L'impitoyable chasseur de primes Cad Bane infiltre le Temple Jedi et essaye de voler leur secret le mieux gardé. C'est à Anakin Skywalker et à Ahsoka Tano d'arrêter Bane avant qu'il n'utilise le secret pour mettre fin aux Jedi à tout jamais.

Anakin et Ahsoka essayent d'arrêter le terrible chasseur de primes, Cad Bane, qui capture des enfants présentant des signes de la Force.

À la requête du Conseil Jedi, Padmé doit enquêter sur une conspiration Séparatiste au sein du Sénat.

Anakin, Obi-Wan, Ahsoka et Ki-Adi-Mundi dirigent une opération d'atterrissage pour détruire une usine de droïdes sur Géonosis. Mais celle-ci tourne au désastre.

Luminara et Anakin agissent comme des leurres pour détourner les chars ennemis, tandis que les padawans Barriss Offee et Ahsoka Tano tentent de détruire une usine de droïdes Séparatiste.

Lorsque Luminara est portée disparue, Obi-Wan et Anakin emmènent un groupe de clones à sa recherche. Celle-ci aboutit à un antre mystérieux, les Jedi sont alors confrontés à une horde de guerriers morts-vivants.

Lorsque des vers Géonosiens prennent le contrôle de leur vaisseau de ravitaillement, Ahsoka et Barriss doivent se battre pour empêcher une épidémie mortelle de se propager dans la galaxie...

Eeth Koth est capturé et torturé par le général Grievous. Anakin, Obi-Wan et Adi Gallia mettent en place un plan pour le sauver, mais ils réalisent vite que le général a également un plan à lui..

Grievous a réussi à prendre la fuite. En le pourchassant sur Saleucami, le capitaine Rex est blessé. Obi-Wan et Cody doivent alors le laisser dans une famille locale. Le père de famille, Cut Lawquane, se révèle être un clone déserteur. Bien que Rex condamne cette désertion, les deux clones doivent bien vite compter l'un sur l'autre lorsqu'un commando de droïdes attaque...

Lorsqu'un pickpocket futé lui vole son sabre-laser, Ahsoka s'allie avec un ancien Jedi pour retrouver son arme et son honneur

Alors qu'il enquête sur des rumeurs de conspiration autour de la duchesse Satine de Mandalore, Obi-Wan découvre la vérité concernant un mystérieux complot Mandalorien

Alors que les Jedi et leurs clones défendent la duchesse Satine de tentatives d'assassinat, Anakin découvre que Obi-Wan et la duchesse ont eu une histoire ensemble

Sur Coruscant, la duchesse Satine apprend que les Death Watch sont en train de préparer une invasion de la République. Alors qu'ils sont poursuivis par les autorités Républicaines, Satine et Obi-Wan découvrent les vraies origines de ce groupe...

Alors que le sénateur Onaconda Farr meurt dans des circonstances étranges, Padmé essaie de trouver le responsable de la mort de son oncle préféré...

Bail Organa est pris au piège sur la planète Christophsis contrôlée par les Séparatistes. Anakin et Obi-Wan sont envoyés pour le secourir. Ils rencontrent alors l'amiral Séparatiste Trench et obtiennent plus que ce qu'on leur avait promis...

Anakin, Obi-Wan et Ahsoka forment une alliance difficile avec quatre chasseurs de primes pour protéger un producteur d'épices local de Hondo Ohnaka et sa bande de pirates...

La nouvelle super-arme de la République réveille l'effrayante bête de Zillo de Malastare. Les Jedi doivent alors trouver un moyen de contenir la créature meurtrière...

Les forces Républicaines amènent la bête de Zillo sur Coruscant pour l'étudier. Quand elle s'échappe, les Jedi doivent choisir entre sauver des millions de vies et détruire la dernière bête de Zillo qui soit... Un duel épique s'engage alors entre les troupes Républicaines et l'animal.

Boba Fett mène une guerre contre les chevaliers Jedi qui l'ont laissé orphelin, amer et seul. Il infiltre alors un groupe de clones pour assassiner Mace Windu, se faisant aider par quelques-uns des plus dangereux chasseurs de primes...

Lorsqu'un groupe de chasseurs de primes mènent Anakin et Mace dans un piège mortel sur Vanqor, c'est à R2-D2 de se battre pour retourner sur Coruscant et avertir les Jedi...

Après avoir passé les bas-fonds de Coruscant au peigne fin pour trouver un jeune fugitif, Plo Koon et Ahsoka le poursuivent jusqu'à Florrum pour une confrontation historique...