На водной планете Мон-Каламари растёт напряжённость между воинственными кальмароподобными кворренами и миролюбивыми мон-каламари, которая обостряется после убийства короля планеты неизвестными, и передачи власти его малолетнему сыну, не имеющему авторитета среди квореннов. Для мирного урегулирования ситуации на планету пребывает Падме с джедаем-телохранителем, но, став свидетелем разжигания межрасовой распри послом сепаратистов, Амидала просит помощи у Совета джедаев. Однако пока подкрепление от республиканцев не прибыло, сенатору и её помощнику необходимо сделать всё, чтобы уберечь юного приёмника короля от покушения на его жизнь.

Застигнутые врасплох неожиданным нападением сепаратистов и присоединившихся к ним квореннов, принц Ли-Чар и его защитники находят тайное убежище под городом, что даёт графу и его новым союзникам возможность построить план дальнейших действий. Не в состоянии выслать ещё одну армию клонов, Йода предлагает найти ближайших к Мон-Каламари союзников, способных оказать помощь попавшим в ловушку джедаям и принцу. Выбор мастера-джедая падает на жителей планеты Набу - гунганов, которым Амидала и джедаи не раз помогали в трудных ситуациях. Но способны ли гунганы противостоять кворренам и графу?

После пленения остальных джедаев Тано оказывается единственной защитницей Ли-Чара, вместе с которым продолжает укрываться под городом. Граф, тем временем, приказывает Риффу Тамсону использовать любые средства, чтобы выманить принца и его телохранителя из укрытия и уничтожить последнюю надежду народа мон-каламари. Вскоре Ли-Чар принимает рискованное решение вернуть расположение кворренов, и, объединившись с ними против завоевателей, дать последним бой. Для реализации задуманного принц и Асока отправляются в лагерь военнопленных поговорить с капитаном Джиалом Акбаром, в то время как Носсору Ри открываются истинные намерения сепаратистских "союзников".

Окутанная паутиной войны, галактика продолжает разделаться на противоборствующие стороны, где планеты становятся пешками в этой опасной и непредсказуемой игре. Очередной целью неприятеля становится планета Набу, где нестабильность ситуации сказывается на отношениях между жителями суши и подводной расой - гунганами. Слухи о том, что последние помогают неприятельским войскам в планирующемся нападении на Тид, вынуждают Амидалу и сопровождающего её Скайуокера срочно отправиться на родную планету, чтобы поговорить с боссом Лиони и разобраться в ситуации.

Расположенная на Среднем Кольце планета Алин поражена непрекращающимися разрушительными землетрясениями и теперь жизни оставшихся в живых жителей планеты полностью зависят от восстановления былого уклада до внезапно начавшихся природных катастроф. Джедайский флагман, на пути к местоположению очередного военного задания, должен оказать гуманитарную помощь пострадавшим алинцам. Однако по прибытию обнаруживается, что местным жителям необходимы не только запасы еды и питья, но и более серьёзная помощь. Выполнить поручение отправляются два верных Падме дроида - C-3PO и R2-D2, которых ждёт неожиданное приключение в рамках миссии по спасению жителей от неожиданной угрозы.

После успешного разрешения кризисной ситуации на планете Алин, роботов забирают люди с крейсера магистра-джедая Ади Галлии, отправляющегося назад на республиканскую базу, однако вскоре на корабль совершается разрушительное нападение со стороны неприятеля. C-3PO, стараниями верного друга, совершает рискованную попытку спастись, используя один из боевых самолётов, однако, на пути к спасению, роботам придётся посетить ещё ни одну малоизученную планету и пройти немало испытаний и приключений, прежде чем наконец-то возвратиться домой

В ответ на ужесточение контроля неприятелем жизненно важных маршрутов поставок, республиканские войска наносят удар по отдалённой туманности, добиваясь доступа к стратегически важной для Республики системе Умбара. Прорвав блокаду сепаратистов, войска пытаются закрепиться в этом сумрачном мире, однако в ходе операции по захвату столицы Скайуокера срочно отзывают на Корусант, в то время как место командира батальоном занимает генерал-джедай Крелл, который оказывается невысокого мнения о воинах-клонах.

Из-за опрометчивой стратегии импульсивного генерала Крелла, капитану Рексу приходится вместе со своим взводом спешно отступить, терпя сокрушительное поражения и неся значительные потери. С огромным трудом удерживая позиции, Крелл получает сообщение от Кеноби с просьбой захватить расположенную неподалёку авиабазу. Однако, несмотря на то, что база оказывается под усиленной охраной, а поддержки с воздуха не предвидится, генерал вновь рискует батальоном, ради достижения цели посылая воинов на верную гибель. Смогут ли клоны захватить так необходимый республиканцам стратегически важный объект, сохранив при этом собственные жизни?

Среди клонов крепнет недоверие к генералу и его стилю командования, что приводит к расколу между некогда дружными воинами. Тем временем от Кеноби поступают тревожные новости о новом способе противника получать боеприпасы, что заставляет Крелла принять новое рискованное решение и отдать приказ своему войску о немедленном нападении на столицу. Понимая, что на этот раз удачного стечения обстоятельств для победы будет недостаточно, несколько солдат идут на риск, нарушая приказ для повышения шансов на удачный исход событий.

Несмотря на успех предпринятых бойцами действий, генерал приказывает отдать изменников под трибунал, а чуть погодя принимает решение вообще не тратить время на обвинения, а просто ликвидировать бракованных, по его мнению, солдат, отдавая капитану Рексу приказ приготовить взвод для казни. Одновременно, чувствуя, что недоверие подчинённых к нему растёт, Крелл, получивший новое сообщение об угрозе, посылает войско на новое сражение, итог которого вскрывает истинный замысел жестокого и презирающего клонов генерала.

Паутина войны окутывает миролюбивую планету Кирос, жители которой, никогда не имевшие дела с оружием, волей обстоятельств вынуждены делать выбор в пользу одной из сторон. Несмотря на попытки Йоды склонить жителей планеты на сторону республиканцев, тем приходится принять условия прибывших раньше сепаратистов и покинуть планету, отправившись в "предложенное"Дуку убежище. Спешно прилетевшим на планету Кеноби и Скайуокеру с падаваном необходимо не только вступить в сражение с войсками неприятеля, но и выяснить, куда именно исчезло местное население.

Узнав, что все до одного колонисты Кироса были насильно отправлены в империю работорговли Зайгеррию в качестве товара, джедаи незамедлительно отправляются вслед за похитителями с целью освободить несчастных и вернуть их на родину. Для осуществления задуманного, Скайуокер берёт на себя отвлечение внимания королевы империи, Мираж Скинтел, перевоплотившись в работорговца и сделав Тано своей рабыней. Однако способны ли джедаи победить могущественную правительницу и её высококлассных воинов-работорговцев?

Попав в плен к королеве Скинтел, джедаи пытаются приспособиться к жизни в оковах и придумать план освобождения, в то время как граф получает приказание расправиться с Мираж в случае неповиновения сепаратистским требованиям по уничтожению находящихся у неё в плену джедаев. Вместе с высказыванием Скайуокера о том, что она сама является в повиновении у сепаратистов, приказ графа открывает королеве глаза на истинное положение дел, что даёт Энакину шанс получить информацию о местонахождении Кеноби и пленных жителей Кироса, положение которых становится хуже с каждым днём...

Пытаясь положить конец галактическому конфликту, представители враждующих сторон решают организовать первую в истории официальную мирную встречу на территории планеты Мандалор. На переговоры возлагаются огромные надежды, что приводит к все возрастающему напряжению. Однако незапланированное появление на встрече сына погибшей подруги Амидалы Бонтери Лакса вызывает недовольство со стороны сепаратистской стороны и заставляет прибывшую с Падме Асоку встать на защиту юноши, однако её инициатива втягивает девушку в опасный план Лакса по отмщению виновнику гибели Мины.

Разработавший план похищения канцлера лидер сепаратистов Морало Ивал схвачен воинами республиканской армии, однако даже после того, как злодей оказался за решёткой, в стенах Корусанта начинают ходить слухи, что план Ивала вскоре осуществиться и без его непосредственного участия. Чтобы обезопасить Палпатина от посягательств неприятеля, совет начинает разработку собственного плана контрмер, и его главной частью становится весьма опасная миссия одного из джедаев, в детали которой посвящены лишь некоторые его собратья по Силе.

Под лучшим прикрытием, которое только можно вообразить, Кеноби сходится с Ивалом, а также помогающим ему Кэдом Бэйном, вместе с которыми Оби-Ван выбирается из тюрьмы и отправляется на планету Нал-Хатта. Справедливо полагая, что Бэйн при первой же возможности избавится от ненужного сообщника в его лице, Кеноби не подозревает, что к тому же по его следам уже летит горящий жаждой мести Скайуокер вместе с верным падаваном. Тем временем в разногласия вынужденных союзников вмешивается третья сторона, заставляя их вновь объединиться ради общей выгоды.

Выполняя секретное задание Совета - раскрыть заговор против Палпатина, Кеноби наконец-то получает доступ в бастион графа. Прибыв на планету Серенно, джедай узнаёт о жестоком состязании между наёмниками за право участвовать в реализации плана Морало. Оби-Ван и Бэйн соглашаются присоединиться к участникам турнира, однако кто сказал, что состязания будут честными? Честолюбие Ивала играет с ним плохую шутку, что делает Оби-Вана лидером среди соревнующихся, в то время как Йода частично подтверждает подозрения Скайуокера насчёт его погибшего друга.

Пережив предательство собственного ученика, Вентресс возвращается на родную планету, где Мать предлагает ей вернуться в их ряды, в то время как граф даёт Гривусу приказание немедленно отправиться на Датомир и уничтожить весь род Сестёр Ночи. Видя прибытие на планету превосходящей их числом армии дроидов, Талзин, с помощью магии Даки создаёт собственное войско из восставших из мёртвых сестёр, а также решает применить тёмные чары, чтобы лично расправиться с Дуку.

Вынужденная скрываться от Дуку, Вентресс отправляется к Внешнему кольцу, где среди изгоев и отверженных начинает искать предсказанный Талзин путь. Случайная стычка в баре выливается в неожиданное сотрудничество с командой охотников за головами под предводительством малолетнего Бобы Фетта, который подрядился на, казалось бы, непыльную работёнку по защите перевозимого в поезде секретного груза. Однако в процессе перевозки странного сундука группе придётся противостоять не менее опасным мародёрам, которых оказывается гораздо больше, чем ожидали наёмники и чьи мотивы оказываются весьма неожиданными.

Оказавшись меж двух огней в противостоянии Асажж и графа, Саваж едва не погибает, но вернувшись на Датомир и узнав от Талзин о давно пропавшем брате, мужчина обретает новую цель в жизни - отыскать того любой ценой. Следуя знакам, Опресс вылетает на планету Лото-Минор, где, среди мусорных полей, ему придётся заручиться помощью одного из местных, чтобы найти Дарта Мола. Однако достигнув цели, Саваж получает совсем не то, чего ожидал - ведь его брат уже далеко не то существо, которым был когда-то. Тем временем, граф, а позже и джедаи начинают ощущать предчувствие возвращающейся тёмной силы, предотвратить появление которой им не под силу.

Опресс возвращает Дарта Молла на Датомир, где с помощью магии Талзин несчастный не только обретает новые ноги, но и очищает разум от терзающего его безумия. Но даже после очищения, главным чувством, завладевшим Молом, становится желание отомстить когда-то едва не убившему его джедаю, для чего Саваж с Молом захватывают жителей мирной планеты, вызывая Оби-Вана на бой. Однако Кеноби оказывается не единственным, кто желает вступить в битву с братьями - вскоре к нему присоединяется неожиданный союзник в лице жаждущей реванша Вентресс.