Nachdem sich Savage Opress und Maul wiedergefunden haben, verbreiten die beiden Brüder schnell Angst und Schrecken in der Galaxie. Gemeinsam wollen die zwei die Piratentruppe bestechen, die unter Hondos Befehl steht, und Obi-Wan Kenobi vernichten. Obi-Wan hat sich jedoch bereits mit dem Jedi Adi Gallia auf den Weg gemacht, um die gefährlichen Sith-Brüder in die Flucht zu schlagen.

Anakin, Obi-Wan Kenobi, Ahsoka und Rex reisen nach Onderon, das ebenfalls gefallen ist und inzwischen unter der Herrschaft der Separatisten steht. In der Wildnis des Planeten hat sich eine kleine Gruppe Rebellen versteckt, die Onderons Hauptstadt Iziz zurückerobern will. Dazu brauchen die Aufständischen, unter denen sich auch Lux Bonteri befindet, allerdings dringend Hilfe von außen.

Unter Anakin Skywalkers Anleitung haben die Rebellen gelernt, wie sie die Separatisten auf dem Planeten Onderon am besten bekämpfen können. Obwohl die Hauptstadt Iziz gut befestigt und bewacht ist, gelingt es den Rebellen, sich in die Stadt einzuschleichen. Mit einer Reihe von Anschlägen zeigen sie den Separatisten, dass das letzte Wort noch nicht gesprochen ist.

Nachdem es den Aufständischen nicht gelungen ist, den wahren König des Planeten Onderon zu retten, naht Hilfe von unerwarteter Seite. Ein Verbündeter, mit dem niemand gerechnet hat, taucht plötzlich auf, um die Hinrichtung des Königs Ramsis Dendup zu verhindern und die Rebellen bei ihrer ehrenvollen Mission zu unterstützen.

Der Anführer der Rebellen, Steela Gerrera, hat sich mit General Tandin zusammengeschlossen nachdem die Hinrichtung des ehemaligen Königs von Onderon verhindert werden konnte. Während die Unterstützung in der Öffentlichkeit immer größer wird und die Unruhe im Volk wächst, unterstützt Ahsoka weiterhin die Bemühungen der Rebellen, die die Besatzung durch die Separatisten beenden wollen.

In diesem schrecklichen Krieg, der sich immer tiefer durch die Galaxie frisst, sind es nur die Jedi, die noch Ordnung in das Chaos bringen. Doch es wird immer schwieriger, neue Schüler zu finden. Ahsoka begleitet eine Gruppe neuer Anwärter nach Ilum, wo sie einem wichtigen Ritual unterzogen werden: Die Neuen sollen dort, am heiligsten Ort der Jedi, die Kristalle für ihr Lichtschwert finden.

Auf dem Rückweg von Ilum, wo die neuen Jedi-Schüler gefährliche Aufgaben bestehen mussten, soll ihnen Huyang beibringen, wie sie ihr Lichtschwert zusammensetzen. Doch die Übungsstunde wird bald gestört, denn Hondos Piraten greifen das Schiff an, da sie die Kristalle auf dem Schwarzmarkt zu Geld machen wollen. Tatsächlich gelingt es den Piraten an Bord zu kommen.

Hondo und seine Piraten haben ein Raumschiff der Jedi angegriffen, das sechs Schüler transportierte, die Kristalle für ihr Lichtschwert zur Basis bringen wollten. Bei dem Überraschungsschlag wurde Ashoka von Hondo gefangen genommen und das Raumschiff ramponiert. Den jungen Schülern gelingt es jedoch, mit anderen Jedi Kontakt aufzunehmen und um Hilfe für sich und Ashoka zu bitten.

Die Jedi haben eine verschlüsselte Nachricht erhalten, können den Code jedoch nicht knacken. Da die Gefahr eines Angriffs durch die Separatisten besteht, arbeiten die Jedi einen Plan aus: Unter der Leitung von Colonel Gascon sollen ein paar handverlesene Droiden, unter ihnen auch R2-D2, ein Modul aus dem Safe eines Raumschiffes der Separatisten stehlen, das den Code entschlüsseln kann.

Nachdem die Droiden unter der Leitung von Colonel Gascon das Modul entwenden konnten, versuchen sie, ihre Beute in den Tempel der Jedi zu bringen. Auf dem Rückweg wird ihr Raumschiff allerdings beschädigt und so sind die Droiden gezwungen, auf dem verlassen wirkenden Planeten Abafar eine Notlandung zu machen.

Um den Code der Separatisten zu knacken und einen Angriff der Feinde abwehren zu können, müssen die Droiden so schnell wie möglich zurück nach Hause und das entwendete Modul abliefern. Tatsächlich stoßen sie auf dem verlassen wirkenden Planeten Abafar auf eine Stadt namens Pons Ora. Finden die Droiden dort die dringend benötigte Hilfe, um rechtzeitig zurückkehren zu können?

Endlich scheint Rettung nah! Ein Schiff der Republik schwebt in der Umlaufbahn des Planeten und will die gestrandete Sondereinheit mitnehmen. Die Droiden haben ein ungutes Gefühl, da sich die Crew an Bord nicht sehen lässt, doch Colonel Gascon zerstreut ihre Zweifel. Hätte Gascon jedoch besser auf die anderen gehört, denn es handelt sich tatsächlich um ein Täuschungsmanöver der Separatisten.

Savage und Maul werden von einigen Mitgliedern der Todeswache gefunden und nach Zanbar gebracht, wo die beiden ihre Geschichte erzählen sollen. Nachdem der Anführer der Todeswache Vizsla den Befehl gegeben hat, Savage und Maul gut zu behandeln, erfährt er schließlich, dass die zwei Brüder und die Todeswache einen gemeinsamen Feind haben: Obi-Wan Kenobi.

Gemeinsam mit Darth Maul und Savage Opress will Vizsla, der Anführer der Todeswache, die Herzogin Satine stürzen. In der Basis in Zanbar bereitet die Todeswache alles für den Angriff auf die mandalorische Hauptstadt Sundari vor. Darth Maul kommt dabei seinem großen Ziel immer näher, ein riesiges Imperium des Schreckens aufzubauen.

Nachdem es Darth Maul gelungen ist, Vizsla, den Anführer der Todeswache, in einem Duell zu töten, hat er nun die Herrschaft über dessen Truppe erlangt. Nun versucht Maul, sein gerissenes Spiel weiter voranzutreiben: Mit der Nachricht, Herzogin Satine sei bei dem Angriff auf die Stadt gefangen genommen worden, hofft er, Obi-Wan Kenobi nach Mandalore locken zu können.

Anakin und Ahsoka werden zum Tempel der Jedi gerufen, wo sie eine seltsame Explosion untersuchen sollen, bei der viele unschuldige Arbeiter sowie einige Jedi ihr Leben ließen. Bald wird die Vermutung laut, einer der Jedi könnte sich auf die dunkle Seite der Macht geschlagen haben. Als Letta Turmond, die Frau eines Tempelarbeiters verhaftet wird, sind alle im ersten Moment sehr erleichtert.

Während sich Ahsoka alleine mit Letta Turmond trifft, um mit der Frau unter vier Augen zu sprechen, stirbt Letta auf mysteriöse Weise. Umgehend wird Ahsoka des Mordes beschuldigt und festgenommen, obwohl sie beteuert, nichts mit der Sache zu tun zu haben. Ahsoka sieht keinen anderen Ausweg für sich als die Flucht in die Unterwelt, um dort Beweise für ihre Unschuld zu finden.

Ahsoka ist auf der Flucht vor der Republik und hält sich in der Unterwelt von Coruscant auf. In einem Lager glaubt sie, endlich Antworten auf ihre Fragen zu finden. Anakin Skywalker und Plo Koon haben sich indes auf die Suche nach ihr gemacht und finden sie relativ leicht, während der Schurke, der Letta Turmond getötet hat, weiterhin auf freiem Fuß ist.

Ahsoka wird gefangen genommen und steht nun wegen eines Mordes vor Gericht, den sie nicht begangen hat. Obwohl Ahsoka wegen dieser Anschuldigung vom Jedi-Orden ausgeschlossen wurde, glaubt Anakin Skywalker weiterhin an die Unschuld seiner Freundin und begibt sich auf die Suche nach dem wahren Mörder. Tatsächlich wird er bald fündig.