클론 트루퍼 집결! 전쟁이 은하계로 퍼져나감에 따라 공화국의 클론 군대는 사악한 분리주의 연맹의 세력에 대항해 싸우고 있다. 용맹함, 대담함, 결속성! 우주와 지상에서의 전투를 승리로 이끈 원동력은 제다이 장군 샥티가 현상금 사냥꾼의 도움을 받아 클론들의 훈련을 감독하는 카미노 행성에서 시작되는데..

전투에 이기기 위해선 기술이 필요하지만, 고향을 지키기 위해선 가슴이 필요하다 리쉬 초소에서 카미노로 돌아온 도미노 스쿼드는 아사즈 벤트리스와 그리버스 장군의 카미노 공격에 맞서 고향을 지키기 위해 노력한다.

뜻이 있는 곳에 길이 있다. 라일로스가 분리주의자들에게 점령당할 위기에 처하여 이를 막기 위해 마스터 다이가 싸우는 동안, 베일 오르가나와 자자 빙크스는 중립인 토이다리아 행성에 인도주의적 물자 지원을 요청하러 향한다.

아이들을 잃는 것은 희망을 잃는 것이다. 파파노이다 남작이 새로이 다스리게 된 판토라가 무역연합에 의해 봉쇄되고, 남작의 가족들은 납치된다. 의원 리요 츄치는 아소카와 함께 남작의 가족을 되찾기 위해 협상하려 하지만, 그것은 무역연합의 함정이었다.

아이들을 잃는 것은 희망을 잃는 것이다. 파파노이다 남작이 새로이 다스리게 된 판토라가 무역연합에 의해 봉쇄되고, 남작의 가족들은 납치된다. 의원 리요 츄치는 아소카와 함께 남작의 가족을 되찾기 위해 협상하려 하지만, 그것은 무역연합의 함정이었다.

법을 집행하는 자의 의무는 법을 따르는 것이다. 독극물 사건에 대한 진실을 밝히고자 아소카 타노가 극비리에 파견되고, 아소카는 아카데미에 소속된 새틴의 조카와 함께 진실을 추적한다.

미래엔 많은 길이 있다. 선택은 현명해야 한다. 얼데란에서 정치 행사가 예정되어있던 파드메의 목숨이 위협받는 상황을 담은 예지몽을 꾼 아소카는 그 일이 일어나지 않도록 막으려 애쓰지만, 계속 헛수고만 하게 되는데...

잘못된 계획은 실패하기 마련이다. 파드메의 파티에 사용될 과일을 구해오기 위해 R2와 3PO가 길에 나서지만, 그 쇼핑의 와중에 두 드로이드는 지로 더 헛을 위한 의회 잠입작전을 계획하던 캐드 베인 일당에게 납치를 당한다.

잘못된 계획은 실패하기 마련이다. 파드메의 파티에 사용될 과일을 구해오기 위해 R2와 3PO가 길에 나서지만, 그 쇼핑의 와중에 두 드로이드는 지로 더 헛을 위한 의회 잠입작전을 계획하던 캐드 베인 일당에게 납치를 당한다.

두려움은 가장 큰 동기다. 군비증강을 막기 위해 파드메는 아소카의 도움을 받아 오랜 친구인 분리파 의원 미나 본테리를 몰래 찾아가 공화국과 분리주의 양측에서의 휴전 협상안을 관철시키기 위하여 노력한다. 하지만, 두쿠는 이 같은 흐름을 끊어놓기 위해 코루스칸트에 테러 공격을 시도한다.

복수는 파멸에 이르는 지름길이다 다스 시디어스는 두쿠의 암살자인 벤트리스를 제거하기를 명령하고, 이에 버려진 벤트리스는 자신의 고향인 다쏘미르를 찾아가 나이트시스터들과 두쿠에 대한 복수를 계획한다.

악은 타고나는 것이 아니라 만들어지는 것이다 나이트 시스터들과 아사즈 벤트리스의 두쿠 습격이 실패하자, 탈진은 새바지 오프레스를 길들여 두쿠의 새 제자로 들여보낸다.

악을 통해 힘을 얻을 순 있어도 충성을 얻을 순 없다 새바지 오프레스는 두쿠의 제자가 되기 위한 시험으로 토이다리아의 카툰코 왕을 죽이는데 성공하지만, 탈진의 숨겨진 명령이었던 두쿠 제거에는 실패하게 된다. 이제 모두에게 배신당했다고 생각한 그는 피아 가릴 것 없이 미쳐 날뛴다.

균형은 자신의 죄와 마주할 수 있을 때 얻어진다 오비완과 아나킨, 그리고 아소카는 미션 수행중 '모티스' 라는 미스터리한 행성에 불시착하게되고, 거기서 포스의 세 측면을 상징하는 세 사람을 만나게 된다.

희망을 포기하는 건 삶을 포기하는 것이다 아나킨과 아소카, 그리고 오비완이 모티스에서 떠나려는 순간 '아들' 은 아소카를 잡아서 인질극을 벌이고, 아나킨은 그녀를 되찾기 위해 '아버지' 에게 도움을 청한다.

운명을 통제하려는 자는 결코 평화를 얻지 못한다 아소카를 되찾은 두 제다이는 모티스를 빠져나가기 위해 그들의 배를 수리하기 시작한다. 하지만, 균형이 깨진 포스의 미래를 걱정한 아나킨은 '아들' 을 쫓아가 담판을 짓고자 하고, '아들' 은 아나킨의 다스 베이더로써의 운명을 보여주며 괴롭힌다.

적응은 생존의 열쇠다 하이퍼스페이스 단축로의 정보를 가진 이븐 피엘과 타킨 총독이 분리주의자들의 악명높은 감옥 '시타델' 에 갇히자 아나킨과 오비완은 시타델 잠입작전에 돌입하고, 아소카는 플로 쿤의 묵인 아래 몰래 아나킨의 뒤를 따라 들어간다.

잘못된 일은 반드시 잘못되고야 만다 이븐 피엘과 타킨 총독을 모두 구하는데는 성공했지만, 이내 다시 시타델 관리자인 오시 소벡에 의해 뒤쫓기게 된다. 설상 가상으로 유일한 탈출선도 파괴되자, 오비완은 제다이 평의회에 지원을 요청한다.

명예 없는 승리는 공허할 뿐이다 적진에 포위! 공화국에 결정적 타격을 줄 정보를 빼앗기 위해 분리주의자들이 제다이 마스터 피에르와 타킨 선장을 포로로 붙잡는다. 오비완 케노비와 아나킨 스카이 워커가 이끄는 특수부대가 행성 롤라 사유에 도착, 감옥에 침입한다. 마스터 피에르와 타킨을 구조하였으나 사악한 교도관 오시 소백이 그들을 뒤쫒는다. 탈출 도중 우주선은 파괴된다. 악명높은 요새를 탈출하려는 그들의 고군분투가 시작된다.

겸손 없는 용기는 위험한 게임에 지나지 않는다 혼돈에 빠진 아우터 림! 하이퍼 스페이스의 중요 경로에 위치한 펠루시아는 공화국과 분리주의자들의 끝이 보이지 않는 전쟁의 불길에 휩싸인다. 아나킨 스카이워커와 파다완 아소카 타노가 이끄는 탱크 사단이 분리주의자들의 영토 깊숙히 침공한다. 제다이들의 공격이 임박했음을 알아챈 그리버스는 영토를 고수하기 위해 원군을 드로이드 기지로 급파한다.

훌륭한 학생은 선생님이 바라는 대로 행하는 학생이다 * 제다이가 납치 당했다! 아소카 타노가 전투중에 실종됐다! 위험천만한 정글에 던져진 아소카는 그곳에서 만난 제다이 영링들과 함께 살아남기 위해 몸부림친다 한편 아나킨 스카이워커는 은하계를 뒤지며 필사적으로 그의 파다완을 찾으려 한다. 트랜도샨 사냥꾼들은 재미로 영링들을 사냥하고, 결국 영링들의 리더 였던 칼리파가 죽고만다. 다른 친구들과 떨어지게된 아소카는 벗어나기위해 도망치지만 사냥꾼들은 점점 좁혀오는데...