Kiedy król Mon Cala zostaje zamordowany, zrywają się rozmowy między ludem Mon Calamari a Quarren, współmieszkańcami podwodnego świata. Aby powstrzymać wojnę domową, Republika wysyła Padmé Amidala i Anakina Skywalkera, ale bez ich wiedzy, Quarren są już wspierani przez Separatystów. Teraz Jedi muszą chronić nowego przywódcę Mon Cala, młodego księcia Lee-Char, przed atakiem.

Anakin Skywalker i reszta jego drużyny Jedi zostali pokonani przez niespodziewane ataki Separatystów pod wodzą Riffa Tamsona, podczas gdy książę Lee-Char i Ahsoka muszą samodzielnie uniknąć schwytania. Niezdolny do wezwania większej pomocy Republiki, Yoda zwraca się o pomoc do potężnej i amfibijnej Wielkiej Armii Gungan, ale nie jest pewne, czy będą one wystarczające, aby powstrzymać oblężenie Separatystów. Wściekły Tamson podwaja swoje wysiłki w wytropieniu księcia Lee-Chara, uwalniając posiłki podane mu przez hrabiego Dooku podczas ataku, który burzy oceany.

Siły Republiki i Gungan zostały schwytane przez Riffa Tamsona i jego strażników z Karkarodon. Teraz to Ahsoka i młody książę Lee-Char muszą zjednoczyć podzieloną ludność Mon Cala i wypędzić najeźdźców Separatystów.

Kiedy przywódca Gunganów, Boss Lyonie, zostaje kontuzjowany, okazuje się, że istnieje niesamowite podobieństwo między Bossem a Jar Jar Binksem. Binks musi powstrzymać swój lud przed powstaniem przeciwko Naboo i powstrzymaniem inwazji Separatystów pod wodzą generała Grievousa.

Po tym, jak trzęsienia ziemi zdewastowały planetę Aleen, Republika rozpoczyna akcję ratunkową, w tym droidy R2-D2 i C-3PO. Kiedy prośby tubylczej Aleeny stają się niesłyszalne, obowiązkiem robotów staje się wyruszyć w surrealistyczną podróż przez podziemny świat Aleena, aby ocalić planetę.

Dziwaczny kaprys C-3PO i R2-D2 trwa. Zmuszone do ucieczki przed atakiem Separatystów myśliwcem Y-wing, droidy odwiedzają świat Patitites, dziwną planetę Balnab i wnętrze pirackiego okrętu wojennego, gdzie są zmuszone walczyć na arenie gladiatorów.

Kiedy Anakin jest zmuszony tymczasowo przekazać dowództwo nad swoimi żołnierzami-klonami nowemu dowódcy, Jedi Pong Krellowi, napięcie zaczyna rosnąć, ponieważ klony otrzymują bardzo zabójczą misję zdobycia stolicy Umbary.

Generał Krell nakazuje kapitanowi Rexowi i żołnierzom-klonom z 501. Legionu podbić silnie ufortyfikowaną bazę lotniczą Umbaran i nie uznają niczego innego niż zwycięstwo. To niemal pewna misja samobójcza, chyba że klony wykorzystają swoją pomysłowość, aby pokonać nowego wroga.

Po tym, jak Republika podbija bazę lotniczą Umbaran, generał Krell nakazuje Rexowi i jego ludziom udać się do silnie ufortyfikowanej stolicy. Zdając sobie sprawę, że istnieje lepszy plan, kilku żołnierzy-klonów sprzeciwia się rozkazom przeprowadzenia nielegalnej, tajnej operacji.

Kiedy dwóch jego ludzi grozi egzekucja za nieposłuszeństwo rozkazom, kapitan Rex musi stawić czoła swojemu nazbyt agresywnemu dowódcy, generałowi Krellowi. Ryzykując zarzutami buntu, Rex musi dokonać mrocznego wyboru, gdy pojawia się prawdziwa twarz wroga.

Zygerriańscy handlarze niewolników stoją za nagłym zniknięciem całej kolonii ludzi na planecie Kiros. Gdy Anakin i Ahsoka spieszą się, aby rozbroić serię bomb podłożonych przez łowców niewolników, Obi-Wan musi walczyć ze swoim imponującym przywódcą.

Aby zlokalizować zaginionych kolonistów, Anakin, Obi-Wan i Ahsoka idą pod przykrywką, aby zinfiltrować handlarzy niewolników na Zygerrii. Anakin zmaga się ze swoimi emocjami, gdy przebiegła królowa Zygerrii zmusza go do podjęcia wątpliwych działań w celu wypełnienia swojej misji.

Anakin próbuje przekonać królową Zygerrii, że ona również jest niewolnicą i pionkiem w złym spisku Separatystów. W międzyczasie Obi-Wan pracuje w obozach niewolników w Kadavo, ponura sytuacja, która staje się coraz bardziej ponura.

Konferencję pokojową między separatystami i delegatami Republiki przerywa Lux Bonteri, syn nieżyjącego już senatora Separatystów, który angażuje Ahsokę w swoje niebezpieczne poszukiwania sprawiedliwości za śmierć swojej matki.

Uciekając przez galaktykę z przestępcami zbiegami, przebrany Obi-Wan, Cad Bane i Moralo Eval są wytrwale ścigani przez Anakina i Ahsokę, którzy nie mają pojęcia, że ścigają swojego przyjaciela.

Przebrany Obi-Wan towarzyszy Cad Bane'owi i Moralo Evalowi do Serenno, gdzie zaciągają się do brutalnej rywalizacji z innymi łowcami nagród z całej galaktyki, aby ustalić, kto weźmie udział w spisku mającym na celu porwanie Kanclerza.

Kanclerz udaje się na Naboo, aby przewodniczyć publicznej ceremonii, strzeżonej przez Rycerzy Jedi. Dooku i jego łowcy nagród - w tym tajny Obi-Wan Kenobi - rozpoczynają plan porwania.

Hrabia Dooku jest zdeterminowany, by zemścić się na Siostrach Nocy z Dathomir po ich zdradzie. Generał Grievous przeprowadza totalny atak droidów przeciwko władającym magią czarownicom, a Matka Talzin i Asajj Ventress prowadzą obronę, mając do dyspozycji wszystkie mroczne moce.

Bezcelowa Asajj Ventress dołącza do zespołu łowców nagród pod wodzą młodego Boby Fetta. Na obcym świecie podejmują niebezpieczną, ale dochodową misję, która wystawia na próbę granice ich umiejętności i siłę postaci Asajja.

Mroczny wojownik Savage Opress wyrusza na poszukiwanie swojego dawno zaginionego brata. Czy Darth Maul naprawdę żył po ponad dziesięciu latach od jego makabrycznego przecięcia ostrza Obi-Wana Kenobiego? Dzikie wyprawy w głąb pokręconej planety, aby znaleźć wszystko, co stało się z upadłym Lordem Sithów.

Savage i Maul, teraz ponownie zjednoczeni, ścigają Obi-Wana Kenobiego w poszukiwaniu zemsty, a Rycerz Jedi zostaje zmuszony do zjednoczenia się z zaskakującym sojusznikiem, by bronić się przed śmiercionośnym rodzeństwem.