Jedi-Meister Yoda und drei Klonsoldaten - Jek, Thire und Rys - müssen sich Dookus gefürchteter Häscherin Ventress und ihrer riesigen Droidenarmee entgegenstellen, um zu beweisen, dass die Jedi stark genug sind einen strategisch wichtigen Planeten zu beschützen und um die Unterzeichnung eines Bündnisvertrags zu ermöglichen.

Nachdem eine verheerende neue Waffe der Separatisten zugeschlagen hat, kämpfen Jedi-Meister Plo Koon und seine Klonsoldaten ums Überleben, während sich Anakin und Ahsoka auf die Suche nach ihnen machen.

Mithilfe von Langstrecken-Y-Flügel-Bombern will Anakin Skywalker das Flaggschiff von General Grievous, die Malevolence ausschalten. Doch damit der Angriff gelingen kann, müssen Anakins Schiffe einen gefährlichen Teil des Weltraums durchqueren.

Padmé Amidala und C-3PO fallen General Grievous in die Hände. Jetzt müssen Anakin und Obi-Wan die Senatorin retten und die Malevolence endgültig zerstören.

Ein entlegener Außenposten der Republik wird angegriffen, und nur eine Gruppe unerfahrener Klonsoldaten steht zwischen den Separatisten und den Klonanlagen auf Kamino. Gemeinsam mit Captain Rex und Commander Cody müssen sie jetzt ihre Feuerprobe bestehen und die Kampfdroiden vertreiben.

Während einer harten Raumschlacht geht R2-D2 verloren. Anakin muss ihn wiederfinden, bevor die Separatisten die militärischen Geheimnisse der Jedi in Erzwos Speicherbänken entdecken.

Auf einer Mischung aus Rettungs- und Sabotageeinsatz entdecken Anakin, Ahsoka und Erzwos Ersatz R3-S6, dass R2-D2 im geheimen Separatisten-Horchposten von General Grievous gefangengehalten wird.

Jar Jar Binks ist ein Jedi-Ritter? Das glauben jedenfalls die Separatisten, als der tollpatischige und heldenhafte Gungan und C-3PO dafür kämpfen, Padmé Amidala aus den Händen des bösen Vizekönigs Nute Gunray zu retten.

Luminara Unduli und Ahsoka Tano haben Nute Gunray in Gewahrsam genommen und schließlich an Hauptmann Argyus und seine Senatskommandos übergeben. Nun müssen sie verhindern, von Separatisten-Streitkräften entführt zu werden, die von Asajj Ventress angeführt werden…

Der Jedi-Meister Kit Fisto und sein früherer Padawan-Schüler Nahdar Vebb jagen Nute Gunray bis zu General Grievous’ Unterschlupf auf dem Mond Vassek…

Anakin und Obi-Wan versuchen, Count Dooku endlich in Gewahrsam zu nehmen – vergeblich. Sie müssen nämlich feststellen, dass ihnen bereits eine Bande von Piraten zuvorgekommen ist…

Obi-Wan und Anakin verhandeln über Count Dookus Lösegeld. Dabei werden die beiden gefangen genommen. Die Jedi und der Sith müssen nun beim Fluchtversuch eine überraschende Allianz bilden, wobei ihre einzige Hoffnung auf Jar Jar Binks ruht…

Anakin wird im Gefecht schwer verwundet. Daraufhin muss Secura Ahsoka von der Jedi-Generälin Aayla in die Geheimnisse der Jedi-Philosophie eingeweiht werden. Zeitgleich müssen sie auf einem unwirtlichen Planeten nach medizinischer Hilfe für den verletzten Jedi-Ritter suchen…

Die Jedi müssen sich mit einer neuen Waffe der Separatisten herumschlagen. Derweil stehen die pazifistischen Lurmen vor der schwierigen Entscheidung, ob sie sich der Unterdrückung durch die Separatisten beugen oder aber an der Seite Anakins, Ahsokas und Aayla Securas in den Kampf ziehen wollen…

Während Anakin und Obi-Wan das Verschwinden einer Sicherheitseinheit der Klone untersuchen, geraten sie mitten in einen eskalierenden Konflikt zwischen den pelzigen Landbewohnern einer trostlosen Eiswelt und den geizigen Repräsentanten eines nahen Mondes…

Die Streitkräfte der Separatisten haben einen barbarischen Angriff auf Christophsis, die unternommen. Nachdem das Volk von Christophsis sich nicht länger verteidigen kann, bittet es die Jedi um Hilfe. In der Hoffnung, Leben zu retten und weitere Zerstörungen von der Welt abwenden zu können, planen Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker einen kühnen Hinterhalt…

Padmé und Jar Jar geraten auf der Suche nach dem Labor der Separatisten, in dem eine gefährliche Biowaffe hergestellt wird, in Gefangenschaft. Anakin, Obi-Wan und Ahsoka brechen sogleich auf, um ihre Freunde zu retten, und die Verbreitung eines tödlichen Virus’ zu stoppen. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt…

Den Jedi und ihren tapferen Klonsoldaten ist es gelungen, eine hinterlistige Separatistenverschwörung zu zerschlagen, deren Ziel es war, Bomben mit dem tödlichen blauen Schattenvirus in wichtigen Systemen der Republik zur Explosion zu bringen. Wenig später können Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker den wahnsinnigen Wissenschaftler festnehmen, der hinter dem schändlichen Plan steckt: Dr. Nuvo Vindi. Vindi soll nun in der Hauptstadt der Republik vor Gericht gestellt werden…

Ahsoka missachtet weiterhin Anakins Befehle. Die Folge ist, dass sie dadurch den Großteil ihres Geschwaders verliert. Anakin will seiner Schülerin daraufhin helfen und ihr die Bedeutung von Disziplin erklären, um ihr so eine Möglichkeit zu bieten, ihren fatalen Fehler zu beheben…

Obi-Wan dringt gemeinsam mit einer kleinen Truppe von Klonen in eine besetzte Stadt ein, um eine mächtige Waffe der Separatisten auszuschalten. Dabei stellen sie fest, dass die Einwohner als lebende Schutzschilder eingesetzt werden sollen…

Mace Windu, dessen Streitkräfte zu schwach sind, muss den Twi’lek-Freiheitskämpfer Cham Syndulla davon überzeugen, ihm dabei behilflich zu sein, die Hauptstadt vor der Zerstörung durch die Droiden zu retten…

Um den brutalen Verbrecherkönig Ziro der Hutte zu befreien, überfallen Kopfgeldjäger das Senatsgebäude auf Coruscant und bringen einige Geiseln in ihre Gewalt. Sie wissen jedoch nicht, dass sich der Jedi-Ritter Anakin Skywalker noch immer im Gebäude befindet…