Республиканские силы увязли в жаркой схватке с бесчисленным войском дроидов на одной из космических станций. Уже который день Скайуокер и его воины отражают атаку за атакой, но пока победа не достается ни одной из сторон. На подмогу Энакину прибывают джедаи-близнецы, сёстры Типли и Типлар, благодаря смелому марш-броску которых остальные войска воодушевляются на решающую атаку неприятеля. Однако, когда один из клонов намерено убивает одну из сестёр, Скайуокер, в рамках расследования этого дела, отправляет того на планету Камино. Там он надеется найти разгадку странного происшествия, однако по дороге на корабль совершается нападение...

Вырвав Кувалду из лап неприятеля, Скайуокер отправляет с ним двух самых проверенных бойцов - Рекса и Пятерню, которые должны проследить за благополучной доставкой клона на фабрику клонов в Камино. Последний оказывается в карантине рядом с товарищем, и, пока глава центра клонирования Нала Си и джедай Шаак Ти решают каким именно образом выявить поразившее клона нарушение нервной системы, Пятерня, заручившись поддержкой робота-медика, делает собственный выбор, тем самым едва не раскрыв тайну объединяющую работающих на планете каминоанцев и лорда Тирануса.

Несмотря на заверения Налы Си о безвредности внедряемых чипов, Шаак Ти позволяет несогласному с этим утверждением Пятерне доказать свою правоту лично верховному канцлеру, отправившись с ней и останками Тапа на Корусант. Однако, стараниями высказавшей желание сопровождать их Налы, Пятерня оказывается виновником покушения на самого Палпатина, что вынуждает клона пуститься в бега. Подозревая неладное из-за того, что джедаев не привлекли к поиску беглеца, Скайуокер, с разрешения совета, берётся расследовать это дело.

Нарастание военных действий между противоборствующими сторонами лишает родины множества людей, которые вынуждены покинуть родину и обратиться к сенатору Амидале за помощью. Вся надежда - на планету Скипио и Банковский клан, который, пытаясь сохранить независимость от обеих сторон, выводит все свои операции в нейтральную зону около главного хранилища. Хотя для проведения банковских операции Скипио должна сохранять нейтралитет, Республика начинает сомневаться в способности Банковского клана поддерживать экономику в дальнейшем. Прибывшая на планету Падме сталкивается со старым знакомым Рашем Кловисом, который просит Амидалу помочь ему раскрыть коррупционный заговор людей клана.

Узнав о Кловисе и украденных файлах, члены Банковского клана сообщают о произошедшем Дарту Сидиусу, в то время как прибывшие на Корусант сенатор со спутниками докладывают канцлеру о ситуации со счетами на Скипио. Канцлер поручает Падме расследовать это дело в паре с Кловисом, что сразу же вызывает ответную реакцию Энакина, ставящую под угрозу отношения между супругами. А между тем граф получает приказ помочь Рашу получить место главы Банковского клана, тем самым вернув его преданность сепаратистам.

Получив поддержку с обеих сторон Раш Кловис избирается новым лидером Банковского клана и отправляется на Скипио на церемонию передачи полномочий. Однако вскоре Дуку начинает шантажировать Раша, делая его пешкой в своих стратегических планах и делая общеизвестной его верность сепаратистской стороне. Сопровождавшая Кловиса на церемонии Падме оказывается в ловушке, что вынуждает Сенат незамедлительно отреагировать, а Энакина - отправиться вызволять любимую из плена.

Война угрожает древним традициям народа Бардотты - загадочно исчезли духовные лидеры народа, без которых система жизненного строя впала в пучину анархии. В отчаянье, королева Джулия обращается в Сенат с неожиданной просьбой спасти её подданных от горькой участи, уверяя, что лишь одному существу под силу ей помочь - и этим существом является не кто иной как... Джа-Джа Бинкс. Вопреки её настоянию, с Бинксом в путешествие отправляется магистр Винду, которому придётся поторопиться в раскрытии тайны исчезновений, ведь следующей пропавшей становится... сама королева.

Королева Джулия вероломно похищена, и у Бинкса с Винду есть совсем немного времени, чтобы отыскать правительницу до того, как зловещее пророчество вступит в силу. Кровожадные поклонники бога войны готовы захватить власть в правительстве планеты, что приведёт к хаосу, смертям и разрушению всей планетной системы. Союзникам придётся преодолеть немало самых разных препятствий на пути к спасению королевы, ответственной за похищение которой, как выясняется, становится уже знакомая некоторым джедаям чародейка с далёкой планеты.

Получив сигнал бедствия, Совет джедаев отправляет магистра Пло Куна выяснить его происхождение. Удаётся установить, что сигнал исходил от корабля, принадлежащего давно считавшемуся погибшим джедаю Сайфо-Диасу. С трудом отыскав обломки корабля на пустынном спутнике планеты Оба-Диа, Пло Кун обнаруживает принадлежащий джедаю световой меч, что вынуждает Совет провести новое расследование, касающееся засекреченных Сенатом обстоятельств смерти Сайфо-Диаса. Кеноби со Скайуокером отправляются на планету Фелуция, где, предположительно, и был убит мастер-джедай, чтобы выяснить, что же на самом деле с ним случилось и почему он ещё при жизни отдал приказ о создании клонов.

Узнав о хитрой стратегии графа, использовавшего погибшего джедая для создания клонов в будущей войне, совет вынужден хранить это знание в секрете. Теперь, перед собранием Совета джедаев, где будет обсуждаться вопрос о мотивах случившегося, магистр Йода пытается сконцентрировать свой разум на поиск ответа. Однако, когда с магистром начинает вести диалог давно умерший джедай Квай-Гон Джинн, Йода впадает в смятение, пытаясь выяснить, кто же именно стоит за столь искусным манипулированием его сознанием?

В поисках того, что расширит его сознание и раскроет премудрости силы, о которых он до этого и не подозревал, Йода отправляется на край космоса, к неизведанной и древней планете. Встретив там сестёр-жриц, управляющих потоками энергии, джедай начинает обучение сохранению жизни после смерти, но, чтобы овладеть такими небывалыми знаниями, джедаю придётся преодолеть все тайные страхи и познать свои тёмные стороны во плоти - гордыню и искушение. Но главное испытание ждёт Йоду впереди - для завершения испытаний ему необходимо посетить древний мир ситхов - планету Коррибан.

Прибыв на Коррибан - наполненную Тёмной Силой планету ситхов - Йода достигает старинного святилища, где ситхские владыки приносили в жертву джедаев, и сталкивается с древним злом, решившим взять управление галактикой в свои руки. Тем временем Дарт Сидиус призывает своего ученика, чтобы, воспользовавшись его связью с бывшим учителем, выяснить, зачем тот прибыл на Коррибан и постараться сломить его дух. Сможет ли старейший из джедаев раскрыть тайну личности загадочного лорда Сидиуса и достигнет ли он той вершины просветления, к которой так стремится?