Cad Bane er blever hyret af Darth Sidious til at stjæle en Jedi-holocron. Holocronerne -- et datalagringssystem, som kun kan åbnes ved brug af Kraften -- er beskyttet i en boks i Jedi-templet. Med hjælp fra en omskifter, der udgiver sig for at være Jedi, infiltrerer Bane bygningens sikkerhedssystem og leder Anakin, Obi-Wan og Ahsoka på en jagt.

Anakin og Ahsoka tager til planeten Devaron i jagten på Cad Bane, som har stjålet en Jedi-holocron. Bane har fanget Jedi-mester Bolla Ropal, vogter af Kyper-krystallen, som kombineret med holocronen kan afsløre data om ethvert kendt barn i galaksen, som er modtagelig for Kraften. Bane fejler i sit forsøg på at tvinge Ropal til at åbne holocronen, så han har bruge for en anden Jedi. Da han fanger Ahsoka, tvinger han Anakin til at åbne holocronen for at redde sin Padawan. Holocronens hemmeligheder er afsløret, og Bane forsøger at flygte med bliver tilsyneladende dræbt af en klon. Anakin kan dog stadig fornemme Banes tilstedeværelse i Kraften.

Cad Bane har stjålet en Jedi-holocron, som indeholder de hemmelige opholdssteder for galaksens børn med fornemmelse for Kraften. Bane har af Darth Sidious fået til opgave at kidnappe flere af disse børn for at oplære dem som Sith-spioner. Ved én af disse kidnapninger bliver Bane fanget af Anakin og Ahsoka og bragt til Obi-Wan og Mace Windu for at få hans hukommelse skannet. Ude af stand til at modstå Jedi'erne samlede styrke går Bane med til at føre Kenobi og Windu til sin skjulte base, mens Anakin og Ahsoka drager til Mustafar for at redde de kidnappede børn fra Darth Sidious's onde plan.

Jedi-rådet mistænker senator Rush Clovis, som er den intergalaktiske bankklans delegerede, for at samarbejde med seperatisterne. Imod Anakins ønske, beder rådet Padmé om at følge Rush til Cato Neimoidia for at afdække spor om senatorens sande loyalitet. Padmé accepterer rådets ønske baseret på fornemmelsen af, at hendes tidligere forhold til senatoren -- som for en stund var romantisk, indtil hun afsluttede det -- kan give hende en fordel i efterforskningen. På trods af Anakins jalousi samt et mordforsøg fra neimoidianen Lott Dod, afslører Padmé med succes Clovis i at samarbejde med seperatisterne for at bygge en militær droidefabrik på Geonosis.

Anakin, Obi-Wan og Ki-Adi-Mundi leder en invasion for at stoppe Poggle the Lesser og geonosianerne i at genopbygge deres droidehær. Tingene går forfærdelig skævt, da geonosianske styrker skyder der skib ned, så de må nødlande langt fra deres mål. Under stigende tidspres for at fuldføre deres mission må Anakin, Obi-Wan og Ki-Adi-Mundi hver især kæmpe med hver deres udfordringer -- horder af fjendtlige styrker, dødsensfarlige fælder, ufremkommeligt terræn og et massivt energiskjold.

Anakin, Ahsoka, Luminara Unduli og hendes Padawan Barriss Offee leder en mission der skal ødelægge en droidefabrik på Geonosis. Men Poggle the Lesser har andre planer, og han indsætter sit nyeste våben, de uovervindelige supertanks. Desperate for at fuldføre deres mission, før fabrikken bliver klar, udtænker Jedi'erne en vovet plan, hvor Anakin og Luminara skal være lokkemad for supertanks'ene, mens Ahsoka og Barriss infiltrerer fabrikken via en labyrint af katakomber under byen. Planen er risikabel. Indsatsen er høj. Det er deres eneste mulighed, men kan de to Padawans klare udfordringen?

Efter slaget, der ødelagde en ny droidefabrik på Geonosis, forsvinder Jedi Master Luminara Unduli under forfølgelsen af Poggle the Lesser. Obi-Wan og Anakin leder en gruppe klonsoldater i eftersøgningen på hende. På sporet af hende kommer vores helte dybt ned i Karina den Stores skjulested. Til deres rædsel finder de ud af, at stedet vrimler med udøde forsvarere. Karina kan åbenbart vække de døde til live og tage kontrol over dem. Kan Obi-Wan og Anakin overkomme Karinas udøde horde og finde Luminara før det er for sent?

Ved fronten har de republikanske styrker desperat brug for medicinske forsyninger. Mens Jedi-ridderne transporterer Poggle the Lesser til Coruscant som fange, er de to Padawans Barriss Offee og Ahsoka Tano udsendt for at eskortere læge-fregatten til dens destination. Da geonosianske hjerneorme tager kontrol med klonsoldaterne ombord på deres forsyningsskib, må Ahsoka og Barriss kæmpe for at stoppe skibet fra at slippe den dødelige plage lås i galaksen.

Jedi Master Eeth Koth bliver taget som gidsel og tortureret af General Grievous. Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi og Adi Gallia udtænker en vovet redningsplan men finder snart ud af, at generalen har sin helt egen plan. Skib-mod-skib og ansigt-til-ansigt prøverJedi-ridderne og seperatist-generalen at udmanøvrere hinanden i en kamp højt over planeten Saleucami.

General Grievous bliver skudt ned over Saleucami og nødlander i vildmarken. Obi-Wan leder en ekspedition for at finde generalen. Rex bliver såret under eftersøgningen og må blive på en gård for at samle kræfter, men han er chokeret over at finde ud af, at gårdejeren er en deserteret klonsoldat.

Under en opgave i Coruscants underverden stjæler en snu lommetyv Ahsokas lyssværd. Ahsoka får hjælp fra en gammel Jedi, Tera Sinube, til at finde frem til sit våben og genoprette sin ære.

Foruroligende rygter om den fredelige hurtuginde Satine af Mandalore får Obi-Wan til at undersøge den afsondrede planet. Satine ønsker at bevare Mandalore neutral i Klonkrigene, men handlingerne fra en udbrydergruppe -- Death Watch -- truer med at skubbe planeten ud i krig.

Hertuginde Satine rejser fra Mandalore til Coruscant på en diplomatisk mission med Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker og et hold af soldater som beskyttelse. Mens hendes luksuriøse stjerneskib, Coronet, rejser igennem hyperrummet, må Jedi'erne afværge flere mordforsøg. Anakin finder også ud af, at Obi-Wan og hertuginden kender hinanden fra tidligere.

På Coruscant erfarer hertuginde Satine, at Death Watch mobiliserer sine styrker, hvilket sætter en republikansk invasion igang. På flugt fra republikanske myndigheder prøver Satine og Obi-Wan at finde frem til gruppens sande motiver.

Da senator Onaconda Farr dør under mystiske omstændigheder, og den lokale inspektør virker inkompetent, sætter Padmé ud for at finde den person, som forgiftede hendes læremester. Padmé og Bail Organa følger flere spor og dykker dybere og dybere ned i en farlig verden af bagholdsangreb, løgne og hemmeligheder kontrolleret af de magtfulde senatorer Mee Deechi og Halle Burtoni. Padmés efterforskning bringer hendes karriere og idealer i fare, men den sande identitet af snigmorderen er mere ødelæggende, end hun kunne forestille sig.

Seperatisterne har etableret en blokade omkring Christophosis. Anakins flåde får til opgave at bringe forsyninger til planeten, men de møder massiv modstand fra den dygtige admiral Trench. Obi-Wan ankommer og afslører republikkens nye våben: et stealth-skib. Stealth-skibet er det sidste håb om at overliste seperatisternes snu flådekommandør og komme the krigshærgede folk på Christophosis til undsætning.

Anakin, Obi-Wan og Ahsoka nødlander på Felucia og søger hjælp fra de lokale krydderibønder men finder ud af, at det faktisk er bønderne, som har brug for hjælp. På grund af Hondo Ohnaka og hans bande af pirater, som planlægger at stjæle deres afgrøder, har bønderne hyret fire dusørjægere til at beskytte deres værdier. I et ulige partnerskab må Jedi'erne arbejde sammen med bøndernes dusørjægere for at besejre Hondo og hans bande.

Desperat for at vende krigsgunsten i et voldsomt slag på Malastare og vinde en strategisk alliance med Dug'erne beordrer kansler Palpatine Jedi'erne til at bruge republikkens nyeste supervåben, en utestet elektro-proton bombe. Uheldigvis vækker sprængningen det gamle, kæmpestore og frygtelige Zillo-monster. Nu må Jedi'erne forsøge at stoppe det dødbringende monster på trods af indblanden fra de blodtørstige Dug'er, som har deres egen agenda.

Fast besluttet på at dræbe Jedi Master Mace Windu udgiver en ung Boba Fett sig som klonkadet og sniger sig ombord på en Jedi-krydser for at placerer en bombe i Windus kvarterer. Men Bobas plan går galt, da bomben ikke dræber Mace, og pludselig leder alle klonerne ombord efter sabotøren. Boba ødelægger skibers reaktor for at skabe en afledning, og snart begynder hele skibet at falde fra hinanden. Bobas nye kadet-kammerater reder ham, da de ikke er klar over, at han er synderen. Er Boba så besat af tanken om hævn, at han ikke vil gøre det samme for dem?

Boba Fett og hans bande af dusørjægere leder Anakin og Mace i en dødsensfarlig fælde på Vanqor. Det er op til R2-D2 at rejse tilbage til Coruscant og advare Jedi'erne og deres brødres skæbne. Kæmpende mod monster og dusørjæger på vejen får den trofaste droide endelig sendt sin advarsel til Ahsoka og Plo Koon, som haster til Vanqor for at redde Mace og Anakin fra en frygtelig død.

Efter et forbryderisk mordforsøg på Anakin Skywalker og Mace Windu på Vanqor skjuler Boba Fett og Aurra Sing sig. Jedi Master Plo Koon og Ahsoka Tano tager afsted for at fange dusørjægerne. Mens de finkæmmer dybet i Coruscants underverden, finder Plo og Ahsoka endelig ud af, at Fett og hans gruppe skjuler sig på Florrum. I et dramatisk opgør forlader Aurra Sing Fett, og efterlader unge Boba vred og bitter i republikansk fangeskab.