Pięć upartych klonów walczy o ukończenie treningu na Kamino. Ci kadeci - Hevy, Cutup, Droidbait, Fives i Echo - wydają się być „złą grupą” i nie mogą pracować jako zespół. Podczas gdy Shaak Ti i instruktorzy musztry Bric i El-Les dyskutują o losie kadetów, klony uczą się współpracować i akceptować swoje przeznaczenie jako żołnierzy.

Republika dowiaduje się o zbliżającym się ataku Separatystów na Kamino, a Anakin i Obi-Wan pędzą na planetę. Po odparciu dywersyjnego ataku Separatystów przez Republikę, rozpoczyna się prawdziwy atak. Asajj Ventress, generał Grievous i armia droidów wynurzają się z oceanów, chcąc zniszczyć obiekty produkcyjne klonów Kamino. Rex, Cody, Piątki i Echo prowadzą klony w desperackiej obronie swojej macierzystej planety.

Ryloth jest oblężony. Uwięziony na powierzchni mistrz Jedi Di gromadzi lokalne siły z pomocą Cham Syndulla. Zdesperowana, by ich uratować, Rada Jedi wysyła senatora Baila Organę i przedstawiciela Jar Jar Binksa na planetę Toydaria, gdzie mają przekonać neutralnego regenta, króla Katuunkę, do wysłania pomocy Ryloth. Bail and Jar Jar muszą przekonać Toydarię, że ich sprawa jest słuszna - zanim będzie za późno. Lott Dod, wysłannik Federacji Handlowej, próbuje powstrzymać Toydarian przed rezygnacją z ich neutralności. Katuunko podąża za swoim sumieniem i potajemnie pomaga Republice, którą Jar Jar jest w stanie ukryć przed szpiegującymi agentami Federacji Handlowej swoimi niepowtarzalnymi rozrywkami.

Chi Eekway i Che Amanwe, córki prezesa Papanoidy, zostają porwane i przetrzymywane w celu zapłacenia okupu. Ahsoka Tano łączy siły z senatorem Pantory, Riyo Chuchi, aby pomóc nowemu przewodniczącemu w odzyskaniu jego rodziny, zanim Federacja Handlowa będzie mogła nadmiernie wpłynąć na przyszłość jego planety. Przewodniczący i jego syn, Ion, tropią porywacza - Greedo - na Tatooine i ratują Che Amanwe. W międzyczasie Ahsoka i Chuchi znajdują Chi Eekwaya przetrzymywanego na pokładzie blokującego pancernika Federacji Handlowej nad Pantorą i ujawniają oficera Federacji Handlowej Siba Canaya jako spiskowca Separatystów.

Padmé, z misją dyplomatyczną w Mandalore, gwarantuje pacyfistycznej planecie Republikę, ale ona i księżna Satine wkrótce odkrywają, że pod pogodną fasadą planety czai się coś złowrogiego. Przemytnicy z Moogan wykradali zapasy, w tym butelkowaną herbatę przeznaczoną dla szkół Mandalorian. Aby zwiększyć swoje zyski, rozcieńczali herbatę niebezpieczną substancją chemiczną.

Ahsoka zostaje przydzielona do prowadzenia zajęć w akademii przywódczej w Mandalore. Wkrótce po jej przybyciu gorliwy siostrzeniec księżnej Satine - Korkie - i jego koledzy z klasy odkrywają nikczemny spisek. Premier Almec okazuje się być aktywnym uczestnikiem spisku czarnorynkowego na Mandalore i próbuje trwale uciszyć księżną Satine i kadetów, zanim ujawnią jego korupcję. Ahsoka i kadeci pokonują Almeca, zanim mu się uda.

Zadaniem Padawana Ahsoki Tano, który ma chronić senator Padmé Amidala podczas misji politycznej na Alderaan, są powracające wizje niedawno zmarłej łowcy nagród, Aurry Sing. Niezdolna do oczyszczenia umysłu, Ahsoka martwi się, że stres związany z konfliktem w końcu dotrze do niej, dopóki jej wizje nie okażą się prorocze. Padmé ledwo unika śmierci, gdy Aurra Sing próbuje ją zabić. Padmé i Ahsoka wspólnie łapią łowcę, a Ahsoka odkrywa prawdziwego złoczyńcę, który stoi za spiskiem mającym na celu zabicie Padmé: uwięzionego gangstera Ziro the Hutt.

W środku rutynowej wyprawy na zakupy na Coruscant, C-3PO zostaje porwany przez łowcę nagród Cad Bane'a. Bane szuka informacji o budynku Senatu w imieniu Jabby the Hutt. Znajdując C-3PO pozbawione przydatnych informacji, Bane i jego wspólnicy porywają R2-D2 i wydobywają istotne dane, zanim wyczyszczą pamięć robotów incydentu i pozwolą im wyruszyć w drogę. Plany pięter i szczegóły bezpieczeństwa budynku Senatu są częścią spisku zaprojektowanego przez rodziny Hutt w celu uwolnienia ich uwięzionego brata, Ziro the Hutt, który posiada potencjalnie szkodliwe informacje o działalności Huttów.

Cad Bane wyciągnął Ziro the Hutt z więzienia. Rada Huttów żąda, aby Ziro powiedział im, gdzie ukrył ważne - i obciążające - informacje: dziennik opisujący przestępczą działalność rodzin Hutt. Ziro dokonuje kolejnej brawurowej ucieczki z pomocą swojego obcego (i dziwnego) kochanka, Sy Snootlesa. Bane wraca na trop Hutta - ale nie jest jedyny. Jedi Obi-Wan Kenobi i Quinlan Vos też muszą go znaleźć. Pościg przez bagna Nal Hutta prowadzi prześladowców do ogromnej matki Ziro, Mamy Hutt, która wskazuje im Teth. To tutaj, w tajnym grobie ojca Ziro, zbiegł Hutt ukrył dziennik. Kiedy go odzyskuje, Snooty ujawnia swoje prawdziwe miejsca. To śmiertelnie pogardzana kobieta i łowczyni nagród do wynajęcia!

Kiedy Senat rozpoczyna debatę nad ustawą, która wyeliminowałaby nadzór rządu nad działaniami klanu bankowego w celu sfinansowania wojny, Padmé i Ahsoka potajemnie podróżują do stolicy Konfederacji Niezależnych Systemów. Amidala próbuje zawrzeć porozumienie pokojowe z Separatystami, podczas gdy Ahsoka po raz pierwszy spotyka ludzi Konfederacji. Przyjaciółka Padmé, Mina Bonteri, stoi na czele inicjatywy pokojowej i przekonuje Kongres Separatystów, by wystąpił o pokój. W międzyczasie na Coruscant senatorowie Lott Dod i Gume Saam spiskują z przedstawicielem klanu bankowego Nix Card i hrabią Dooku, aby uczynić deregulację bankową rzeczywistością. Na rozkaz Dooku generał Grievous konstruuje atak na centralną sieć dystrybucji energii na Coruscant, przeprowadzony przez droidy demolujące Separatystów. Chaos i panika rozprzestrzeniają się po Senacie, który stanowczo odrzuca inicjatywę pokojową Separatystów.

Padmé, Bail Organa i Onaconda Farr próbują zmobilizować senatorów w opozycji do ustawy, która zapewniłaby fundusze milionom nowych żołnierzy klonów i miałaby katastrofalne konsekwencje finansowe dla Republiki. Jednak ich sprzeciw wobec tego środka szybko czyni z nich cele zastraszania i ataków z wynajętej broni. Po ucieczce dwóch wynajętych zbirów - Chaty Hyoki i Robonino - w przerażającym pościgu na ścigaczu, Padmé jest w stanie wpłynąć na Senat, opowiadając poruszającą relację o tym, jak wojna wpłynęła na zwykłego cywila, jej służącą Teckla Minnau.

Zaniepokojony rosnącą sprawnością Asajj Ventress w posługiwaniu się ciemną stroną Mocy, Darth Sidious nakazuje hrabiemu Dooku, by ją wyeliminował. Ale Ventress przeżywa próbę zamachu na Dooku, a porzucona była uczennica przysięga zemstę, werbując na pomoc jej krewnych - mistyczne Siostry Nocy - w swoim złowrogim planie. Matka Talzin, przywódczyni Sióstr Nocy, zasłania Asajja i innych zabójców płaszczem niewidzialności i infiltrują pałac Dooku na Serenno. Chociaż nie udało im się zabić hrabiego, ich użycie schwytanych mieczy świetlnych Jedi prowadzi Dooku do błędnego przekonania, że Jedi próbowali go zabić. Zainteresowany ochroną prosi Matkę Talzin o nową uczennicę.

Kiedy hrabia Dooku wzywa Siostry Nocy, szukając zastępstwa dla Ventress, ona i jej krewni korzystają z okazji, by dokonać zemsty. Ventress odwiedza odległe krańce Dathomir i samców planety w poszukiwaniu najbardziej brutalnego i potężnego wojownika spośród nich. Talzin każe Asajjowi potajemnie wybrać wojownika z odległej wioski Nightbrother: Savage Opress. Dzięki mocy czarnej magii Talzin przekształca Dzikiego w potężnego wojownika lojalnego wobec Asajja. Następnie dostarcza Opress do Dooku, gdzie będzie służył jako jego tajny uczeń Sithów w spisku mającym na celu obalenie Dartha Sidiousa.

Anakin i Obi-Wan, wysłani, by wytropić tajemniczą postać stojącą za śmiercią kilku Jedi, wkrótce trafiają na ślad potwornego ucznia, którego stworzyła Ventress: Dzikiego Opresanta, który został wyszkolony na drogach Sithów przez Dooku . Kiedy Opress wraca do hrabiego Dooku po nieudanym przydziale, Ventress uderza. Mając Opress u boku, atakuje Dooku. Lojalność Opressa jest jednak przelotna, a Dooku i Ventress odkrywają, że ten nowy uczeń ma własną wolę. Kiedy Savage wraca do Matki Talzin, daje mu nowe zadanie: poszukiwanie Zewnętrznych Rubieży dla jego dawno zaginionego brata ...

Tajemnicza siła przyciąga Anakina, Obi-Wana i Ahsokę na odległą planetę, a jej mieszkańców - rodzinę wyjątkowo potężnych dzierżących Moc - w celu ustalenia, czy Anakin jest naprawdę Wybranym. Patriarcha tej rodziny, znany tylko jako Ojciec, spędził wieki utrzymując równowagę między swoją Córką, która jest silna dzięki jasnej stronie Mocy, a swoim Synem, który jest zestrojony z ciemnością. Ojciec ujawnia, że jego dni są policzone i szuka Anakina, aby zajął jego miejsce jako punkt oparcia tej równowagi. Seria testów dowodzi, że Anakin jest w stanie kontrolować oboje potomstwo, tak jak robi to Ojciec, ale Skywalker odmawia zajęcia miejsca Ojca.

Zanim Jedi opuści Mortis, Syn bierze Ahsokę do niewoli, próbując zachęcić Anakina do przyłączenia się do niego i wykorzystania ich połączonej siły do pokonania jego Ojca i Siostry. W tym celu Syn rzuca Ahsokę pod urok Ciemnej Strony. W międzyczasie Ojciec próbuje powstrzymać katastrofalną rozgrywkę między swoimi dziećmi i utrzymać coraz bardziej niepewną równowagę Mocy na planecie. Obawiając się, że Syn może być niepowstrzymany, Córka robi to, co zabronione, zabierając Obi-Wana Kenobiego do Ołtarza Mortisa, gdzie jest przechowywany Sztylet Mortisa, broń zdolna do zabicia władającego Mocą. Syn kradnie broń i próbuje użyć jej przeciwko swojemu Ojcu, aby ukraść jego moc i zakończyć jego panowanie, ale Córka poświęca się, stawiając się przed ostrzem.

Jedi pozostają osieroceni na Mortis, a Syn, sprzymierzony z ciemną stroną Mocy, ponawia swoje wysiłki, by nawrócić Anakina, gdy Jedi przygotowują się do decydującej konfrontacji. Anakin jest oszołomiony obrazami swojej mrocznej przyszłości. Syn obiecuje mu moc odwrócenia tego przeznaczenia. Ojciec uznaje, że Syn złamał reguły czasu. Ociera pamięć Anakina o przyszłych wizjach i kradnie sztylet Mortisa, aby zakończyć konflikt. Ojciec przebija samego siebie, uniemożliwiając Synowi kradzież jego mocy. Oszołomiony tym Syn przebiega przez Anakina. Po zniszczeniu wszystkich trzech posiadaczy Mocy, brak równowagi w Mocy znika na Mortis. Trzej Jedi zostają przeszczepieni z powrotem do właściwej galaktyki, najwyraźniej w chwili, gdy zniknęli.

Z uwolnionymi więźniami w ich posiadaniu i brutalnym strażnikiem, który desperacko próbuje im przeszkodzić, Obi-Wan i Anakin szukają wyjścia z Cytadeli i powrotu na Coruscant. Więzienie ma jednak w zanadrzu więcej pułapek, niebezpieczeństw i pułapek, niż sobie wyobrażali, a jeśli chcą uciec, muszą pokonać swoje różnice. Ich próba wejścia na pokład wahadłowca kończy się niepowodzeniem, gdy ogień ciężkiej broni niszczy statek ratunkowy. Trooper Echo ginie w wybuchu. Uciekinierzy następnie uciekają do jaskiń i wzywają ratunek ze świątyni Jedi na Coruscant.

Po zniszczeniu ich statku i jedynej drogi od planety, Anakin i Obi-Wan muszą poprowadzić zbiegłych więźniów przez niebezpieczny krajobraz Loli Sayu, podczas gdy Plo Koon dowodzi oddziałem operacyjnym złożonym z czterech krążowników i ich myśliwców przez obronę Separatystów w śmiałym ratunku. Nawet Piell jest spustoszony przez tropiące bestie anooby, ale zanim umrze, przekazuje współrzędne swoich tras Nexusa do Ahsoki. Kiedy ci, którzy przeżyli, wracają na Coruscant, Ahsoka zna połowę danych wywiadowczych i odmawia ujawnienia ich nikomu poza Radą Jedi, podczas gdy Tarkin odmawia przekazania swojej połowy nikomu poza Chancello

Ahsoka i grupa uprowadzonych młodych ludzi zostają uwięzieni na księżycu Trandoshan, polując na wyszukane i okrutne polowanie. Porzucone młodziki straciły wszelką nadzieję, pomimo najlepszych wysiłków ich porywczego przywódcy, Kalify. Ahsoka zmusza ich do obrony i uderzenia przeciwko Trandoshanowi, co ma śmiertelne konsekwencje.

Ahsoka i jej młodzi sojusznicy usiłują uniknąć łowców Trandoshan, a ich wysiłki zyskują nieoczekiwany impuls, gdy przybywa nowy jeniec - Chewbacca Wookiee. Chewie wyciąga części z wraku statku niewolników Trandoshan, montując komunikator, aby wysłać sygnał alarmowy. Pomoc przybywa w potężnej, kudłatej postaci wojowników Wookiee dowodzonych przez generała Tarffula. Uwolniona z niewoli Ahsoka wraca do Świątyni Jedi i spotyka się z Anakinem Skywalkerem.