Le forze della Repubblica sono bloccate in un combattimento contro un'armata di droidi su una stazione spaziale che circonda un intero pianeta. Anakin Skywalker comanda valorosamente i suoi uomini in un'offensiva disperata, assistito dai Maestri Jedi Tiplee e Tiplar. Nel frattempo un clone di nome Tup è affetto da una misteriosa malattia mentale, provocando la morte scioccante di un Maestro Jedi. Impossibile rendere conto delle sue azioni omicide, Tup viene sedato e rimandato sul pianeta Kamino per essere esaminato. Anakin accompagna Tup, ma durante il viaggio di ritorno sono vittime un'imboscata da parte dei Separatisti.

Nei laboratori sterili di Kamino, il clone malato Tup e il suo amico Fives delle ARC Trooper vengono messi in quarantena per essere esaminati a seguito dello scioccante omicidio di un Maestro Jedi. Con l'aiuto di droide medico AZI-3, Fives è determinato a andare a fondo della condizione di Tup e scoprire i segreti sepolti all'interno del programma di clonazione della Repubblica.

Il corpo di Tup viene trasportato al soccorso medico di Coruscant, dove i medici personali del Cancelliere Palpatine lo esamineranno attentamente. Nel frattempo Fives rompe il protocollo di sicurezza in cerca di risposte sulla malattia mentale che lo ha colpito, venendo così a scoprire l'esistenza di una costruzione organica per scopi sconosciuti nascosta nel cervello di tutti i cloni.

Fives continua a spingere per avere risposte per quanto riguarda il mistero della contaminazione del cervello dei cloni e riesce ad ottenere un incontro con il Cancelliere Palpatine. La situazione però crolla rapidamente quando Fives è accusato di aggressione nei confronti del Cancelliere, ed è costretto a fuggire in profondità nel paesaggio urbano di Coruscant, mentre gli altri cloni gli danno la caccia.

Mentre si trova su Scipio per finanziare una missione, Padmé Amidala viene chiamata da un vecchio amico, Rush Clovis, per aiutarlo a scoprire la corruzione che si annida nel Clan Bancario. Padmé e Clovis devono però eludere il cacciatore di taglie Embo per fuggire dal pianeta con le informazioni incriminanti.

Tornato su Coruscant, Clovis (noto traditore della Repubblica) fa un dubbio accordo che lo mette a capo del Clan Bancario. Anakin, aumentando la diffidenza e l'odio nei confronti di Clovis, rischia di mettere a rischio il suo rapporto con Padmé, che ancora si fida del suo vecchio amico.

Dopo aver fatto un accordo con il Conte Dooku per rianimare il malato Clan Bancario, Rush Clovis diventa una pedina nei disegni di Dooku. L'affare di Clovis con i Separatisti fallisce e porta la guerra al mondo bancario di Scipio, costringendo così la Repubblica ad intervenire.

La regina Julia del pianeta Bardotta è stata rapita dal culto sanguinario Frangawl per soddisfare una profezia oscura ed antica. Il rappresentante Jar Jar Binks e il Maestro Jedi Mace Windu inviati dal Consiglio ad indagare, devono riuscire a ritrovare la regina manca prima che il culto possa salire al potere. La Grande Madre, che vuole portare a termine il rituale per appropriarsi del potere, si rivela essere la Sorella della Notte Madre Talzin, che con la Magia Nera tende a sopraffare Windu, ma grazie all’intervento tempestivo, eroico e sbadato del rappresentante Binks, la sfera stregata che avrebbe dovuto contenere il potere della regina si rompe, la magia nera svanisce e Madre Talzin si dissolve.

Durante una missione, i Jedi trovano una spada laser appartenente al Maestro Sifo-Dyas, morto da tempo, spingendo così Yoda, Obi-Wan Kenobi ed Anakin Skywalker ad aprire un'inchiesta sulla scomparsa del defunto. Questo innervosisce il malvagio Cancelliere Palpatine / Darth Sidious, il quale ordina al conte Dooku di eliminare eventuali prove che possano portare i Jedi a scoprire la verità circa la cospirazione dei Sith che si annida in Senato.

Yoda è profondamente instabile quando sente qualcosa provenire dall'oltretomba: è la voce di Qui-Gon Jinn. Sapendo che è impossibile per un Jedi riesca a conservare la sua identità dopo la morte, il Consiglio Jedi comincia a preoccuparsi che Yoda potrebbe essere danneggiato dall'influenza del Lato Oscuro della Forza. Determinato a trovare delle risposte, Yoda fugge dal Tempio Jedi.

Seguendo le strade della Forza, Yoda viaggia nel cuore della galassia di un mondo antico che è una delle sorgenti della Forza e la fonte delle Midi-Chlorian. Yoda è costretto quindi ad affrontare le difficili prove amministrate dalle cinque sacerdotesse che detengono tutti i segreti dell'immortalità.

Al termine di numerose ed estenuanti prove a cui è stato sottoposto dalle cinque sacerdotesse Midi-Chlorian, Yoda viaggia verso il mondo dei Sith, l'antica dimora di Moraband, dove deve affrontare un male antico. L'ultima sfida che Yoda affronterà è scegliere tra l'altruismo unito al sacrificio e il desiderio ingannevole di vendetta, sfida per la quale Darth Sidious e il Conte Dooku su Coruscant creano un diversivo nella Forza nella speranza di distruggere Yoda e l'Ordine dei Jedi; nella sfida Yoda si ritrova ad affrontare Sidious e Dooku insieme ad Anakin, che decapita Dooku e viene tramortito dai fulmini della Forza di Sidious, Yoda si sacrifica salvando la vita ad Anakin e allo stesso tempo rimane determinato ad affrontare Sidious, insieme precipitano nel vuoto, di Sidious ne rimane soltanto la tunica, segno che Yoda ha brillantemente superato la prova. Yoda e R2-D2 ritornano su Coruscant, ma il Jedi decide di tenere parzialmente nascosto ciò che ha appreso.