する。ジョーイはヒーローマンとともに、その進行を食い止めようと挑んでいく。

街を破壊しながら転がり続けるタマに、なす術もないジョーイは、撤退を余儀なくされる。ジョーイたちはデントンの発明した兵器を携えて再び戦いに赴き、大量のスクラッグを相手に、地の利を生かした作戦を展開する。そんな中、彼らの前に新たな脅威が訪れようとしていた…。

突如出現した新たな敵に、打ちのめされるジョーイたち。一方、スクラッグの情報を分析していたデントンは、五つのタマが主要国の要所へと向かっていることを突き止めた。その一つは、ホワイトハウス。この事実に一同は、驚愕し焦りを募らせていく。タイムリミットの近付く中、ジョーイたちは敵の本拠地へと向かう決意を固める。

人類存亡の危機を前に大統領は核使用の決断を迫られていた。そこに現れたマッドサイエンティスト“ドクターミナミ”は、核を使うことなく、タマを止めてみせるという。一方、スクラッグの本拠地へと侵入したジョーイたちを出迎えたのは、再度洗脳されたウィルとニックであった。ジョーイは洗脳を解こうと画策するが…。

タマのコントロールを破壊するため、スクラッグの基地へと潜入したデントンとサイであったが、すぐに敵に取り囲まれてしまう。スクラッグの首領ゴゴールも現れ、絶体絶命のピンチに追い込まれた時、ジョーイとヒーローマンが現れる。ついに、最強の力を持つゴゴールとヒーローマンの、決戦の火蓋が切られる!!

ゴゴールの残忍な攻撃を受け、立ち上がることが出来ないジョーイ。その姿を目の当たりにしたヒーローマンは、今までには無い強大なエネルギーを発し始める。一方、猛進し続けるタマを前にして、ドクターミナミは余裕の表情を見せていた。彼にはタマを止める目的とは別に、一つの企みがあったのだ。

スクラッグとの戦いから三ヶ月。バイトが増えたジョーイは働きながら、復興作業に精を出す人々の元気な姿に喜びを感じていた。そんな中、ウィルから永遠の別れを告げられたリナ。リナはその悲しみを乗り越えようと、ジョーイをデートに誘おうとする。ところが、そんな彼女の思いを阻むかのように、様々な邪魔が…!?

センターシティの復興作業を影で行う“ゴースト”の存在に、合衆国政府はスクラッグとの関連性を危惧していた。調査を任されたヒューズは、“ゴースト”との接触をねらい計略をめぐらす。それは確実に、ジョーイとヒーローマンを追い詰めていくのだった…。その頃、ジョーイの元にベースを背負った謎の女が訪れていた。

心待ちにしていた“初デート”を迎えたジョーイとリナ。二人は初々しい様子で、ショッピングや海での水遊びを楽しんでいた。ところが、おせっかいなサイにデントン、そしてホリーによって、順調かに見えたデートに暗雲が立ち込める。ジョーイは様々な障害を切り抜け、リナを喜ばせようと奮闘するが…。

リナとのデートを満喫したジョーイ。ところが、至福の時はデントンからの緊急事態を知らせる電話によって一変してしまう。政府が正式にヒーローマンをスクラッグの残党として発表したのだ。一行はヒーローマンの濡れ衣を晴らすため、センターシティに張られた包囲網からの脱出を決意するのだった。

ジョーイたちはセンターシティからの脱出を成功させ、一路デントンの知り合いのいるネバダを目指していた。思いつめたジョーイはリナへと連絡を取るも、ヒューズたちに居場所を探知され追い詰められていくのだった。逃げ場を失った一行はジョーイとヒーローマンを守るために、自らの身を挺して立ち向かっていくが…。

仲間と別れ、一人森を進むジョーイ。そんな傷心の彼の前に現れたのは、ヒリーの店で常連のヒューズだった。彼はジョーイに対話を求める。一方、ヒーローマンを探索していたミナミは、私怨に駆られた末にMR-1を操り暴走を始める。その攻撃はジョーイたちに向けられ、ついにヒーローマンとミナミの因縁の対決が開始される！

執拗にヒーローマンへの攻撃を続けるドクターミナミ。繰り広げられる激しい交戦の末、戦闘はダムへともつれ込む。見境のないミナミの攻撃は徐々にダムを破壊し始め、ジョーイたちは更なる被害を避けるためダムを庇いながらの戦闘を強いられる。ミナミの無差別な猛攻を前に、ヒーローマンは自らの体を盾に戦い続けるが…。

様々な施設を狙った“襲撃事件”。そこに一つの共通点を見出したデントンは、その目的が“スクラッグ”に関係していることをジョーイたちに告げる。一連の襲撃事件の犯人を自ら誘い出そうと作戦を練り、準備万端でジョーイたちは犯人を待ち構える中、“意外な人物”が目の前に現れる。犯人の正体、その目的にジョーイたちは…。

ヒューズの計らいで、政府所有の無人島へと招待されたジョーイたち。夜も更けた頃、お約束の怪談話を始めることに。サイによって語られる、この島に古くから伝わる呪われた魔物の話。そんな中、その話に呼応するかのように起こり始める恐ろしい現象。やがてジョーイたちは、閉鎖されたこの島で恐怖の体験をすることに…。

ジョーイたちの訪れた島は“謎の生命体”によって支配されていた。仲間とはぐれてしまったジョーイは、ヒーローマンたちを探して森の奥深くへと進んでいく。謎の生命体による攻撃を受け、身動きの取れなくなったヒーローマンを発見したジョーイは、今度は自分が助けようと攻撃を仕掛けてくる生命体へと果敢に立ち向かう。

デントンに連れられ、土採取にきていたジョーイとサイ。そこは、最近連続して起きている謎の失踪事件の現場の一つだった。ところがその日を境にして、今度はデントンの行方が分からなくなってしまう。心配したジョーイとサイは捜索を開始するが、やがて失踪事件の唯一の目撃者である一人の少女へと辿り着く。

デントンの行方を追うジョーイとサイの目の前で、またも誘拐事件が発生してしまう。その場に居合わせたにも関わらず防ぐことの出来なかったことに、ジョーイは焦りと共に苛立ちを隠せない。やがて一行はデントンの残した謎のメモにより犯人のアジトを突き止める。ジョーイとサイは、自分自身のリベンジを掛け戦いに挑む。

13年前に炭鉱で起きた火災事故で死んだジョーイの父ブライアンは、仲間を救うために行動したことから、街の人々はセンターシティの“ヒーロー”だと話す。だが、ホリーにとって父親とは決してそのような人物では無かったという。姉の発言から今の自分に迷いが生じたジョーイは、“ヒーロー”について改めて考え始める。

最近起きていた一連の事件の裏に 新たなる刺客が関係していたことが判明した。敵の陰謀は、ホワイトハウスへの急襲だった。ホワイトハウスの周辺一体は、謎の植物の増殖により壊滅的状況に陥っていく。再び訪れた脅威を前に、ジョーイは世界の命運を掛けた戦いへの覚悟を決める。

敵地へと乗り込んだジョーイとヒーローマンは、次々と襲いくる敵を相手に戦闘を繰り広げていた。大統領の安否の分からない状況で軍の大規模な攻撃は叶わず、彼らはたった二人での戦いを強いられていく。やがて、敵の中枢部へと迫ったジョーイたちの前に、史上最悪の“敵”が復活を遂げようとしていた。

スクラッグの真の目的、それは首領“ゴゴール”の復活だった。再び立ちはだかる宿敵を前に、ジョーイたちは臆することなく立ち上がる。しかし、ゴゴールの覚醒は序章でしかなく、更なる危機が彼らを待ち受けていたのだった。物語は終にクライマックスを迎える…！

世界が滅亡へと向かおうとする時、力を得た少年ジョーイはたった一人で人類最強の敵“ゴゴール”に立ち向かおうとしていた。世界を、仲間を、大切な人を守るため、ジョーイは固く決意していく。その強い眼差しの先に見えているのは輝く未来か、それとも…。今ここに真の“ヒーロー”が誕生する…!!