只有被选上的人才能操纵的“案山子”，据说是神的分身而受人祭祀。就在此时，东京这个大都市竟然陆续出现离奇死亡案件!!究竟是人类所为？还是…

離開閉鎖的故鄉，匡平隻身一人來到東京上大學。某天，匡平的妹妹詩緒來到匡平家。她擁有「隻」的資格，可以操縱在家鄉中如神般的存在、名為「案山子」的人偶。詩緒告訴匡平，過去在村中引發慘劇的兒時玩伴阿幾，為了找到匡平而逃出村子。阿幾跟詩緒一樣擁有「隻」的資格，在這時操縱著「案山子」襲擊了匡平。

如今，眾神之戰一觸即發。

Kyouhei is een student die zijn geboortedorp heeft verlaten om in Tokio te gaan studeren. Daar worden 'Kakashi', houten poppen met krachten, aanbeden.

Nadat ze de nacht hebben doorgebracht met drinken met zijn buurman Shiba, ontdekken ze een lijk in de lift. Zijn jongere zus Utao, die hem in Tokio vindt, vertelt hem dat Aki, een oude vriend, met een 'Kakashi' uit het dorp is weggelopen en dat hij en zijn pop verantwoordelijk zouden zijn voor de moord.

One night, Kyouhei and Hibino discover a dead body and coincidentally Kyouhei’s sister appears with the doll called Kamisama she controls.

Kyouhei est un étudiant qui a quitté son village natal pour aller étudier à Tokyo. Là-bas, les "Kakashi", des poupées en bois possédant des pouvoirs y sont vénérées.

Après avoir passé la nuit à boire avec sa voisine Shiba, ils découvrent un cadavre dans l'ascenseur. Sa jeune soeur, Utao, qui le retrouve à Tokyo lui dit qu'Aki, un vieil ami, se serait enfui du village avec un "Kakashi" et que lui et sa poupée seraient les responsables du meurtre.

Kyouhei zieht nach Tokio, weil er vor den Ereignissen, die in seiner alten Heimatstadt geschahen, flüchten will. Begleitet wird er dabei von Shiba, seinem alten Nachbarn. Nachdem die beiden eine Nacht mit Trinken verbringen, entdecken sie in einem Aufzug eine mit Blut bespritzte Leiche. Von seiner kleinen Schwester Utao und ihrem Kamisama Doll erfährt er, dass ein alter Freund, Aki, und sein Doll die Schuldigen sind.

קיוהאי, לאחר שעבר לטוקיו מעירו הקודמת בכדי להתרחק מהאירועים המתרחשים בה, יוצא לשתות עם חבריו ושכנתו הוותיקה, שיבה היבינו. לאחר ששתה כל הלילה, הוא ושיבה מגלים גופה מלאה בדם במעלית. נאמר לו ע"י אחותו הצעירה עם בובת האל, שזה נעשה ע"י אקי, חבר וותיק, והבובה שלו האחראית למעשה.

La trama di Kamisama Dolls è incentrata su Kyohei, uno studente universitario cresciuto in un villaggio in cui misteriose figure, chiamate kakashi, sono venerate come dei. Ammesso all’università, Kyohei abbandona il villaggio natale, concentrandosi interamente sullo studio, tuttavia il passato torna a bussare alla sua porta quando la sua sorella minore Utao lo raggiunge a Tokyo con il suo kakashi chiamato Kukuri. La ragazza racconta a Kyohei che anche un’altra persona del villaggio è arrivata nella grande metropoli accompagnata dal suo kakashi, Aki, un fuggitivo responsabile di un orribile crimine di cui Kyohei è stato testimone. Travolto dagli eventi il ragazzo comprenderà infine di non poter più fuggire a quel passato che ha tentato di seppellire e dimenticare lasciando il villaggio natio.

故郷の村を後にして、東京で平穏な大学生活を送る匡平は、想いを寄せていた日々乃に告白しようとしていた。だがその日、彼女と二人きりになったところで惨殺された遺体を見つけてしまう。さらに帰宅途中、正体不明のモノに襲われた匡平のもとに、故郷から案山子と呼ばれる奇妙な人形を操る、妹の詩緒が訪ねてきて…。

폐쇄적인 고향을 떠나, 도쿄에서 혼자살이를 시작한 대학생 쿄헤이. 그의 곁에 어느 날, 쿄헤이의 고향에서 신으로 숭배받고 있는 허수아비 인형을 다룰 수 있는 세키의 자격을 지닌 친여동생 우타오가 찾아온다. 우타오는, 쿄헤이의 소꿉친구이며 과거에 마을에 참극을 불러일으킨 아키가 쿄헤이를 쫓아 마을에서 도망쳤다는 걸 전한다.

모습을 드러낸 우타오와 똑같이 세키(隻)의 자격을 지닌 아키는 허수아비를 다루어 쿄헤이에게 덮쳐든다. 그렇게 하여 지금, 신들의 싸움이 시작된다.

W niewielkiej wiosce, ukrytej przed światem w bezkresnych lasach deszczowych, ludzie posiedli zdolność budowania i kontrolowania niebezpiecznych lalek kakashi. Były to drewniane monstra o rozmaitych kształtach i przeróżnych mocach. By marionetka mogła się poruszać, potrzebny był seki – osoba, która za pomocą telepatii sterowała kukłą. Główny bohater - Kyouhei, był jednym z seki, ale pewne wydarzenia z przeszłości sprawiły, iż musiał zrezygnować i oddać lalkę swojej młodszej siostrze. By zapomnieć o wszystkim co zaszło, wyjechał na studia do Tokio i zaczął wieść normalne życie. Niestety okazuje się, że piętno, jakie pozostawiła na nim wioska, będzie prześladować go bez względu na to, dokąd się uda. Zaraz po wyjeździe Kyouheia, z więzienia ucieka jego prześladowca - Aki - chory psychicznie sadysta, który kontroluje wyjątkowo niebezpiecznego kakashi. Bezbronnemu bohaterowi na pomoc przybywają wysłani z wioski seki oraz jego młodsza siostra.

Kyouhei, muda para Tokyo com o intuiro de se afastar de um incidente que ocorreu em sua vila. Na cidade ele se encontra com sua amiga de infância, Shiba. Depois de uma noite de bebidas, ele e Shiba descobrem um corpo no elevador. A sua irmã menor, Utao, conta que Aki, outro amigo de infância de Kyouhei, foi o culpado por esse assassinato. Mas que incidente foi esse que Kyouhei quer tanto se afastar?

La historia gira en torno de Kyouhei, un estudiante de universidad que creció en una remota villa que adora a una especie de robots, de nombre kukuri, como si fueran dioses. Kyouhei toma la decisión lógica de todo habitante de pueblos como Silent Hill o Hinamizawa, se muda lejos, concretamente a Tokyo y se olvida de su vida anterior. Sin embargo, se encuentra con su hermana menor Utao y su kukuri en Tokyo. Ella está ahí para avisarle sobre un fugitivo de nombre Aki y quien junto a su propio kukuri, es el culpable de un horripilante crimen que Kyouhei acaba de presenciar. Evidentemente, se da cuenta que no puede escapar de las tradiciones de su villa.