英国ウェールズの首都カーディフ市。警察が連続殺人事件の捜査に追われる最中、現場に正体不明のチーム「トーチウッド」が現れる。婦人警官グウェンはトーチウッドが死体に命を呼び戻すのを目撃して驚く。トーチウッドのひとりが「キャプテン・ジャック・ハークネス」と名乗ったのを聞き、身元を調べるグウェン。だがジャック・ハークネス大尉は、第二次大戦中に英国空軍に所属したアメリカ人義勇兵で行方不明になっていた。

トーチウッドのメンバーとなったグウェンだが、警察と勝手が違って役に立てない。カーディフ市に墜落した隕石を調査中に、グウェンは不注意から隕石内のガス状エイリアンを逃がしてしまう。

ある青年からエイリアンの小型装置を回収したグウェンの前に、突然、幽霊のように迷子の少年が現れる。グウェンは声をかけるが少年は去ってしまう。調べてみるとそれは、現在70歳代の老人が、戦時疎開してきた日の姿だった。

いつも黙々と雑務をこなしているイアント。彼には大きな秘密があった。トーチウッド１が滅んだ「カナリー・ワーフの戦い」で半分サイバーマン化された恋人リサを最地下の空き室にかくまい、サイバー化装置を改造した生命維持装置で命をつなぎながら人間に戻す方法を模索していたのだ。

エステルがラウンドストーンの森で妖精を目撃したと聞いて、ジャックは警戒する。妖精は人間が空想しているような可愛い生き物ではないからだ。エステルはジャックの父親の昔の恋人で、２人は戦争で生き別れた。だがグウェンは、エステルを愛したのはジャック本人ではないかと疑う。

トーチウッドは５ヶ月で17人が行方不明になったブレコンを調査に訪れる。森でオーエンに迫られたグウェンは不審な人影を発見。人影は消えたが、そこには肉を削がれ内蔵を抜かれた死体があった。検死中にトーチウッドの車が盗まれる。車の現在地は西にある小さな村。ジャックはチームを率いて村へ向かう。

密かにオーエンに心を寄せるトシコは、急接近したオーエンとグウェンの様子が気になって仕方がない。そんな折、パブでメアリーと名乗る女性から声をかけられる。奇妙なことに彼女はトシコのことをよく知っており、トーチウッドの名前さえも口にする。メアリーから人の心の声が聞こえる不思議な力を持つペンダントを受け取ったトシコは、メンバーたちや街行く人々の心の奥底の声に翻弄され、疲弊していく。

殺人現場に「トーチウッド」と血で書かれたメッセージが残される連続殺人が発生。ジャックたちはやむなくグローブの封印を解き、被害者を一時的に蘇生させ手がかりを聞き出すと、「ピルグリム」「マックス」「スージー」の名が挙がり、自殺した元メンバー「スージー」の名に一同は動揺する。彼女は生前、ピルグリムというサークルに参加し、今回の連続殺人犯マックスと親しくしていた。

トーチウッドにつきまとっていたSFオタク青年ユージーンが死んだ。ジャックは交通事故と判断するが、グウェンは殺人の疑いを抱き調査を開始。そのユージーンは幽霊となり、憧れのグウェンと行動を共にするが、誰にも見えない。

一機の旧型小型飛行機が滑走路に着陸した。機内から降りてきたのは女性パイロットのダイアン、中年男性のジョン、若い女性エマ。飛行機が時空間の裂け目をくぐり、1953年12月18日からやって来たのだ。ジョンは商用で、エマはおじの子供の世話をするためにダブリンに行く途中だった。未来に迷い込んだことを知って愕然とする3人。トーチウッドのメンバーは3人の家族たちの消息を調べる。

ある夜、トーチウッドのメンバーは追跡中のウィーヴィルを何者かに連れ去られる。そんな折、過度の重傷を負い病院に運び込まれる人が急増しているとの情報が入る。ジャックたちは犯行グループのバンを追跡、向かった先の倉庫でウィーヴィルに殺されたと思われる死体を発見する。ウィーヴィルに襲わせて殺害すれば、犯人の特定につながる証拠は残らないということになるのだ。

20年近く前から廃墟になっているダンスホールから戦時中の音楽が聞こえるとの通報を受け、ジャックとトシコが調査に向かう。ところが気づけば2人は 1941年にタイムスリップしていた。現代に戻るには、基地にあるコントローラーで時空間の裂け目を開けばいいのだが、作動に必要な計算式の半分をトシコがラップトップパソコンに入れたまま持って来てしまっていた。

世界各地で時間的異常による事件が多発する。それはすべて時空の裂け目から発生していた。ジャックは「お前が裂け目を開いたせいだ」とオーエンを責める。この事態にビリスが関係していると考えたジャックはグウェンを連れてビリスの店へ。「裂け目を開けばすべてが元に戻る」と言うビリスにジャックは「危険すぎる」と答える。

ジャックが消えたトーチウッド。オーエン、トシコ、グウェン、イアントの４人はスポーツカーで町を暴走するフグを追いつめるが、人質を取られて手が出せない。そんなトーチウッドの窮地に銃声が鳴り響いた。銃撃の主は…。

ある夫婦のアパートで２人組の強盗が殺害される。目前での犯行にも関わらず妻ベスは何も見ていないと供述。強盗が死に際に「アパートの女は危険だ」と言い残したことから、トーチウッドはベスを連行、正体を突き止めるために「精神探査機」で意識を探る。

トーチウッドには1918年からコールドスリープしている青年兵士がいる。名前はトミー。当時、陸軍病院で発生したタイムシフトを止めるキーパーソンなのだが、詳細は時限ロックされた箱に封印されており、タイムシフトが検知され解除されるまで不明だ。「未来のいつか」であることしか分かっていないその日に備え、毎年１回、１日だけトミーをコールドスリープから目覚めさせ検診を行っている。今日はその健診日。トミーに思いを寄せるトシコは健診を終えたトミーとデートを楽しんでいたが…。

リースが勤務するハーウッズ運送の運転手が事故を起こして死亡。事故現場へ向かったリースは、積荷の肉を調べに来たトーチウッドのグウェンを目撃してしまう。積荷はエイリアンの肉と判明し、トシコは警察を装ってリースのオフィスへ探りの電話をかけるが、リースの返事は要領を得ず、皆の疑惑を招く。

ある朝、遅刻して出勤したグウェンは見知らぬ青年を見つける。青年がグウェンの肩に手を置き話しかけると、グウェンの頭の中で青年とふざけあっている場面がフラッシュバックし、３年前チームに入ったアダムであることを思い出す。

ある日、UNIT（国際連合情報部）からメディカル・オフィサーのマーサがやってくる。今回マーサが調べているのは、不可解な突然死だった。被害者はみな自殺か事故死として処理されていたが、眼球に注射の針の跡があり医療記録が消されていた。そこへ初めての生存者が現れる。彼女はファーム研究所で「リセット」という名の治療薬の臨床試験に協力し、その効能で不治の病が治ったと言う。

オーエンを蘇らせるため、ジャックはタロット占いをする不思議な少女に接触し、ウィーヴィルの巣と化した教会の廃墟から蘇生グローブを持ち帰る。呼び戻せても長くて２分間だが、最期の別れをすることは出来る。ところが……。

ジャックはオーエンをチームの医療責任者から解任して、検査を受けろと命じる。雑用係となったオーエンはいら立ち、イアント、マーサ、トシコに八つ当たりする。大金持ちのエイリアン・コレクターであるパーカーの屋敷からエネルギー・スパイクが検出されたが、ヒートセンサーがあり潜入は難しい。死人で体温がないオーエンが屋敷へ向かうことになる。

グウェンはエイリアンを追跡中に腕を噛まれたまま、独身さよならパーティーへ。結婚式当日に目覚めると、一夜にして妊娠していた。だがグウェンは今日リースと結婚したいと言い張る。

カーディフの由緒ある映画館「エレクトロ」で昔のホープ通りの映像を編集した映画が封切られ、地元出身のイアントはグウェンとオーエンを誘って見に行く。だが映写技師ジョナサンがカットしたはずのサーカスのシーンが繰り返し上映されて、フィルムから２つの黒い影が抜け出す。

グウェンは元同僚の警察官アンディに頼まれて、行方不明になった15歳の少年ジョーナ・ベヴァンの捜査に協力する。母・ニッキーの話では７ヶ月前に帰宅中に姿を消したのだと言う。防犯カメラはジョーナが消えた45分後に現場に来たジャックの姿をとらえていた。

不審な生命体反応をキャッチしたチームは、調査のため廃墟の倉庫へ向かう。この日グウェンは寝坊。先に調査を開始したジャック、オーエン、トシコ、イアントが目にしたものは時限爆弾だった。脱出の間もなく４人は瓦礫に埋もれる。そしてそれぞれに、トーチウッドに入ったいきさつを回想する。

キャプテン・ジョン・ハートは裂け目を開いてエイリアンを放ち、町中を爆破した挙句にジャックを拉致して消える。残されたグウェンたちは手分けしてエイリアンを退治するが、爆破の衝撃で原子力発電所の原子炉が制御不能になり暴走を始める。