Obi-Wan, Anakin és Ahsoka hősiesen küzdenek a Felucia bolygóért, ám hiába. Nem bírnak a droidokkal, így Plo Koon segítségével kénytelenek visszavonulni. Ahsoka azonban nem látja át a helyzetet, megtagadja a visszavonulási parancsot, csak nagy nehézségek árán tudják kimenteni. A Jedi Tanács visszahívja a Coruscantra, ahol Ahsoka Tanot, a Felucián történt engedetlensége miatt a Jedi Archívum védelmére osztják be. Eközben Darth Sidious felbéreli a hírhedt duros fejvadászt, Cad Bane-t, hogy törjön be a Jedi Templomba és lopjon el egy holokront, egy holografikus információkat tároló eszközt, amit csak a jedik tudnak kezelni.

Cad Bane elfogta a rodiai Bolla Ropal Jedi lovagot, így megszerezte a kyber memóriakristályt, mely a Galaxis összes Erőérzékeny gyermekének a nevét tartalmazza. Egy szeparatista hadihajón menekül az üldözői elől. Közben megpróbálja rávenni Ropalt, hogy felnyissa a holokront, és azt egyesítve a kristállyal, megszerezze az adatokat, a Jedi-mester azonban belehal a kínzásba. Anakin és Ahsoka pedig egy klón különítménnyel már útban vannak, hogy elfogják. Az akció közben Anakin rájön, hogy Bane végig egy lépéssel előttük járt. A holokront csak egy Jedi nyithatja ki, és Bane-nek mindegy, ki ez a Jedi.

Cad Bane csellel kijutott a felrobbanó csillaghajóról, majd sikeresen kicsúszik Anakinék karmai közül is. A holokron és a kyber adatkristály segítségével elkezdi felkutatni és Sidious számára elrabolni az azonosított Erőérzékeny gyermekeket. Eközben Yoda, Anakin, Obi-Wan és Windu meditálással rájönnek, mely gyerekeket akarja Bane elrabolni. Obi-Wan a Rodiára siet, míg Anakin és Ahsoka a Naboon próbálja meg csapdába csalni a fejvadászt, hogy aztán megtudják, hová rejtette a holokront és az elrabolt gyerekeket

Anakin végre hazatér a frontról és együtt lehet feleségével, Amidalával. A szenátornőt azonban a Jedi Tanács próbálja beszervezni, hogy leleplezze az árulónak vélt Rush Clovist, az Intergalaktikus Bankár-Klán szenátorát. Clovis és Amidala régen közeli kapcsolatban álltak, ezért ő a tökéletes választott, de elutasította a feladatot. Ezért a Tanács Anakint küldi, hogy győzze meg Padmét: vállalja az életveszélyes küldetést. Anakinnek persze magának sem tetszik nagyon az ötlet: Padmé és régi szerelme újra találkoznak.

Anakin, Obi-wan, and Ki-Adi-Mundi lead an invasion to stop Poggle the Lesser and the Geonosians from rebuilding their droid army. Things go terribly awry when Geonosian forces shoot down the Republic ships, which crash off-course. Under mounting pressure to accomplish their mission, Anakin, Obi-Wan, and Ki-Adi-Mundi each have their own set of challenges to overcome -- hordes of enemy troops, deadly traps, unforgiving terrain, and a massive energy shield.

Kicsi Poggle geonosisi szeparatista parancsnok elkeseredetten védekezik, és beveti az új szupertankokat. Ezeket nagyon erős energiapajzs védi, sugárfegyverrel vagy robbantással lehetetlen elpusztítani. Anakin és Luminara csapataikkal magukra vonják a szeparatisták tüzét, miközben padawanjaik, Ahsoka és Barriss azon vannak, hogy belülről pusztítsák el a droidgyárat. Bejutni meglehetősen könnyű egy Jedinek, azonban bent egy taktikai droid várja őket, aki megakadályozza a robbantást. Az egyetlen megoldás marad, hogy egy szupertankkal szétlövik a főreaktort, így azonban biztos, hogy nem jutnak ki élve időben a gyárból. A két padawan vállalja a biztosnak tűnő pusztulást.

Luminarának nyoma veszik a Geonosison. Obi-Wan és Anakin indulnak a mesternő keresésére néhány klónnal. Keresés közben a Jedik és a klónok élőhalottakkal kerülnek összetűzésbe, akiket a Geonosis vénséges-vén anya-királynőjének akarata irányít.

Miután a geonosisi agyférgek feljutnak arra a hajóra, melyen Ahsoka és Barriss utazik, a két padawanra hárul a feladat, hogy megmentsék a galaxist a halálos fenyegetéstől.

Grievous elfogja a zabrak Jedi-mestert, Eeth Koth-t, a Jedi-tanács Obi Van-t és Anakint küldi a kiszabadításukra. Macska-egér harc kezdődik, melyben mindenki azt hiszi magáról, hogy ő a macska.

A Peremvidék Saleucami bolygóján Grievous tábornok kényszerleszáll az őt üldöző jedik elől menekülve. A bolygón, mit sem sejtve, egy dezertált klónkatona él kis családjával, twi-lek társával és két gyerekükkel, eddig békésen, azonban a tábornok közvetlen droidcsapatai fenekestül felforgatják családja életét. A volt katonának ismét elő kell vennie tanult képességeit, hogy megvédje őket.

A Mandalore-rendszerben, ami a múltban annyi háborút vívott a Köztársasággal, veszélybe kerül a pacifista Satine királynő felvilágosult uralma. Feltűnnek a Halálőrök, egy veszélyes terrorszervezet, akik szeretnék visszaforgatni az idő kerekét. Obi-Van a bolygóra indul tárgyalni. Titkos küldetése, hogy kiderítse, vajon a szeparatisták állnak-e a Halálőrség mögött?

Satine Cryze mandalori államfő és Tal Merrik, a szárnysegédje (semlegességpárti szenátorok, mint pl. Orn Free Ta, Onaconda Farr és mások) a Coruscantra megy, hogy a szenátus előtt cáfolja meg a Mandalore szeparatistákhoz való csatlakozásáról szőtt rágalmakat.

On Coruscant, word reaches Duchess Satine that Death Watch is mobilizing, sparking a pre-emptive Republic invasion. On the run from Republic authorities, Satine and Obi-Wan set off to discover the group's true motives.

Megmérgezik Onaconda Farr rodiai szenátort, aki múltbeli árulását megbánva, hosszú ideje újra a Köztársaságot szolgálta. A tettes csak egy szenátor lehet. A gyanú a köztársasági hadilobbi szószólóira (konkrétan Hale Burtoni geonosisi szenátornőre és Mee Deechi umbarai szenátorra) terelődik. Padmé, aki Farr szenátorral együtt küzdött a lobbi ellen, veszélyes magánnyomozásba kezd, hogy leleplezze a gyilkost. Az eredmény nem egészen az, amit elképzelt

A Separatist blockade surrounds Christophsis. Anakin's fleet is tasked with deploying relief supplies to the surface but they are massively out-gunned and out-maneuvered by the skillful Admiral Trench. Obi-Wan arrives and unveils the Republic's new weapon: a stealth ship. The stealth ship is the last hope at besting the cunning Separatist fleet commander and aiding the battered people of Christophsis.

Jedik keverednek bele egy kalózok elleni harcba. Hondo Onaka békés bolygókat fosztogat a mezőgazdasági terményeikért, az egyiken a lakók fejvadászokat bérelnek fel a weequay banda megállítására. A Jedik is beszállnak. Hét hős harcol a túlerő ellen egy kis falu lakosaiért.

Egy köztársasági szuperfegyvert sikerrel vetnek be a dugok anyabolygóján a Konföderáció ellen. Azonban nem várt hatás lép fel, és felébreszt egy addig a Föld mélyén alvó hatalmas páncélos Zillo fenevadat. Ezeket a szörnyeket még fénykarddal sem lehet elpusztítani.

Palpatine kíváncsi a Zillo elpusztíthatatlanságának titkára, és egy szuperhadsereg felállítását tervezve, a Coruscant genetikai kutatólaborjaiba szállítja az elkábított szörnyet, óriási biztonsági készültség mellett. De nincs olyan biztonsági fokozat, ami megállítana egy Zillo szörnyet, ha sikeresen elszabadul.

Az árva Boba Fett Aurra Sing, a veszedelmes fejvadásznő gyámsága alá kerül. Sing könyörtelen harcost akar faragni a fiúból, és ehhez felhasználja a fiú gyűlöletét apja elpusztítója, Mace Windu Jedi-mester ellen. A fiú magát klónkadétnak álcázva bejut egy köztársasági cirkálóra, és sikertelen terrormerényletet hajt végre Windu ellen. Menekülése során választás elé kerül: feláldozhat-e ártatlan életeket a bosszúért?

Fett és csapata újabb csapdát állít Windunak a cirkáló romjaiban. Anakin és Windu a roncsok fogságába kerül. Artura vár a feladat, hogy segítséget hozzon Coruscantről. A kis robot számtalan kalandot túlélve, sikeresen teljesíti a küldetést.

A Jedik végre a Sing-banda nyomába eredhetnek. Ahsoka megtalálja Sing és Fett rejtekhelyét. Fett fogságba esik, Singgel pedig a végső leszámolás következik.