Como Ashoka e seus aliados lutando para fugir dos caçadores Trandoshan, seus esforços recebem um impulso inesperado quando um novo prisioneiro, Chewbacca Wookiee, chega.

Ahsoka encontra-se presa na lua Trandoshan, virando uma presa em uma caçada elaborada e cruel.

Depois que sua nave e única maneira de sair do planeta é destruída, Anakin e Obi-Wan deve levar os prisioneiros que escaparam através da paisagem perigosa de Lola Sayu, com o comandante Plo Koon e sua força-tarefa de quatro cruzadores e seus combatentes em um ousado resgate, através das defesas separatistas.

Com os presos libertados e o brutal guarda tentando desesperadamente frustrá-los, Obi-Wan e Anakin procuram uma saída para a Cidadela para voltar para Coruscant. A prisão, no entanto, tem mais armadilhas e perigos para eles, do que eles tinham imaginado, e devem deixar para trás suas diferenças, se quiserem escapar.

Obi-Wan Kenobi e Anakin levam uma equipe de resgate em uma profunda prisão separatista fortemente guardada, em um esforço para resgatar um Jedi em cativeiro, mas eles ficam presos por droids e são apresentados a um cruél diretor, dedicado a prevenir que ninguém fuja.

O Jedi continuam ilhados em Mortis, e do Filho que se aliou com o lado negro da Força e renovou seus esforços para converter Anakin, para se preparar para um confronto decisivo.

Antes do Jedi deixar Mortis, Filho captura Ahsoka em uma tentativa de seduzir Anakin a acompanhá-lo para usar sua força conjunta para dominar seu pai e sua irmã. Para este fim, o Filho lança Ahsoka sob o feitiço do lado negro.

Uma força misteriosa chama Anakin, Obi-Wan e Ahsoka a um planeta distante, e seus habitantes - uma família com uma excepcional força poderosa - tentam determinar se Anakin é realmente o Escolhido

Anakin e Obi-Wan, são enviados para rastrear a figura misteriosa por trás das mortes de vários Jedi, em breve, se encontrarão na trilha do aprendiz monstruoso que Ventress criou: Savage Opress. No entanto, Dooku e Ventress também descobrirão que esse novo aprendiz tem uma vontade própria...

Quando o conde Dooku apela as Nightsisters buscando um substituto para Ventress, ela e seus parentes aproveitam a oportunidade para se vingar. Ventress visita o outro lado de Dathomir, planeta buscando o guerreiro mais brutal e poderoso entre eles. Através de sua feitiçaria, as Nightsisters transformam Savage Opress em um assassino monstruoso projetado para se tornar o seu novo mestre.

Darth Sidious ordena que Conde Dooku elimine seu aprendiz, Asajj Ventress. Ventress sobrevive a tentativa de assassinato de Dookan, e foge para o planeta de Dathomir se juntar a seus parentes - as místicas Nightsisters - para ajudá-lo em uma campanha de vingança contra seu antigo mestre.

Os Senadores Padme Amidala, Bail Organa e Onacanda Farr estão sob fogo por se oporem a um projeto de lei que quer se apropriar de fundos para criação de milhões de novos clones.

Padme Amidala e Ahsoka Tano viajam para Raxus na tentativa de assinar um acordo de paz com os separatistas. Como Padme pede a ajuda a um ex-mentor, Mina Bonteri, Ahsoka aprenderá algumas lições valiosas sobre a realidade da guerra.

O Conselho Hutt afasta Ziro. Mas os Hutts não são os únicos! Será que eles vão capturar o Hutt traiçoeiro? Ou poderá Obi-Wan Kenobi e Mestre Jedi Quinlan Vos trazê-lo à justiça?

Enquanto está em uma importante viagem de compras em Coruscant, C-3PO é raptado pelo sinistro caçador de recompensas Cad Bane em uma trama covarde para libertar Ziro The Hutt. Pode R2-D2 ajudar seu colega a escapar a tempo de avisar o Jedi?

Enquanto está em uma missão para proteger a Senadora Amidala, Ahsoka começa a ter visões recorrentes de uma certa caçadora de recompensas.

Para seu desgosto, Ahsoka tem que dar uma aula na academia de Mandalore.

Padmé, em uma missão diplomática em Mandalore, garante ao planeta pacifista total proteção da República, mas ela e a Duquesa Satine em breve encontrarão algo sinistro escondido sob a fachada serena do planeta.

A família do presidente Papanoida é sequestrada e é pedido um resgate. Ahsoka deve juntar-se com o senador de Pantora, Riyo Chuchi, para ajudar o novo presidente na recuperação de sua família antes que a Federação do Comércio possa influenciar indevidamente no futuro de seu planeta.

As tropas do Mestre Jedi Di e as de Cham Syndulla ficam presas em Ryloth. O senador Bail Organa e Jar Jar Binks são enviados a Toydaria para procurar ajuda para salvar o Mestre Jedi e as forças locais.

O antigo Esquadrão Dominó retorna a Kamino. Um grande ataque a fabrica de clones liderado por Asaj Ventress e o General Grievous. Seu objetivo, o DNA clone. Sem Jango Fett, as fabricas produzem mais clones defeituosos, fazendo esse DNA necessário. O 501ª batalhão vai a Kamino a suporte, mas Obi-Wan Kenobi e Anakin Skywalker não fazem ideia do que terão de enfrentar. Enquanto isso, os membros restantes do Esquadrão Dominó se encontram o clone defeituoso CT-99 em um pedido de ajuda

O Esquadrão Dominó, antes de sua vitória na Lua Rishi, eles são treinados em Kamino. Com grandes dificuldade eles tentam passar pelo teste final, A Cidadela. Julgados por caçadores de recompensas, os cadetes tem brigas entre si, quase causando derrota para o esquadrão inteiro.