Le maître Jedi Yoda et trois clones troopers Jjeck, Thire et Rys doivent faire face à l'apprentie du comte Dooku, Ventress et sa massive armée de droïdes afin de prouver que les Jedi sont assez forts pour protéger une planète stratégique et ainsi signer un traité pour la République.

Une attaque menée par une nouvelle arme Séparatiste oblige le maître Jedi Plo Koon et ses clones troopers à lutter pour leur survie jusqu'à ce qu'Anakin et Ahsoka puissent les trouver.

Avec l'aide de sa padawan Ahsoka et du maître Jedi Plo Koon, Anakin utilise un escadron de bombardiers Y-wing pour mener une attaque contre le vaisseau de guerre du général Grievous, le Malveillant, et son canon destructeur.

Padmé Amidala et C-3PO sont pris en otage par le général Grievous, laissant Anakin et Obi-Wan contraints d'aller secourir la sénatrice et ainsi compléter la destruction du Malveillant.

Seuls sur un arrière-poste éloigné, les officiers Rex et Cody doivent pousser de nouvelles recrues à croire en elles-mêmes pour mettre un terme à une invasion d'un commando droïdes.

R2-D2 est perdu durant une féroce bataille spatiale et Anakin doit le retrouver avant que les Séparatistes découvrent les secrets militaires de la République contenus dans sa mémoire de données.

Anakin, Ahsoka et le droïde de remplacement R3-S6 effectuent une double mission de secours/sabotage lorsqu'ils découvrent que R2-D2 est détenu dans un centre de communications secret du général Grievous.

Après avoir remis Nute Gunray au capitaine Argyus, Luminara Unduli et Ahsoka Tano doivent contrecarrer un embarquement Séparatiste, mené par Asajj Ventress.

Kit Fisto et Nahdar Vebb, pourchassant Nute Gunray, entrent dans le repaire du général Grievous sur la lune de Vassek.

Alors qu'ils essayaient de kidnapper le comte Dooku, Anakin et Obi-Wan découvrent que le seigneur Sith a déjà été capturé par des pirates.

Alors qu'ils négocient la rançon du comte Dooku, Anakin et Obi-Wan sont fait prisonniers. Les Jedi et le Sith forment une alliance improbable, tous trois voulant s'échapper, et avec Jar Jar Binks comme seul espoir...

Alors qu'Anakin est gravement blessé dans une bataille, la général Jedi Aayla Secura doit apprendre à Ahsoka la philosophie Jedi consistant à ne pas avoir d'attachement personnel, alors qu'ils bravent une planète hostile à la recherche d'aide médicale pour le chevalier Jedi...

Alors que les Jedi combattent une nouvelle arme Séparatiste, les pacifistes Lurmen décident s'ils doivent se soumettre aux Séparatistes ou combattre avec Anakin, Ahsoka et Aayla Secura...

Sur la planète gelée d'Orto Plutonia, la République a perdu tout contact avec l'avant-poste clone. Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi sont envoyés sur place avec des représentants de la lune de Pantora.

Anakin et Obi-Wan découvrent la preuve qu'un traître se trouve dans leurs rangs alors qu'ils essayent de mener les forces de la République pour libérer la planète Christophsis du siège Séparatiste. Le commandant Cody et le capitaine Rex mènent l'enquête...

Padmé et Jar Jar sont capturés alors qu'ils cherchent un laboratoire d'armes biologiques Séparatiste, obligeant Anakin, Obi-Wan et Ahsoka à essayer de libérer leurs amis et stopper la propagation d'un virus mortel...

Le virus mortel de l'ombre bleue s'est répandu, infectant Ahsoka, Padmé et de nombreux clones, ne laissant que 48 heures à Anakin et Obi-Wan pour trouver un antidote sur une mystérieuse planète dont personne n'est jamais revenu...

Ahsoka désobéit aux ordres d'Anakin et perd une grande partie de son escadron, incitant Anakin à donner une leçon à sa padawan sur le respect de l'autorité, et une opportunité de rédemption..

Dans le but de saboter une puissante arme Séparatiste, Obi-Wan et une petite équipe de clones entrent dans une ville occupée et découvrent que ses habitants sont utilisés comme boucliers humains...

Alors que ses forces diminuent, Mace Windu doit convaincre le combattant de la liberté Twi'lek, Cham Syndulla , de l'aider à sauver la capitale de la destruction par les droïdes...

Dans le but de libérer le seigneur du crime Ziro le Hutt, des chasseurs de primes prennent le contrôle du Sénat et font des otages, sans qu'ils ne sachent que le chevalier Jedi Anakin Skywalker est toujours à l'intérieur...