O terrível Cad Bane se infiltra no Templo Jedi e tenta roubar um antigo "Holocron Jedi". Ahsoka, Anakin e Obi-Wan devem impedir o mercenário de fugir com o valioso artefato Jedi...

Anakin e Ahsoka interceptaram a nave de guerra de Cad Bane, na esperança de recuperar o valioso "Holocron" roubado, mas os Jedi subestimaram o caçador de recompensas...

Darth Sidious tem uma nova missão para Bane: Sequestrar crianças sensíveis a força de toda a galáxia e trazê-los para Mustafar...

Ao pedido do Conselho Jedi, Padmé investiga uma conspiração separatista no Senado...

Anakin, Ahsoka, Obi-wan e Ki-Adi-Mundi devem liderar um grupo de clones para destruir uma fábrica de dróides em Geonosis.

Luminara e Anakin devem ser ágeis para distrair os novos super-tanques separatistas, enquanto as Padawans Barriss Offee e Ahsoka Tano tentam destruir a fábrica de Dróides Separatistas.

Um Mestre Jedi é feito refém e torturado pelo diabólico General Grievous. Cabe a Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi e Adi Gallia resgatar o Jedi, mas logo percebem que Grievous esta sempre um passo á frente.

Quando Minhocas Cerebrais Geonosianas assumem o controle de sua nave de abastecimento por meio dos Clones, Ahsoka e Barriss devem lutar para deter as minhocas e salvar a galáxia dessa praga mortal. Só que infelizmente Barris também é controlada e ashoka é a única na nave, e agora ela terá que dar um fim nisso sozinha.

Enquanto Obi-Wan Kenobi procura por Greivous , Rex encontra um Clone desertor.

Quando um ladrão rouba o precioso sabre de luz de Ahsoka, ela pede a ajuda de um antigo Jedi para rastrear sua arma e recuperar sua honra.

Ao ser mandado para investigar rumores de conspiração em torno da Duquesa Satine Mandalore, Obi-Wan descobre a verdade sobre uma misteriosa trama Mandaloriana

Enquanto os Jedi Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi e seus Clones defendem a Duquesa Satine das muitas tentativas de assassinato, Anakin descobre que Obi-Wan e a Duquesa ja tiveram uma história juntos.

Em Coruscant, o Senado pressiona a Duquesa Satine para aceitar a ajuda da República, enquanto o Olho da Morte continua com as tentativas de assassinato. Enquanto isso Obi-Wan partiu para descobrir os verdadeiros motivos do grupo Olho da Morte.

Quando o Senador Onaconda Farr morre em circunstâncias suspeitosas, Padmé faz uma investigação para encontrar a pessoa responsável.

Os Jedi devem libertar o planeta Christophsis do bloqueio Separatista, enquanto que Anakin Skywalker tenta levar suprimentos para o planeta.

Quando Anakin Skywalker, Ahsoka Tano e Obi-Wan Kenobi aterrem no planeta Felucia, eles tem que combater Hondo e seus piratas.

A mais nova arma da República perturba uma monstruosa fera "Zillo" e como nenhuma arma clônica consegue dar um fim nela, eles a levam para Coruscant para estudá-la e para criar uma armadura clônica impenetrável.

Quando a criatura Zillo escapa e acaba com todos em seu caminho, os clones tem que usar gases tóxicos para matá-la.

Quando Boba Fett e outros jovens clones dão uma volta em uma nave Republicana, Boba busca vingança, tentando matar Mace Windu por ter matado o seu pai Jango Fett.

Quando Anakin Skywalker e Mace Windu são emboscados enquanto vão em busca de sobreviventes, R2-D2 tem que salvá-los.

O Mestre Plo Koon e a Padawan Ahsoka Tano perseguem Boba Fett pelo submundo de Coruscant até ao planeta Florrum, onde um confronto histórico se inicia.