A szeparatisták polgárháborút robbantanak ki a Mon Calamari óceánbolygón, ahol két nép, a mon calamari és a quarren hosszú idők óta békében élt a mindenkori calamari király uralkodása alatt. A királyt a bolygón tárgyaló szeparatista követ és ügynök merényletben meggyilkolja, a lázadó quarrenek pedig elutasítják fia, Lee-Char herceg uralmát, (jogosan) arra hivatkozva, hogy még kiskorú. A kirobbanó polgárháborúban a quarren hangadó, aki a CIS ügynöke, behívja a szakadár csapatokat segítségül, akik persze már régóta ugrásra készen állnak. A támadás elsöpri az Ackbar parancsnok vezette ifjú herceg védőhadait, és letaszítja a trónról.

A Köztársaság a mon calamari herceg mellé áll, és Jediket és klónokat küld segítségül. Azonban a szakadárok még így is fölényben vannak. Anakin belátja, hogy olyan csapatok kellenek, akiknek életeleme a vízi élet és harc. Ilyen nép csak egy lakik a közelben: a gunganek.

A gunganek hajlandóak segíteni, és bátran küzdenek, azonban közben a herceg és a Jedik a szakadárok fogságába esnek. A herceg látszólag őrült módon bízik abban, hogy a lázadó quarrenek, diadaluk küszöbén, mégiscsak visszatérnek hozzá. Az epizód elmondja, hogyan lesz igaza.

A Naboo bolygón a háború veszélye fenyegeti a Köztársaságot, mivel a Naboo-iak és a Gungan-ek külön-külön tagjai a Köztársaságnak, ezért a Gungan-ek vezére a Szeparatisták-hoz akar csatlakozni, akik idő közben megérkeznek a bolygóra. Viszont az egyik gungan mágiával irányítja a vezért, amelyet Anakin-nak sikerül megtörnie. És miközben az árulót követi Anakin, Grievous előkészíti a seregét a Naboo elfoglalására. Vajon a Gungan-ek elég ideig ki tudnak tartani Grievous tábornokkal szemben, amíg a klónok megérkeznek?

After groundquakes have devastated the planet Aleen, a Republic relief effort arrives, including the droids R2-D2 and C-3PO. When the native Aleena's pleas go unheard, it becomes the duty of the droids to embark on a surreal journey through Aleen's subterranean world to save the planet.

C-3PO and R2-D2's bizarre caper continues. Forced to escape a Separatist attack in a Y-wing fighter, the droids visit the world of the Patitites, the odd planet Balnab, and the inside of a pirate warship where they are forced to fight in a gladiatorial arena.

A Köztársaság megszállja a szakadár umbara bolygót. Az umbaraiak hadserege erős, a végsőkig lojális a CIS-hez, és technikailag nagyon fejlett. A klónhadsereg nagyobb részét kitevő, Rex százados vezette 501-es légió újabb és újabb kihívások elé kerül, a vezető Jedi-tábornok, Pong Krell, pedig az öngyilkos frontális támadások stratégiájának híve, amely semmiféle tekintettel nincs a katonák életére. A klónok egyre inkább megkérdőjelezik Krell hadvezetési képességeit vagy jószándékát.

General Krell orders Captain Rex and the clone troopers of the 501st Legion to conquer a heavily fortified Umbaran airbase, and will not accept anything less than victory. It is an almost certain suicide mission, unless the clones can use their ingenuity to defeat their new enemy.

Néhány klón, Krell tilalma ellenére, partizánakcióba kezd, hogy az umbaraiak ellentámadását megállítsa. Az akció sikeres, Rex parancsnok pedig dilemma elé kerül: katonái mellé álljon-e, akik megmentették több ezer társuk életét, vagy pedig Krell mellé, és büntesse meg embereit engedetlenség miatt?

Krell elrendeli a két életben maradt parancsmegtagadó klón statáriális (tárgyalás nélküli) kivégzését, de a Dogma nevű klón vezette kivégzőosztag (Dogma akarata ellenére) „elhibázza” a lövéseket, majd megtagadja a további engedelmességet, mivel hősnek és nem árulónak tekinti az „elítélteket”.

A szeparatisták elfoglalják a békés Kiros bolygót, amelyen csak egy néhány millió fős teljesen békés togruta telepesközösség él, akik művészeti cikkek gyártásával és exportjával foglalkoznak. Dooku gróf „védelem alá helyezi” a telepeseket, valójában a zigériaiak elszállítják őket rabszolgának (a zigériaiak az értük kapott pénzből szeretnék feltámasztani üzletüket és birodalmukat). A segélyhívásra Skywalker és Kenobi mester csapatai a bolygóra érkeznek, és gyorsan felszámolják a maroknyi droidsereget, de a szeparatista parancsnok, Darts D'Nar, többször is kicselezi a Jediket, végül azonban Skywalker elkapja.

To locate the missing colonists, Anakin, Obi-Wan and Ahsoka go undercover to infiltrate the slavers on Zygerria. Anakin struggles with his emotions as a wily Zygerrian queen forces him to take questionable actions in order to carry out his mission.

Anakin tries to convince the Zygerrian Queen that she too is a slave and pawn in an evil Separatist plot. Meanwhile, Obi-Wan toils in the slave camps of Kadavo, a grim situation that grows increasingly bleak.

Visszatér a harmadik évad tizedik (Heroes on Both Sides / Hősök mindkét oldalon) részében megismert Lux Bonteri.

Egy mesterlövész megöli Obi-Wan-t, de ez csak megtévesztés, melyet a Jedi tanács szervezett meg, hogy elkapjanak egy bűnözőt, aki Palpatine kancellár életére akar törni. A merénylő fejvadász neve Rako Hardeen, aki azt hitte, hogy jó munkát végzett, Windu és Obi-Wan elkapja és semlegesíti. Kenobi mester vállalja, hogy átplasztikázzák, hogy megtévesztésig hasonlítson a bérgyilkosra, majd beépül a coruscanti börtön alvilágába, ahol hamarosan rátalál a Palpatine elleni merényletterv operatív vezetőjére, aki Cad Bane-nel társulva, bár Bane akarata ellenére, beveszi a csapatba, majd Kenobi segítségével meg is szöknek a börtönből.

Az epizód Kenobi és Cad Bane lélektani küzdelmét mutatja be, a duros gazfickó, mivel nem szeretne osztozkodni, és ösztönösen bizalmatlan a jedi iránt, majdnem sikeresen próbálja meg az inkognitóba öltözött Kenobit eltávolítani a bérgyilkos-csapatból. Közben Skywalker megpróbál bosszút állni mestere haláláért, nem is sejtve (a Jedi Tanács ugyanis szinte senkit nem avatott be a szupertitkos tervbe Windun és Kenobin kívül, tartva az árulástól, lehallgatástól, lévén, hogy a főkancellár élete van veszélyben), hogy épp Kenobit támadja meg. A mester kénytelen feltárni tanítványának az igazságot.

Moralo Eval, aki Dooku gróf megbízásából a Palpatine elleni merényletet szervezi, és akit Kenobi megszöktetett a börtönből, egy sereg fejvadászt toboroz össze, és óriási jutalmat kínál nekik, ha a Palpatine elleni merénylet sikerül. Azonban belépőt kell fizetni, mert csak a legjobbak vehetnek részt az akcióban; a fejvadászoknak egy kemény próbát kell kiállniuk: a ravasz és halálos csapdákkal teli börtönszerű építmény, a Doboz kihívását.

Assajj Ventress – Dooku elleni sikertelen merénylete után (ld. 3. évad 14. részt) – visszatér a Dathomirra, ahol Talzin boszorkányanyának elmondja, hogy kudarcot vallott Dooku gróf meggyilkolásában és Savage Opress is elárulta őt. Eközben Dooku a Devaron bolygóra hivatja Grievous tábornokot és hatalmas flottáját, utasítva, menjenek a Dathomirra és végezzenek az összes éjnővérrel, Talzin anyával és az áruló Ventress-szel.

Assajj Ventress a dathomiri mészárlást követően, melyben Grievous tábornok az egész bolygót kiírtotta, elhagyja a bolygót és a Külső Gyűrű egy másikjára utazik. Itt találkozik Bosskal és társaival (köztük Dengarral), majd beáll Boba Fett fejvadász-csapatába, miután általa egy hely megüresedik. A csapat új megbízatása során egy csomag célállomásra eljuttatását kell biztosítania. A láda egy személyt rejt, melyet övéi ki akarnak szabadítani. A biztosítást végül csak Ventress és Fett teljesíti, a többiek a küzdelemben elmaradnak. Kettejük közötti fizetési nézeteltérést követően a célállomáson Ventress átadja a ládát (Fett van benne), a teljes zsoldot átveszi, majd némi furfang árán plusz bevételre is szert tesz, miközben jót, helyeset is cselekszik. A küldetés sikeres befejezését követően a csapat, a fogadó-űrállomáson Fettre várva, üdvözli soraiban, azonban Ventressnek új jövőképe kezd kialakulni.

Dooku tájékoztatja Grievous-t, hogy Savage Opress új fenyegetéssé vált, aki napról-napra erősebb. Veszélyes a jedikre és a sithekre egyaránt. De valami hatalmas zavar is támadt az erőben, felemelkedett valami baljós. Közben Savage kutatását rombolások kísérik, legutolsó tartózkodási helyén véletlenül Anakin és Ahsoka is jelen van. Az étteremben Skywalker zavart érzett az erőben, de nem tudta mire vélni. Opress eltérít egy teherhajót, amely a Lotho Minorról érkezett és visszarepülnek a bolygóra. Nyomában csak a pusztítás jár, de hosszas keresése sikerrel zárul, rátalál soha nem látott bátyára, aki megőrült a peremvidéki bolygó mélyében eltöltött évei alatt. A külseje is kissé megváltozott. A Jedi-templomban Yoda felfedi Obi-Wannak, hogy a zavar forrása korábbi mesterének gyilkosa... Darth Maul életben van és bosszúra készül.

A Kenobi által rég megöltnek hitt Darth Maul öccse, Savage Opress segítségével a Dathomirra érkezik. Savage leszállva a bolygóra mindenhol csak a pusztulást, halott éjnővéreket és szétvágott droidokat talál. Talzin anya elmondja neki Dooku tetteit. Az anya megszabadítja Mault az elméjét blokkoló gátlásoktól és visszanyeri emlékezetét.