Cad Bane se infiltra en el templo Jedi para robar un valioso holocrón. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan tendrán la misión de detenerlo.

Anakin y Ahsoka interceptan a la nave de Cad Bane intentando recuperar el holocrón Jedi robado. Pero los Jedi han subestimado las tácticas estratégicas del cazarrecompensas.

Darth Sidious le pide a Cad Bane que realice la última parte de su maléfico plan: debe capturar a los niños sensibles a la Fuerza y llevarlos a Mustafar.

El consejo Jedi le pide a la senadora Padmé Amidala que investigue la posible existencia de un espía separatista en el senado que resulta ser un antiguo amigo el cual intenta seducirla. Anakin va a protegerla, y al llegar envenena a Padmé y Anakin busca el antídoto.

Anakin, Ahsoka y Ki-Adi-Mundi dirigen un ataque masivo contra Geonosis con el objetivo de destruir una fábrica de droides.

Anakin Skywalker y Luminara Unduli destruyen un nuevo tipo de tanques enemigos mientras Ahsoka Tano y Barriss Offe se encargan de destruir la fábrica de droides principal.

Durante la búsqueda de la desaparecida maestra Jedi Luminara Unduli, los Jedi quedan atrapados en una antigua prisión subterránea llena de guerreros zombies.

Los gusanos controlacerebros, controlando un grupo de clones, toman la nave de suplementos de la República. Ahora Barriss y Ashoka deberán detener a los clones para no desatar una plaga a nivel galáctico.

Cuando la flota de Eeth Koth es derribada por Grievous, el maestro Jedi es capturado y torturado por el droide. Pero lo que Grievous quiere es atraer a los Jedi y lo logra ya que Obi-Wan, Anakin y Adi Gallia dirigen una misión para salvar al maestro Koth.

Obi-Wan Kenobi encabeza un grupo de soldados clones para buscar el general Grievous. Mientras tanto, Rex se encuentra con un desertor clon llamado Cut Lawquane y comienza a evaluar la razón de su lucha.

Cuando un carterista roba la espada láser de Ashoka, la Padawan recurre al Jedi Terra Sinube, que es experto en el mundo del crimen.

Obi-Wan investiga la posibilidad de que su antigua amiga, la duquesa Satine (supuestamente neutral duquesa de Mandalore), esté involucrada en un complot separatista. De ser así seria una noticia dura para el Jedi puesto a que anteriormente la duquesa le entregó su corazón al maestro Kenobi.

Mientras los Jedi y sus clones tienen que defender la duquesa Satine de los intentos de asesinato, Anakin descubre que Obi-Wan y la duquesa tienen una historia juntos.

En Coruscant, la duquesa Satine es acusada de haber creado un grupo terrorista. La duquesa Satine y Obi-Wan intentan descubrir los verdaderos orígenes del grupo mientras huyen de las autoridades y de un asesino de la "Guardia de la Muerte".

Cuando el senador Onaconda Farr es envenenado, Padmé y Bail Organa buscan al culpable, pero los eventos pronto van a dar un giro peligroso y mortal.

El senador Bail Organa es atrapado en el planeta Cristophsis controlado por separatistas. Anakin y Obi-Wan son enviados allí para rescatar al importante senador galáctico. Pero al llegar se encuentran con el misterioso y malévolo almirante Trench, lo que pone las cosas de un modo muy peligroso, incluso para los Jedi.

Anakin, Obi-Wan y Ashoka deben forjar una quebradiza alianza con cuatro cazarrecompensas para proteger a un granjero local de Hondo Onhaka y su banda de piratas.

La bestia Zillo ha sido trasladada a Coruscant. Se reabre el debate sobre salvar su vida o extinguir la especie para investigar en ella, pero nadie contaba con el poder de la bestia cuando escapa y causa graves desastres en la ciudad. Los Jedi deberán retenerla, aunque Palpatine tiene otros planes para ella.

El joven Boba Fett se infiltra en el acorazado Jedi donde se encuentra el asesino de su padre, Mace Windu. Con la intención de acabar con su vida y la ayuda de Aurra Sing llevará a cabo una terrible trampa asesina.

Cuando un grupo de cazadores de recompensas lleva a Anakin y Mace en una trampa mortal en Vanqor, le toca a R2-D2 advertir a los Jedi y vuelve a Coruscant.

Plo-Koon y Ahsoka persiguen a Boba Fett desde el inframundo de Coruscant al planeta Florrum, donde se encuentran a la cazarrecompensas Aurra Sing, y capturan al niño, en una encarnizada batalla.