Tup z żołnierzy-klonów zapada na tajemniczą chorobę psychiczną, która skutkuje szokującą śmiercią Mistrza Jedi. Nie będąc w stanie wyjaśnić swoich morderczych czynów, Tup zostaje uspokojony i odesłany do Kamino w celu zbadania. W międzyczasie Admirał Separatystów Trench informuje hrabiego Dooku o zdradzie i jest przekonany, że zabójstwo ma coś głębszego. Anakin Skywalker i ARC Trooper Fives towarzyszą Tupowi, ale ich podróż powrotna zostaje zaatakowana przez Separatystów.

W sterylnych laboratoriach Kamino, schorowany żołnierz klonów Tup i jego przyjaciel ARC Trooper Fives są poddawani kwarantannie w celu zbadania po szokującym zamordowaniu przez Tupa Mistrza Jedi. Z pomocą droida medycznego AZI-3, Piątka jest zdeterminowana, aby dotrzeć do sedna stanu Tupa i odkryć tajemnicę zakopaną głęboko w programie klonowania Republiki.

Ciało żołnierza-klona Tupa ma zostać przetransportowane na Coruscant, gdzie lekarze kanclerza Palpatine'a dokładnie je zbadają. ARC Trooper Fives łamie protokół i przeciwstawia się rozkazom szukania odpowiedzi i odkrywa, że w mózgach wszystkich żołnierzy-klonów ukryty jest organiczny konstrukt o nieznanym celu.

Piątki nadal starają się uzyskać odpowiedzi dotyczące tajemnicy skażenia klonów i zapewniają audiencję u Najwyższego Kanclerza Palpatine'a. Ale sytuacja szybko się załamuje, gdy Piątka zostaje oskarżona o atak na Kanclerza i musi on uciec w głąb miasta Coruscant, ścigany przez innych żołnierzy-klonów.

Przebywając na Scipio, by sfinansować misję miłosierdzia, Padmé Amidala zostaje wezwana przez starego przyjaciela, Rusha Clovisa, do pomocy w odkryciu korupcji w klanie bankowym. Muszą uniknąć łowcy nagród Embo, aby uciec z planety z obciążającymi informacjami.

Po powrocie na Coruscant Clovis - znany zdrajca Republiki - zawiera wątpliwą umowę, która stawia go na czele klanu bankowego. Rosnąca nieufność i nienawiść Anakina do Clovisa nadwyrężają jego związek z Padmé do granic wytrzymałości.

Umowa Rusha Clovisa z Separatystami przynosi odwrotny skutek i sprowadza wojnę do bankowego świata Scipio.

Spokojny świat Bardotta i jego mistyczne ścieżki są zagrożone przez starożytne proroctwo, a jego najważniejsi duchowi przywódcy zniknęli. Królowa Julia z Bardotta prosi o pomoc swojego najbardziej zaufanego przyjaciela w Senacie, Jar Jar Binksa. Uznając wagę duchowej równowagi Bardotty, Rada Jedi wysyła Mace'a Windu, aby towarzyszył Binksowi i prowadził dochodzenie.

Ukochana królowa Jara Jara Binksa z planety Bardotta została uprowadzona przez żądny krwi kult Frangawla, aby wypełnić mroczną i starożytną przepowiednię. Reprezentant Binks i Mistrz Jedi Windu muszą znaleźć zaginioną królową, zanim kult zyska na sile.

Yoda jest głęboko zaniepokojony, kiedy słyszy coś zza grobu: głos Qui-Gon Jinna. Wiedząc, że Jedi nie może zachować swojej tożsamości po śmierci, Rada Jedi zaczyna się martwić, że Yoda może zostać zepsuty przez wpływ Ciemnej Strony. Zdeterminowany, by znaleźć odpowiedzi, Yoda ucieka ze świątyni Jedi, by podążać za bezcielesnym głosem.

Pozwalając Mocy prowadzić go, Yoda wyrusza w podróż do serca galaktyki do starożytnego świata, który jest jednym ze źródeł Mocy i źródłem midichlorianów. Yoda przechodzi trudne próby prowadzone przez Pięć Kapłanek, tajemniczych władców Mocy, którzy skrywają sekret nieśmiertelności.

Po wielu wyczerpujących próbach, Yoda następnie podróżuje do starożytnego rodzinnego świata Sithów, Moraband, gdzie musi stawić czoła starożytnemu złu zdeterminowanemu, by rządzić galaktyką.