El Capitán Jack vuelve y el equipo de Torchwood se reencuentra para luchar contra un agente del tiempo. El misterioso Capitán John Hart está decidido a crear confusión y caos y, para ello, necesita encontrar algo escondido en la Tierra. Pero cuando la vida de Gwen está en peligro y hay grupos de bombas esparcidas por la ciudad... ¿De qué lado estará Jack?

Torchwood sospecha que los alienígenas pueden estar involucrados en un robo que ha terminado en matanza.

La agente Toshiko se siente atraída por un atractivo soldado, atrapado fuera de su tiempo que, sin ser consciente de ello, tiene en sus manos la clave para salvar el mundo.

Rhys descubre la verdad sobre Torchwood y comienza a trabajar como un miembro más del equipo. El equipo Torchwood comienza entonces una investigación en la que hay involucrada carne alienígena. Con Rhys en constante peligro, Gwen está bajo más presión que nunca: ¿llegará Rhys demasiado lejos?, ¿le exigirá Jack demasiado para él? y ¿puede salvar Torchwood al alienígena de ser usado como carne barata?

Un alienígena con el poder de cambiar los recuerdos se infiltra en Torchwood. Su principal objetivo es vencer al equipo del malvado Adam y apropiarse de todos sus recuerdos. Torchwood deberá buscar una solución cuanto antes, pero la ciudad no se encuentra en su mejor momento. Y es que mientras que el Capitán Jack se encuentra atrapado en el triste recuerdo de haber perdido a toda su familia, Gwen no deja de hacer esfuerzos para recordar a Rhys. Además, Toshi sigue enamorada del infiltrado y Owen de Toshi. Ante esta situación, sólo queda la fe de Jack para salve la situación.

El Capitán Jack llama a Martha Jones para que investigue junto a ellos unas misteriosas muertes. Cuando el rastro les lleva hasta un siniestro centro de pruebas médicas, Martha se oculta. El equipo Torchwood deberá buscar en solitario una solución.

En estado de shock tras la muerte de Owen, el equipo de Torchwood afronta sus peores momentos. En un esfuerzo por resucitarlo el Capitán Jack utiliza el ‘guante de resurrección’ con el que logrará volver a traer a la vida a Owen. El problema es que esta resurrección desencadenará una fuerza que llevará el caos a la Tierra. ¿Está Owen resucitado o realmente está muerto?

Víctima de sus recién descubiertas circunstancias, Owen Harper no se adapta a su condición de muerto viviente. Por ello solicitará la ayuda de una solitaria chica que encuentra en el tejado que ha decidido suicidarse tras la muerte de su marido. El problema es que su ayuda sólo consistirá en participar en una misión que le encomienda Torchwood para retirar un dispositivo alienígena que está demostrando hacerse más letal cada segundo. Toshiko, por su parte, está dispuesta a ayudar a Owen en su nueva condición de muerto viviente, pero ¿Owen lo aceptará?

Gwen va a casarse, le quedan tan solo unas horas para contraer matrimonio con Rhys y está disfrutando de su despedida de soltera. Pero tras el ataque de un alienígena, queda embarazada. Después de aceptarlo y explicárselo a su novio, ambos deciden seguir adelante con la boda. Todo irá bien hasta que descubren que en la ceremonia se ha colado un alienígena como invitado y Torchwood tendrá la difícil misión de eliminarlo. ¿Podrán casarse Gwen y Rhys?

Jonathan, un adolescente de Cardiff, desaparece en extrañas circunstancias. Gwen, conmovida por la historia de la madre, intenta ayudarla a encontrarle pero pronto descubre que, como Jonathan, hay cientos de personas que desaparecen sin dejar rastro . Cuando Gwen decide utilizar la tecnología de Torchwood para encontrales, Jack no se muestra de acuerdo. La respuesta parece estar relacionada con la brecha espacio temporal que atraviesa la ciudad. ¿Es posible que además de entrar también puedan salir cosas a través de ella? Y si es así, ¿qué tiene que ver Jack en todo eso?

Durante una misión, el equipo cae en una trampa y una enorme explosión les deja al borde de la muerte. Dicen que antes de que una persona muera, toda su vida pasa ante sus ojos y así descubrimos cómo el capitán Jack fue reclutado por el Torchwood victoriano de 1899, también vemos la arriesgada misión de Toshiko que la llevó a una cárcel secreta en la que la privaron de derechos hasta que se le presentó una oferta que no pudo rechazar, o la revelación médica que cambió la forma de Owen de ver el mundo y le abrió los ojos hacia horizontes desconocidos. ¿Significa esto el final de Torchwood?

John Hart, antiguo compañero de Jack, estaba detrás de las bombas que casi matan al equipo, pero él también es una víctima más. Grey, el hermano desaparecido del capitán, ha vuelto, pero culpa a éste de todos los horrores que le tocó sufrir cuando fue capturado y sólo busca venganza. Para ello, ha decidido destruir todo lo que signifique algo para Jack, empezando por su equipo y acabando por su vida. ¿Podrá controlar Torchwood el caos que se cierne sobre la ciudad? ¿Conseguirá Jack salvar aquello que ama?