Nachdem der König der Mon Calamari getötet worden ist, scheint ein Bürgerkrieg zwischen den Quarren und den Mon Calamari unausweichlich. Padmé und Anakin, die eilig zu Verhandlungen anreisen, um den Frieden zu sichern, können nicht viel ausrichten. Der junge Thronfolger Prinz Lee-Char hofft zwar, den Konflikt friedlich beenden zu können, zieht dann aber mutig für sein Volk in den Kampf.

Die Schlacht zwischen den Mon Calamari und den Quarren dauert an und die Lage für die Mon-Cala-Armee wird immer aussichtsloser. Um das gebeutelte Volk zu unterstützen, wollen Anakin und Padmé die Gungans überreden, ihre Streitkräfte zu entsenden. Dooku hat indes den Befehl gegeben, dass alle Überlebenden gefangen genommen und in Arbeitslager gebracht werden, um ihren Kampfgeist zu brechen.

Padmé, Jar Jar, Anakin und Kit Fisto wurden von den Feinden gefasst und in ein Gefängnis gebracht. Nun will man von ihnen erfahren, wo sich Lee-Char befindet – notfalls auch mit Gewalt! Der Prinz konnte mit Ahsoka im letzten Moment entkommen und hält sich seither versteckt. Da er keinen Ausweg sieht und sein Volk retten möchte, begibt er sich freiwillig in die Hände seiner Feinde.

Nachdem Gungan-Boss Lyonie mit einer Halskette hypnotisiert worden ist, bereitet er seine Armee auf einen Angriff auf die Naboo vor. Anakin Skywalker und Padmé Amidala, die zu Besuch sind, merken schnell, dass etwas nicht stimmt. Als Lyonie niedergestochen wird, soll Jar Jar den Gungan-Boss spielen, da er ihm zum Verwechseln ähnlich sieht. Kann der Krieg im letzten Augenblick verhindert werden?

Die Truppen der Republik bereiten sich darauf vor, auf dem Planeten Aleen zu landen, der immer wieder von heftigen Erdbeben erschüttert wird. C-3PO ist neben Wolffe bei der Expedition dabei und nähert sich in Begleitung der Aleena dem Eingang zur Unterwelt des Planeten. Als die Erde plötzlich erneut bebt, stürzt er gemeinsam mit anderen Droiden in das Loch und wird verschüttet.

Auf dem Rückweg von Aleen wird die Flotte der Republik plötzlich von den Separatisten angegriffen. Die Droiden C 3PO und R2 D2, die sich in einem Kampfflieger verstecken, werden dabei aus Versehen ins All geschleudert. Nachdem die beiden ihre Verfolger erfolgreich abschütteln konnten, sind die zwei Droiden allerdings auf sich allein gestellt – und stolpern von einem Abenteuer ins nächste.

Nachdem sie die Blockade der Separatisten überwinden konnten, landen die Truppen der Republik auf Umbara. Gemeinsam mit den Soldaten überlegen Obi-Wan und Anakin, wie sie die Stadt einnehmen können. Als Anakin kurze Zeit später nach Coruscant abberufen wird, soll Jedi-Meister Pong Krell seinen Platz einnehmen. Leider ist der kein guter Kommandant und bringt die Truppen in große Gefahr.

Den Truppen der Republik ist es nach wie vor nicht gelungen, die Hauptstadt von Umbara einzunehmen. Um den Feind zu schwächen und die Stadt vom Nachschub abzuschneiden, wollen Obi-Wan Kenobi und Pong Krell den Luftstützpunkt der Schattenwelt einnehmen. Doch erneut handelt Krell nicht im Sinne seiner Soldaten und setzt mit einem gefährlichen Plan das Leben seiner Truppen aufs Spiel.

Kaum haben die Klone den Luftstützpunkt der Umbaraner erobert, da erfährt Pong Krell von Obi-Wan Kenobi, dass die Hauptstadt nur eingenommen werden kann, wenn die Basis völlig zerstört ist! Dennoch hält Pong Krell an seinem ursprünglichen Plan fest und lässt den Angriff auf die Stadt vorbereiten. Fives, Jesse und Hardcase können das nicht länger hinnehmen und verfolgen heimlich einen anderen Plan.

Nachdem sich Fives und Jesse gegen Pong Krell gestellt haben, gibt er den Befehl, die beiden hinzurichten. Die Klone, die somit gezwungen werden, ihre eigenen Kameraden umzubringen, zweifeln immer stärker an ihrem Kommandanten und seinen Anordnungen. Langsam dämmert ihnen, dass Pong Krell ein Verräter sein muss, der sich vor einiger Zeit den Separatisten angeschlossen hat.

Nachdem die Separatisten auf dem Planeten Kiros einmarschiert sind und alle Bewohner verschleppt haben, entsendet Jedi-Meister Yoda Obi-Wan, Anakin und Ahsoka, um die Bevölkerung zu befreien. In der Stadt von Kiros werden die Gesandten der Republik bereits erwartet. Obwohl sie die Feinde schnell unschädlich machen können, ist die Lage äußerst gefährlich, denn überall wurden Bomben angebracht.

Die Jedi Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi und Ahsoka Tano machen sich auf den Weg nach Zygerria, wo die Kolonisten von Kiros als Sklaven gehalten werden. Um nicht aufzufallen, verkleiden sich Rex, Anakin und Obi-Wan als Sklavenhändler. Während sich Anakin bemüht, das Vertrauen der Königin zu erschleichen, versuchen die anderen, den Gouverneur von Kiros zu befreien – doch sie werden erwischt!

Dooku trifft auf Zygerria ein, um die Königin in ihre Schranken zu weisen. Sie hatte vor, die Jedi zu brechen, anstatt sie auf der Stelle hinzurichten. Gemeinsam mit Rex und den anderen Kolonisten von Kiros wurde Obi-Wan Kenobi versklavt und muss nun in den Minen Zwangsarbeit verrichten. Während er langsam die Hoffnung verliert, versucht Anakin Skywalker alles, um seine Freunde zu retten.

Das erste Treffen zwischen den Abgesandten beider Lager wird im Thronsaal der Regentin Satine Kryze abgehalten. Überraschend für alle taucht plötzlich Lux Bonteri auf, der Dooku beschuldigt, an der Ermordung seiner Mutter beteiligt gewesen zu sein. Um sich zu rächen, hat Lux sich der Terrorgruppe Death Watch angeschlossen. Ahsoka will ihrem Freund helfen und wird in seinen Plan hineingezogen.

Als Obi-Wan Kenobi nach einem Treffen des Jedi-Rats gemeinsam mit Anakin und Ahsoka auf dem Heimweg ist, werden die drei auf offener Straße angegriffen. Dabei gelingt es dem Kopfgeldjäger Rako Hardeen, Obi-Wan töten. Anakin ist entsetzt von Tod seines Lehrmeisters! Doch Obi-Wan ist gar nicht gestorben, sondern hat sein Ableben nur vorgetäuscht, um ein noch größeres Verbrechen zu verhindern.

Nach ihrer gelungenen Flucht müssen der falsche Rako Hardeen, alias Obi-Wan Kenobi, Moralo Eval und Cad Bane an ein neues Gefährt und Waffen kommen. Anakin, der immer noch nicht weiß, dass Obi-Wan am Leben ist und sich als Rako Hardeen ausgibt, macht sich auf die Suche nach dem Mörder seines Freundes. Als er schließlich auf den falschen Hardeen trifft, droht die geheime Mission aufzufliegen.

Der falsche Hardeen, alias Obi-Wan Kenobi, und Cad Bane werden von Dooku eingeladen, gemeinsam mit anderen äußerst berüchtigten Kopfgeldjägern an einem Wettstreit auf Serenno teilzunehmen. Dabei werden die Kandidaten in eine würfelförmige Arena gesperrt, in der sie verschiedene, tödliche Abenteuer überstehen müssen. Die fünf Besten sollen schließlich zu einer geheimen Mission entsandt werden.

Asajj Ventress, die sich nach dem Anschlag auf Dooku längere Zeit versteckt gehalten hatte, kehrt zu den Nachtschwestern zurück. Nachdem Mutter Talzin sie mit offenen Armen empfängt, ist Asajj bereit, der Vereinigung erneut beizutreten. Doch Dooku hat ihren Mordanschlag nicht vergessen und sinnt auf Rache. Er entsendet die Droidenarmee nach Dathomir, um die Nachtschwestern auszulöschen.

Asajj Ventress, die sich nach dem Anschlag auf Dooku längere Zeit versteckt gehalten hatte, kehrt zu den Nachtschwestern zurück. Nachdem Mutter Talzin sie mit offenen Armen empfängt, ist Asajj bereit, der Vereinigung erneut beizutreten. Doch Dooku hat ihren Mordanschlag nicht vergessen und sinnt auf Rache. Er entsendet die Droidenarmee nach Dathomir, um die Nachtschwestern auszulöschen.

Savage Opress ist fest entschlossen, seinen tot geglaubten Bruder Darth Maul zu finden. Doch kann Darth Maul immer noch am Leben sein, zehn Jahre nachdem ihn Obi-Wan Kenobi mit dem Lichtschwert in zwei Hälften geteilt hat? Tatsächlich gelingt es Savage, seinen Bruder aufzuspüren, der inzwischen verrückt geworden ist und – gänzlich entstellt – Rache an Obi-Wan nehmen möchte.

Nachdem sich die Brüder Darth Maul und Savage Opress wiedergefunden haben, machen sie sich gemeinsam auf den Weg nach Dathomir, wo Mutter Talzin sich um Maul kümmert. Da Darth Maul auf Rache sinnt, erklärt sich Obi-Wan Kenobi bereit, alleine gegen seinen alten Feind zu kämpfen. Schnell gelingt es den beiden Brüdern, den Jedi zu besiegen. Da naht von unerwarteter Seite plötzlich Hilfe...