Попав в неожиданную ловушку неприятеля на одной из планет, джедаи с отрядом клонов пытаются выбраться из западни, для помощи которым с республиканских штурмовиков отправляются крейсеры, намеревающиеся прорвать защиту и высвободить заложников. Во время боя Асока вновь увлекается - позабыв о субординации, она безрассудно сражается несмотря на приказ о капитуляции, что на этот раз это не остаётся без внимания Совета. Девушку отправляют отрабатывать повинность в Храм Джедаев, однако Тано не приходится долго сидеть без дела, когда Бэйну поручают выкрасть из охраняемого ей святилища редкую вещь.

Выкрав нужную заказчику вещь и прихватив с собой пленника из числа джедаев, Бэйн пытается скрыться, в то время как Энакин становится на пути прибывших на подмогу мошеннику сепаратистов, всеми силами пытаясь не дать им завладеть тайнами Совета. Тем временем джедай-заложник отказывается выполнять требования похитителя, что заставляет Кэда обратить своё внимание на Скайуокера с падаваном, с боем пробивающихся на корабль. Смогут ли учитель с ученицей противостоять одному из хитрейших мошенников в галактике, или Бэйну всё же удастся добиться своего?

Полагая, что Бэйн погиб при взрыве, Скайуокер, Асока и оставшиеся клоны возвращаются на борт республиканского корабля, где обнаруживают, что оказались лишь пешками в многоступенчатом плане мошенника по вывозу украденного за пределы досягаемости людей Республики. Так как выкраденная информация содержала имена будущих джедаев, Йода приказывает ученикам отправиться на защиту самых уязвимых детей, в то время как Бэйн получает новое задание от заказчика по доставке к нему четырех юнлингов для своего эксперимента.

Совет ставит под сомнение верность Республике одного из сенаторов, Раша Кловиса, который, по неподтверждённым слухам, тайно перешёл на сторону неприятеля, и, чтобы подтвердить его сговор с врагом, джедаи решают подослать к возможному предателю своего шпиона. Однако, так как обвинения сенатора - весьма деликатное дело, Йода предлагает уговорить на шпионаж Амидалу, у которой, к удивлению Скайуокера, когда-то были весьма близкие отношения с Кловисом. Но, узнав о прибытии Падме вместе с Рашем, заговорщики решают использовать её в своих целях, что едва не оканчивается трагедией.

Направив большую часть сил на уничтожение флота Гривуса, республиканцы вскоре обнаруживают не менее масштабную угрозу в лице созданного сепаратистским сторонником Погглом нового мощного завода по изготовлению дроидов, благодаря которому перевес между армиями неприятеля и Республики оказывается не в пользу последней. Совет отправляет Энакина с ещё несколькими джедаями совершить наступление на Геонозис, где находится Поггл и его фабрика, с целью захватить злодея и навсегда завершить выпуск смертоносных машин-убийц.

Прознав о тайном восстановлении Погглом завода роботов-дроидов, Асока, Энакин и примкнувшие к ним Ундули со своим падаваном Оффи готовят операцию по уничтожению вражеского объекта. Но так как Поггл уже готов запустить производство, у джедаев остаётся совсем немного времени, чтобы разрушить замысел неприятеля вместе со строением. Изучив обстановку, джедаи разрабатывают опасный двухэтапный план, от успешности исполнения которого зависит не только выполнение миссии, но и жизни некоторых членов их новоиспечённой группы.

Успешное выполнении миссии на Геоносисе достаётся республиканцам слишком большой ценой. Начав зачистку планеты от остатков дроидов, Оби-Ван и Ундули объявляют главной целью поимку главаря армии неприятеля Поггла и последующую передачу преступника в суд. Стремясь поймать негодяя по горячим следам, Луминара пропадает во время песчаной бури, сообщив джедаям лишь место своего последнего местонахождения- разрушенный храм с уходящими на много километров вниз катакомбами, где, по слухам живёт местная раса опасных насекомообразных существ.

Джедаи планируют как можно быстрее доставить пленного Поггла на Корусант, но, когда поступают тревожные новости с Дантуина, где нанесённый республиканским войскам урон требуют немедленного пополнения запасов медикаментов, Скайуокер поручает падаванам самостоятельно возглавить отряд по пересылке лекарств нуждающимся. Однако в процессе полёта возникают осложнения, когда обнаруживается, что заражённый королевой насекомых клон распространил зомби-инфекцию на весь экипаж, кроме Оффи и Тано, которым приходится в одиночку противостоять отряду монстров.

Хотя количество побед республиканцев превосходит количество поражений, джедаям не удаётся помешать продвижению неприятеля на Дальнем Рубеже. Гривус и его войско, несмотря на все старания, всё время ускользает от армии Республики, оставляя преследователей ни с чем. Однако, вскоре джедаям удаётся разработать инновационный план, который позволит им не только взять в плен хитрого негодяя, но и поможет спасти одного из товарищей по оружию, оказавшегося в заложниках у злодея.

Эскадрилья клонов под руководством генерала Кеноби отправляется вслед за сбежавшим на Салукемай Гривусом, главной задачей которого становится поиск единственного уцелевшего космического модуля, способного стать ключом к спасению от постепенно берущих его в кольцо республиканцев. Тем временем во время наземной разведки неприятель подрывает одного из клонов, Рекса. Не имея возможности вернуть солдата на базу, соратники находят раненому товарищу временный кров в фермерском доме, глава семьи в котором заставляет мужчину задуматься над преимуществами возможности самостоятельно распоряжаться своей жизнью.

Союз из полутора тысяч миров, желающих сохранить нейтральную позицию в этой нескончаемой войне, давным-давно организовал собственный совет, но теперь в Сенат поступила непроверенная информация, что недавно назначенная лидером Нейтрального Совета герцогиня Крайз тайно собирает группу сопротивления для борьбы в поддержку неприятеля. Для проверки этих слухов, Оби-Ван прибывает на Мандалор, где действительно обнаруживает заговорщиков, но не связанных с герцогиней, хотя беспокоящих её не меньше, чем джедаев.

Герцогиня отправляется в Сенат, в стенах которого желает выдвинуть официальное возражение против насильного втягивания её планеты в войну. Её защита поручена джедаям Кеноби со Скайуокером, последний из которых вскоре начинает подозревать о том, что Оби-Вана и Сатин когда-то связывало что-то большее, чем простая дружба. Тем временем при осмотре грузового отсека Скайуокер обнаруживает роботов-убийц, посланных одним из членов Сената для устранения неугодной ему герцогини. Оби-Ван находит способ вычислить предателя, однако это лишь навлекает на Сатин новую беду...

Крайз делает всё возможное, чтобы защитить жителей своей планеты от окружающих их жестокости и насилия. Преданная сразу двумя, казалось бы, верными союзниками, женщина пытается объяснить Сенату, что образовавшаяся на территории её земель террористическая группа не выражает позиции Мандалора. Однако, Сенат вовсе не горит желанием поддерживать нейтральную позицию оратора, делая всё, чтобы подвести голосование к принятию решения о вступлении войск Республики в Мандалор. Между тем граф отправляет очередного киллера убить Сатин, в то время как Кеноби берётся помочь последней, отправившись вместе с ней на поиски террористов.

Амидала всеми силами пытается добиться принятия законопроекта об уменьшении расходов на военные действия и прекращении изготовления новых воинов-клонов. Однако, невзирая на все приложенные усилия, её поддерживает не так много сторонников в Сенате, а некоторые идут дальше, используя нечестные методы в борьбе с неугодным ему биллем. Когда в результате заговора умирает близкий друг Падме сенатор Фарр, Амидала решает найти преступника самостоятельно, однако вместо ответов на вопросы женщина сталкивается с ещё одним убийством.

Сепаратистский флот осаждает Кристофсис, блокируя все попытки сенатора Органа вырваться из плотно сомкнувшегося над планетой кольца. На помощь Органу отправляются республиканские корабли под управлением джедая Скайуокера, но время на исходе, ведь ни продуктов, ни боеприпасов на оккупированной планете практически не осталось. Тем временем Кеноби добывает новый корабль-невидимку, поручая Энакину исполнить на нём гуманитарную миссию для нуждающихся жителей осаждённого мира, однако тот не может устоять в своём желании использовать полученное преимущество против неприятеля.

Война затягивает в свои сети всё больше миров, жители которых вынуждены защищаться самостоятельно из-за нехватки воинов, задействованных в основном на сражениях в горячих точках галактик. Для своевременного оказания помощи раненым создана сеть медицинских станций, однако из-за недостаточной защищённости, большинство из них вскоре становятся захваченными неприятелем. Когда одна из таких станций, находящаяся на орбите Фелуции, перестаёт выходить на связь, Скайуокер с падаваном и Оби-Ваном отправляются разведать ситуацию и узнают, что на самой планете тоже требуется их помощь.

Когда стараниями неприятеля Республика едва не лишается одной из ключевых планет, богатой топливными месторождениями, в отчаянной надежде изменить ход битвы Верховный Канцлер отдаёт приказ взорвать не имеющую аналогов по мощности электро-протонную бомбу. Однако активация наряда приносит немного не те результаты, на которые надеялись республиканцы, когда на месте взрыва образуется гигантская воронка, а позже из глубин земель так нужной им планеты восстаёт древнее чудовище

Канцлер приказывает Энакину и Мэйсу доставить пойманное в ходе битвы чудовище на Корусант, чтобы изучить его неуязвимость ради создания непробиваемой брони для республиканской армии. Однако решение привезти самое опасное в галактике существо на самую густонаселенную планету оказывается не самым удачным, особенно когда попытка канцлера умертвить зверя ради ускорения процесса синтезирования защитной экипировки приводит к трагическому результату. Между тем Кеноби, радеющий за сохранение жизни уникального образца фауны и возвращение его на родину, оказывается перед нелёгким выбором.

Заслужив немного отдыха после затяжных боёв и готовясь к встрече с фрегатом Республики, Энакин с Мэйсом не подозревают о смертельной угрозе, подстерегающей джедаев в рядах их же воинов. Как ни странно, опасность исходит от одного из вновь прибывших кадетов, который оказывается совсем не тем, за кого себя выдаёт. Вместе с нанятыми им охотниками за головами, неизвестный становится настоящей проблемой для всего флота, однако целью юноши являются лишь один человек, призванный быть жертвой отмщения за давнее преступление, когда-то совершённое на глазах у малолетнего мстителя.

Потеряв связь с совершившим аварийную посадку адмиралом, джедаи, при поддержке отряда спасателей, отправляются на поиски выживших. Обнаружив корабль, Мэйс разгадывает мотивы неизвестного злоумышленника, в то время как Энакин чудом избегает смерти от рук малолетнего преступника, однако вскоре вместе с товарищем попадает в его ловушку. Теперь жизни джедаев полностью зависят от верного робота R2, который должен успеть сообщить о произошедшем на базу, пока Боба с наёмниками не закончили начатое.

Аурра используют заложников, чтобы принудить Мэйса к встрече с ними на своих условиях, что приходится не по душе юному преступнику. Между тем, пока их товарищи восстанавливаются после произошедшего, Тано с Пло Куном отправляются на поиски Фетта, для чего спускаются за подсказками на нижние уровни подземелий планеты. Синг, между тем, решает сделать остановку во владениях старого знакомого на Флорруме, где и устраивает ловушку для следующих по их с Бобой следам джедаев, однако это решение оказывается ошибочным.