Cad Bane został wynajęty przez Dartha Sidiousa do kradzieży holokronu Jedi. Holokrony – systemy przechowywania danych, które można otworzyć tylko za pomocą Mocy – są chronione w skarbcu w Świątyni Jedi. Werbując do swojego spisku uzurpatora udającego Jedi, Bane infiltruje systemy bezpieczeństwa budynku i prowadzi pościg Anakina, Obi-Wana i Ahsoki.

Anakin i Ahsoka podróżują na planetę Devaron w pogoni za Cadem Bane'em, który ukradł holocron Jedi. Bane schwytał mistrza Jedi Bollę Ropala, strażnika kryształu Kyber, który w połączeniu z holocronem ujawni dane na temat każdego znanego dziecka wrażliwego na Moc w galaktyce. Bane nie może zmusić Ropala do otwarcia holokronu, więc Bane potrzebuje kolejnego Jedi. Łapiąc Ahsokę, łowca nagród zmusza Anakina do otwarcia holokronu, aby uratować swojego padawan. Ujawnione sekrety holocronu Bane próbuje uciec, ale wydaje się, że został zabity przez klona. Anakin jednak wciąż wyczuwa obecność Bane'a w Mocy...

Cad Bane ukradł holocron Jedi, w którym znajdują się sekretne miejsca wrażliwych na Moc dzieci galaktyki. Bane otrzymuje od Dartha Sidiousa zadanie porwania kilku dzieci, aby wyszkolić ich na szpiegów Sithów. Podczas jednej z takich prób porwania Bane zostaje schwytany przez Anakina i Ahsokę i zabrany przed Obi-Wana i Mace'a Windu, aby zbadali jego umysł. Nie mogąc oprzeć się połączonym mocom Mocy Jedi, Bane zgadza się poprowadzić Kenobiego i Windu do swojej ukrytej bazy, podczas gdy Anakin i Ahsoka wyruszają do Mustafar, aby uratować skradzione dzieci przed złym spiskiem Dartha Sidiousa.

Rada Jedi podejrzewa, że ​​senator Rush Clovis, delegat Międzygalaktycznego Klanu Bankowego i były kolega Padmé Amidali, może pracować dla Separatystów. Wbrew życzeniom Anakina, Rada prosi Padmé, czy towarzyszyłaby Rushowi do Cato Neimoidia, aby odkryć wszelkie wskazówki dotyczące prawdziwych przynależności senatora. Padmé zgadza się, czując, że jej przeszły związek z senatorem – który przez pewien czas był romantyczny, dopóki go nie zakończyła – może dać jej przewagę w śledztwie. Odpierając zazdrość Anakina, a także zamach na jej życie przez Neimoidiana Lotta Doda, Padmé z powodzeniem ujawnia, że ​​Clovis spiskuje z Separatystami, aby zbudować fabrykę droidów wojskowych na Geonosis.

Anakin, Obi-wan i Ki-Adi-Mundi prowadzą inwazję, aby powstrzymać Poggle'a Mniejszego i Geonosjan przed odbudową ich armii droidów. Sprawy przybierają okropny obrót, gdy siły Geonosian zestrzeliwują statki Republiki, które spadają z kursu. Pod rosnącą presją, by wykonać swoją misję, Anakin, Obi-Wan i Ki-Adi-Mundi mają do pokonania własny zestaw wyzwań – hordy wrogich żołnierzy, śmiercionośne pułapki, bezlitosny teren i potężna tarcza energetyczna.

Anakin, Ahsoka, Luminara Unduli i jej padawan, Barriss Offee, prowadzą misję zniszczenia fabryki droidów na Geonosis. Ale Poggle the Lesser ma inne plany, gdy wykorzystuje swoją najnowszą broń, niezniszczalne super czołgi. Zdesperowani, aby wykonać swoją misję, zanim odlewnia zostanie uruchomiona, Jedi opracowują śmiały plan, w którym Anakin i Luminara będą działać jako wabiki, odwracając uwagę superczołgów, podczas gdy Ahsoka i Barriss infiltrują fabrykę przez labirynt katakumb pod miastem. Plan jest ryzykowny. Stawka jest wysoka. To ich jedyna opcja, ale czy padawani sprostają wyzwaniu?

Po bitwie mającej na celu zniszczenie nowej fabryki droidów na Geonosis, mistrzyni Jedi Luminara Unduli znika, tropiąc Poggle'a Mniejszego. Obi-Wan i Anakin prowadzą pluton żołnierzy-klonów w poszukiwaniu jej. Idąc jej śladem, nasi bohaterowie schodzą w głąb legowiska Kariny Wielkiej. Ku swojemu przerażeniu dowiadują się, że ul jest żywy i pełen nieumarłych obrońców. Podobno Karina potrafi reanimować i kontrolować swoich poddanych. Czy Obi-Wan i Anakin pokonają hordę nieumarłych Kariny i znajdą Luminarę, zanim będzie za późno?

Zaopatrzenie medyczne jest rozpaczliwie potrzebne na kluczowym froncie bitwy Republiki. Podczas gdy Rycerze Jedi przewożą Poggle'a Mniejszego jako więźnia na Coruscant, padawani Barriss Offee i Ahsoka Tano zostają wysłani, by eskortować fregatę medyczną do miejsca przeznaczenia. Gdy geonozyjskie robaki mózgowe przejmują kontrolę nad żołnierzami-klonami na pokładzie ich statku zaopatrzeniowego, Ahsoka i Barriss muszą walczyć, aby powstrzymać statek przed rozpętaniem śmiertelnej plagi na galaktykę.

Mistrz Jedi Eeth Koth zostaje wzięty jako zakładnik i torturowany przez generała Grievousa. Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi i Adi Gallia obmyślają śmiały plan ratunkowy, ale wkrótce zdają sobie sprawę, że generał ma własny plan. Rycerze Jedi i generał Separatystów próbują wymanewrować się nawzajem w walce między statkami i wręcz nad planetą Saleucami.

Generał Grievous zostaje zestrzelony nad Saleucami i ląduje na pustyni. Obi-Wan prowadzi ekspedycję, którą opisuje ogólnie droidów. Rex zostaje ranny podczas poszukiwań i musi pieszo do siebie w stodole lokalnego farmera, ale jest zszokowany, gdy przebuduje, że rolnik jest dezerterem-klonem.

Alarmujące plotki o pokojowo nastawionej księżnej Satine z Mandalore skłaniają Obi-Wana do zbadania odludnej planety. Satine chce zachować neutralność Mandalore w Wojnach Klonów, ale działania brutalnej grupy odłamowej — Straży Śmierci — grożą popchnięciem planety w kierunku wojny.

Księżna Satine podróżuje z Mandalore na Coruscant z misją dyplomatyczną z Obi-Wanem Kenobim, Anakinem Skywalkerem i zespołem żołnierzy, którzy mają ją bronić. Gdy jej luksusowy statek kosmiczny, Coronet, przedziera się przez nadprzestrzeń, Jedi muszą powstrzymać kilka prób zamachu, a Anakin odkrywa, że ​​Obi-Wan i księżna mają wspólną historię.

Na Coruscant do księżnej Satine dociera wiadomość, że Straż Śmierci mobilizuje, wywołując prewencyjną inwazję Republiki. Uciekając przed władzami Republiki, Satine i Obi-Wan wyruszają, by odkryć prawdziwe motywy grupy.

Kiedy senator Onaconda Farr umiera w podejrzanych okolicznościach, a lokalny inspektor wydaje się niekompetentny, Padmé; postanawia odnaleźć osobę, która otruła swojego mentora. Podążając tropem wskazówek, Padmé i Bail Organa zagłębiają się w niebezpieczny świat dźgnięć w plecy, kłamstw i sekretów kontrolowanych przez potężnych senatorów Mee Deechi i Halle Burtoni. Poszukiwania Padmé zmuszają ją do zaryzykowania kariery i ideałów, ale prawdziwa tożsamość zabójcy jest jeszcze bardziej destrukcyjna, niż mogła sobie wyobrazić.

Blokada separatystów otacza Christophsis. Flota Anakina ma za zadanie rozmieścić na powierzchni zapasy pomocy humanitarnej, ale są one masowo niszczone i wymanewrowane przez zręczny Admirał Trench. Obi-Wan przybywa i przedstawia nową broń Republiki: statek do ukrywania się. Niewidzialny statek jest ostatnią nadzieją na pokonanie przebiegłego dowódcy floty Separatystów i pomoc poturbowanym mieszkańcom Christophsis.

Anakin, Obi-Wan i Ahsoka wpadają na Felucię i szukają pomocy u lokalnych hodowców przypraw tylko po to, by dowiedzieć się, że to rolnicy są w prawdziwej potrzebie. Napastowani przez Hondo Ohnakę i jego bandę piratów, którzy planują ukraść ich plony, rolnicy wynajęli czterech zabójczych łowców nagród, aby chronić ich towary. W mało prawdopodobnym partnerstwie Jedi muszą współpracować z wynajętymi broniami farmerów, aby odeprzeć Hondo i jego bandytów.

Zdesperowany, by odwrócić losy zaciętej bitwy na Malastare i wygrać strategiczny sojusz z Dugami, kanclerz Palpatine rozkazuje Jedi zrzucić najnowszą superbroń Republiki, nieprzetestowaną elektro-bombę protonową. Niestety, wybuch bomby budzi starożytną i przerażającą Bestię Zillo, potwora o legendarnych rozmiarach i zaciekłości. Teraz Jedi muszą powstrzymać tę śmiertelną istotę pomimo ingerencji krwiożerczych Dugów, którzy mają swój własny plan.

Na rozkaz Palpatine'a siły Republiki przenoszą przerażającą Bestię Zillo z powrotem na Coruscant w celu przeprowadzenia badań naukowych. Palpatine, chcąc wydobyć tajemnice bestii dla korzyści militarnych, nakazuje swojemu głównemu naukowcowi zbadanie, a następnie zabicie potwora. Przepełniona bólem i złością Bestia Zillo ucieka z laboratorium i zaczyna niszczyć miasto. Wkrótce Anakin, Padmé i Palpatine zostają ścigani przez bestię, podczas gdy Jedi walczą o jej powstrzymanie.

Zdeterminowany, by zabić mistrza Jedi Mace Windu, młody Boba Fett udaje kadeta-klona i zakrada się na pokład krążownika Jedi, aby podłożyć bombę w kwaterze Windu. Ale plan Boby idzie nie tak, gdy wybuch nie zabija Mace'a i nagle każdy klon na pokładzie szuka sabotażysty. Boba niszczy reaktor statku, aby odwrócić uwagę i wkrótce cały krążownik zaczyna się rozpadać. Nieświadomi, że Boba jest winowajcą, nowi towarzysze kadetów Boby ratują mu życie, ale czy ma obsesję na punkcie zemsty, by zrobić dla nich to samo?

Boba Fett i jego grupa łowców nagród prowadzą Anakina i Mace'a w śmiertelną pułapkę na Vanqor. R2-D2 musi wrócić na Coruscant i ostrzec Jedi przed niebezpieczeństwem ich braci. Walcząc po drodze z bestiami i łowcą nagród, zaufany droid w końcu przekazuje swoje ostrzeżenie Ahsoce i Plo Koonowi, którzy pędzą do Vanqor, by uratować Mace'a i Anakina przed ognistą śmiercią.

Po nikczemnej próbie zamordowania Anakina Skywalkera i Mace'a Windu na Vanqor, Boba Fett i Aurra Sing ukrywają się. Mistrz Jedi Plo Koon i Ahsoka Tano wyruszają, by schwytać łowców nagród. Przeczesując niższe czeluście podziemi Coruscant, Plo i Ahsoka w końcu dowiadują się, że Fett i jego grupa ukrywają się na Florrum. W dramatycznej rozgrywce Fett zostaje porzucony przez Aurrę Sing, pozostawiając młodego Boba zły i zgorzkniały w areszcie Republiki.