Maul et Savage Opress continuent de faire des ravages dans la galaxie. Suivant le plan diabolique de Maul, les frères Sith recrutent une impitoyable bande de pirates. Obi-Wan mène le groupe de Jedi qui chasse Maul, dont résultera une violente confrontation au sabre laser qui s’avérera mortelle...

Anakin et son équipage entraînent des rebelles sur Onderon, qui prévoient de prendre le contrôle de la capitale des mains du roi Séparatiste.

Après avoir infiltré avec succès la capitale d'Onderon, les rebelles planifient des frappes sur des cibles autour la ville d'Iziz sous la supervision d'Ahsoka. Un chef de la Rébellion est nommé.

Après la tentative infructueuse des rebelles de sauver le vrai roi d'Onderon, Ramsis Dendup un allié inattendu vient en aide aux rebelles afin d'empêcher l'exécution du vrai roi d'Onderon. Le général de l'armée rebelles sauve le roi d'une mort certaine...

Une révolte éclate dans la capitale d'Iziz. Le roi Séparatiste est renversé et les rebelles marquent un point décisif sur la libération d'Onderon mais le coût de leur victoire est élevé.

Ahsoka et Yoda prennent un groupe d'initié dans une grotte sur Ilum afin qu'ils puissent trouver leur propre cristal de sabre laser. Dans leur quête, ils devront relever des défis personnels et physiques.

Ahsoka et les initiés font route vers Coruscant tout en apprenant à créer leurs propres sabres laser mais leur vaisseau se fait attaquer par la bande de pirates d'Hondo. Les jeunes Jedi improvisent des pièges ingénieux mais Ahsoka est capturée par les contrebandiers.

Après la séparation entre Ahsoka et les apprentis Jedi, ceux-ci doivent se réunir pour infiltrer ensemble le refuge des pirates. Les jeunes devront utiliser leur intelligence et leur courage pour parvenir à la libérer. Pendant ce temps le général Grievous et sa flotte attaque Obi-Wan.

Le général Grievous attaque Hondo sur Florrum, Ahsoka et Hondo s'allient pour survivre à cette rencontre.

R2-D2, WAC-47, KT-QT et Artoo forment une équipe de droïdes qui a été élu pour une mission importante dirigée par le colonel Gascon. Le but de cette mission est d'obtenir un module de cryptage détenu par un cuirassé Séparatiste. Les droïdes devront surmonter de nombreux obstacles dans cette mission cruciale pour la République.

Après quelques dommages reçus sur leur navette à cause d'un astéroïde, R2-D2, le colonel Gascon et les autres droïdes s'écrasent sur une planète déserte. Ils doivent trouver leur chemin à travers une étendue ahurissante pour mener à bien leur mission.

Le colonel Gascon et la D-Squad découvrent qu'Abafar, la planète où ils sont retenus au piège est contrôlée par les Séparatistes. Ils découvrent aussi un commandant clone amnésique de la République nommée Gregor, qui a aussi échoué sur cette planète. Les droïdes tentent de faire retrouver la mémoire au clone pour qu'il puisse les aider à quitter Abafar en toute sécurité.

Désormais à bord d'un croiseur Jedi, R2-D2, le Colonel Gascon et son équipe découvrent que le vaisseau est sous contrôle Séparatiste. Ils s'aperçoivent aussi avec un droïde serviteur du nom de Bunny que le croiseur est équipé de bombes hautement explosives. Le croiseur saboté a pour but d'empêcher une conférence de la République dont les participants sont déjà sur place et ne se doutent pas de la menace qui arrive sur eux.

Après avoir réussi à échapper à Hondo et Obi-Wan, Savage et Maul forgent une alliance avec les Death Watch pour rassembler une armée capable de prendre Mandalore. Ils réalisent qu'ils ont un ennemi commun, Obi-Wan Kenobi, mais Maul ne laissera pas Viszla prendre tout le pouvoir qu'il désire.

Soutenus par les Hutts et une armée de criminels, Maul et Pre Vizsla lancent une invasion contre Mandalore et la pacifique Duchesse Satine. Mais qu'en est-il du plan de Pre Vizsla pour trahir les deux Sith ?

Avec Pre Vizsla mort, Mandalore est partiellement sous le contrôle de Dark Maul et Savage Opress. La duchesse Satine s'associe à Bo-Katan et ses fidèles soldats Death Watch pour essayer de contacter Obi-Wan Kenobi et de l'avertir des événements horribles qui sont en train de se passer. Pendant ce temps, Dark Sidious, détecte la présence de Maul et se dirige vers Mandalore pour s'engager dans un duel au sabre laser contre les deux frères afin de rétablir l'ordre chez les Sith.

Letta Turmond est assassinée peu de temps après son interrogatoire avec Ahsoka ! Celle-ci est alors arrêtée et suspectée, tandis que quelqu'un lui fait porter le chapeau pour des crimes quelle n'a pas commis.

En fuite dans les bas-fonds de Coruscant, Ahsoka passe un marché avec Asajj Ventress tandis qu'elle recherche toujours la preuve de son innocence, mais une Jedi Noir défie Ahsoka dans un entrepôt de nano-droides...

Ahsoka Tano est capturée et est jugée par le conseil Jedi et par la République. Son maître, Anakin Skywalker essaye de prouver l'innocence de sa padawan en recherchant le vrai coupable...