Выйдя на внешнее кольцо, Саваж и Дарт Мол начинают сеять хаос, воруя и убивая всё на своём пути. Преисполненные жаждой мести и всепоглощающим гневом, братья используют свой союз для проявления агрессии в самых разных уголках Галактики. Прибывшие на сигнал бедствия джедаи Кеноби и Ади Галлия узнают о новой цели ситхов - захвате пиратской крепости Хондо Онака. Оби-Ван решает объединиться со старым знакомым и дать братьям бой, в то время как партнёрские отношения между Дартом Молом и Опрессом видоизменяются.

Неприятель откалывает от Республики ещё одну планету - Ондерон, которая, под управлением нового короля примыкает к Союзу Независимых Систем. На подмогу планирующим свержение правительства и освобождение планеты от сепаратистских захватчиков отряду мятежников отправляется сразу несколько джедаев, включая Асоку Тано, у которой появляется шанс увидеться со старым знакомым. Задачей джедаев становится наблюдение за ситуацией и обучение повстанцев способам эффективного противодействия сепаратистским войскам.

Повстанцы выбирают себе нового лидера, Стиллу Герерра, в то время как, в связи с участившимися нападениями мятежников, неприятель присылает подкрепление для удержания контроля над столицей планеты. Чтобы заручиться поддержкой народа, Стилла организует видеообращение, а нынешний король, тем временем, видя в происходящем происки своего предшественника, решает незамедлительно казнить последнего. Теперь первоочередной задачей повстанцев становится спасение бывшего правителя Ондерона, однако обсуждение стратегии этого дела приводит к расколу в группе, что подвергает опасности жизни мятежников.

После освобождения бывшего правителя и объединения сил с генералом Тандином, Стилла с остальными повстанцами наконец получают поддержку мирного населения. Следующей и главной целью мятежников становится восстановление Дендапа в статусе короля и окончательное свержение подкупленного сепаратистами предателя на его месте, однако стратегия генерала Калани ставит всю миссию под угрозу. Тем временем Совет отклоняет просьбу Тано о помощи, что побуждает Скайуокера найти другой способ помочь падавану, однако даже с новым оружием повстанцам не удаётся избежать жертв на пути к желаемой цели.

Помощь джедаев в непрекращающейся войне неоценима, однако, чем дольше длится противостояние между республиканцами и их неприятелями, тем больше воинов силы гибнет в бесконечных сражениях, в то время как из-за сложности нахождении новых юнлингов пополнять численность джедаев становится всё трудней. Вместе с группой самых способных учеников Тано отправляется в святую святых ордена - планету Илум, где, под руководством Йоды юнлингам предстоит, пройдя нелёгкие испытания, найти составляющие для собственных световых мечей.

Пройдя испытание, юнлинги возвращаются домой, по дороге черпая знания о сборке мечей от дроида-архитектора Хьюянга, когда на их корабль совершает нападение алчный охотник за наживой Хондо Онака и его соратники. Несмотря на приказ Асоки не попадаться пиратам на глаза пока она сама не разрешит ситуацию, будущие джедаи решают дать злодеям бой, который едва не заканчивается трагедией. У Тано созревает новый план противодействия пиратам, но вот только сможет ли она его успешно реализовать?

После того как Тано, волей случая, попадает в плен к Хондо, юнлинги остаются одни на повреждённом корабле. Связавшись с джедаями, они получают приказ дождаться подмоги, однако видя, что помощь со стороны совета задерживается, шестёрка будущих джедаев решает самолично отправиться вызволять Асоку из лап пиратов. Тем временем планирующий отправиться на выручку Тано Кеноби подвергается разгромной атаке со стороны Гривуса, потеряв корабль и оказавшись практически в таком же положении, как и юнлинги.

Освободив Тано, юнлинги отправляются к кораблю, в то время как в погоню за ними устремляются истребители обманутых пиратов. Однако захват беглецов оказывается не единственной проблемой Хондо, когда на базу прибывает сам Гривус, от лица графа желающий насильно присоединить планету к сепаратистскому союзу. Чтобы избежать захвата неприятельскими войсками, начальнику пиратов приходится временно объединиться с пленниками и вызволить Хондо - ведь лишь тому известно местоположение тайного корабля, способного вывезти всех с захваченной планеты.

Совету удаётся перехватить секретное послание для Гривуса, однако у дешифровщиков возникает проблема с распознаванием новой кодировки сообщения. Положение усугубляется тем, что неприятель вскоре должен начать масштабную атаку. Обнаружив местонахождение источника послания, джедаи решают захватить модуль-дешифратор, способный помочь не только раскрыть смысл послания, но и декодировать его, нарушив, таким образом планы неприятеля. Для проникновения в тыл врага совет набирает команду роботов, включая R2-D2, которая, под предводительством полковника Гаскона, должна проявить чудеса конспирации для успешного выполнения миссии.

Успешно выполнив первую часть миссии, половник со своим отрядом отравляются к храму джедаев, чтобы доставить дешифратор, однако столкнувшись со скоплением ледяных метеоритов, кораблю Гаскона приходится экстренно приземлиться на безлюдной и очень жаркой планете. Мучимый жаждой и отчаянием, полковник начинает сходить с ума, в то время как желающие встать у руля власти роботы разделяются. Однако вскоре судьба посылает полковнику знак, помогающий ему найти поселение и надежду на спасение.

Обнаружив воду и поселение на кажущейся безлюдной планете Абафар, Гаскон и его команда роботов настойчиво ищут путь домой, чтобы успешно завершить миссию и доставить совету дешифратор. В поисках нового корабля полковник натыкается на страдающего амнезией клона по имени Грегор, которого он решает использовать в реализации плана по захвату боевого шатла неприятеля. Для этого генерал с помощью R2-D2 помогает мужчине восстановить свою память, в ходе чего случайно узнаёт важные сведения о причине нахождения на планете сепаратистов.

Вырвавшись с планеты, полковник направляет корабль к находящемуся неподалёку республиканскому крейсеру. Однако, по прибытии Гаскон обнаруживает, что крейсер захвачен солдатами неприятеля, которые планируют использовать под завязку нагруженное добытым на Абафаре топливом судно как бомбу для масштабной атаки на космическую станцию в одной из систем, где вскоре должна состояться крупнейшая республиканская стратегическая конференция. Объединившись с оставшимися от республиканцев роботами, команда Гаскона всеми силами пытается сорвать замысел врага, но добьются ли они успеха в своей новой миссии?

Дарту Молу и его брату удалось сбежать от Оби-Вана, и их замысел по созданию преступной группировки практически сорван, однако пока они, полуживые и разбитые, дрейфуют среди космической пустоты, судьба готовит им неожиданный сюрприз. Нашедшие умирающих ситхов члены Дозора Смерти, предлагают потерпевшим объединить усилия ради достижения взаимовыгодных целей - уничтожения правящей Мандалором графини Сатин и её главных союзников, джедаев во главе с ненавистным Дарту Молу магистром Кеноби. С помощью Силы, они обзаводятся армией из самых опасных рас галактики, однако узнав об истинных планах братьев Пре Визсла решает разработать собственный план по их устранению после получения желаемого.

На тайной базе заговорщики готовятся к атаке на столицу Мандалора, Сандари, но вместе с Мандалором под угрозой оказывается и судьба всех остальных нейтральных систем, ведь Дарт Мол верными шагами приближается к созданию собственной тёмной империи. Всё задуманное Пре Визслой проходит удачно, как и предполагалось, только вот самоуверенный лидер Дозора Смерти и не подозревает, что у Дарта Мола тоже есть свой тайный план по устранению возможного предателя и помехам его грандиозным замыслам.

Дарт Мол и Опресс начинают управление Мандалором руками премьер-министра Алмека, расширяя своё влияние на всё большее количество нейтральных систем и планет. Отстранив Ночной дозор от власти и обманув бдительность джедаев, Дарт Мол успешно воплощает свой замысел по созданию огромной преступной империи, в то время как горстка сохранивших верность герцогине подданных всеми силами пытается освободить Сатин из заключения. Благодаря отделившимся от присягнувшему Дарту Молу Дозора Смерти людям Сатин успевает передать Кеноби сообщение о ситуации на планете, но из-за лояльности джедаев Оби-Вану приходится в одиночку отправиться спасать любимую...

Неприятель выбирает целью для атаки планету Кейто-Неймодия, вынуждая Скайуокера с падаваном, а также эскадрилью истребителей срочно отправиться на помощь местному населению. Однако, не успев приземлиться, Энакин получает срочное сообщение от Йоды о взрыве в храме джедаев. Подозревая, что подрывником мог быть кто угодно, Йода просит расследовать это дело отсутствовавших во время происшествия, и поэтому оказавшихся вне подозрений, Тано и Скайуокера. С помощью робота-аналитика Руссо, Энакин и Асока начинают расследование, но удастся ли им найти настоящего террориста?

После выяснения личности террориста джедаи стремятся вернуть жизнь в храме в привычное русло, но сперва им предстоит похоронить погибших товарищей. Тем временем по приказу канцлера Летту переводят в военную тюрьму, находясь в которой та вскоре просит аудиенции Тано, желая раскрыть ей имя настоящего организатора преступления - некоего джедая. Однако ситуация складывается не в пользу Асоки, которая теперь обвиняется в убийстве и оказывается в заключении в той же самой тюрьме. Пока Энакин пытается добиться встречи с падаваном, неизвестный втягивает Тано в ещё большие неприятности, заставляя девушку пуститься в бега.

Не без "помощи" таинственного недоброжелателя бежав из тюрьмы, Асока решает самостоятельно выяснить правду и доказать свою невиновность. Девушка отравляется на дно города, где заручается помощью старой неприятельницы Асажж Вентресс в поисках подставившего её негодяя. Однако Тано и не подозревает, что её доверчивость вскоре сыграет с ней злую шутку и опасаться нужно совсем не врагов.

Тано предстаёт перед судом джедаев, которые изгоняет её из ордена и передают дело девушки в Республиканский Суд для дальнейшего следствия. В то время как Амидала берёт на себя роль защитницы Асоки в суде, Энакин оправляется на поиски Вентресс, разговор с которой даёт ему зацепку к истинному виновнику всех происшествий. Однако, даже будучи оправданной после обнаружения террориста-джедая, сможет ли Асока вернуть утраченное ей доверие к отвернувшемуся от неё Совету?