A Jedi mester, Yoda három klón katona társaságában kénytelen szembenézni Dooku rettegett bérgyilkosával, Ventressel, és hatalmas droidhadseregével. Most bebizonyíthatják, hogy a Jedik elég erősek ahhoz, hogy megvédjenek egy stratégiailag fontos bolygót, és megállapodást harcoljanak ki a Köztársaság számára!

A Szeparatisták elsöprő erejű támadása után Plo Koon Jedi mester és klón katonái az életbenmaradásért küzdenek, arra várva, hogy Anakin és Ashoka rájuk találjanak.

Tanítványa, Ahsoka és Plo Koon jedi mester segítségével Anakin új, nagy hatótávolságú Y-szárnyú vadászgépeket vet be, hogy merész támadást intézzen Grievous tábornok csatahajója, a Rosszakarat, és annak pusztító fegyvere ellen.

Padmé Amidala és C-3PO Grievous tábornok fogságába esik, és így Anakin és Obi-Wan feladata, hogy a szenátort megmentse, és végleg elpusztítsa a Rosszakaratot.

Egy távoli helyőrségen magára hagyva a két klón parancsnok, Rex és Cody feladata, hogy lelket öntsön újoncokból álló csapatába a droid kommandó inváziójának visszaveréséhez.

Anakin, Ahsoka és R3, a cseredroid kettős mentő- és szabotázsakcióra indul, amikor felfedezik, hogy R2-D2 fogságba esett Grievous tábornok titkos lehallgató-állomásán.

Jar Jar Binks jedi lovag lenne? A szeparatisták legalábbis így hiszik, amikor a komikusan hősies gungan és C-3PO a gonosz Nute Gunray helytartó fogságába esett Padmé Amidala megmentéséért küzd.

Ahsoka és a jedi mester, Luminara, a foglyul ejtett Nute Gunray helytartót tárgyalásra kísérik, és nem sejtik, hogy Dooku gróf már utánuk küldte veszedelmes tanítványát, Asajj Ventresst, hogy szabadítsa ki a rabot és végezzen a jedikkel.

Grievous tábornoknak bizonyítania kell, hogy méltó a szeparatistákhoz, amikor Dooku gróf elvezeti Kit Fisto jedi mestert és korábbi tanítványát, a Mon Calamari jedi Nahdar Vebbet Grievous gyalázatos enklávéjához.

Embervadászat! Hosszú és veszélyes kutatás után a jediknek sikerül megtalálniuk Dooku grófot. A gróf elfogására tett kísérlet közben Anakin Skywalkernek nyoma vész! Miután megszakad vele a kapcsolat, Obi-Wan Kenobi barátja utolsó ismert tartózkodási helyére, a Peremvidék egy távoli zugában maradt szeparatista hajóhoz utazik. Közben a gróf valóban fogságba kerül ... csak éppen nem a köztársaságiakéba.

Túszul eljtették Dookut! A gaztetteiről ismert grófot, miután megszökött Anakin és Obi-Wan Kenobi elől, foglyul ejtette a mindenre elszánt Hondo Ohnaka űrkalóz-kapitány bandája. A Köztársaság, hogy megszerezze a Sith Nagyurat, beleegyezett a nagy összegű váltságdíj kifizetésébe, ám se Anakin, se Obi-Wan nem számolt Ohnaka újabb alattomos tervével.

A köztársasági flottát erős nyomás alatt tartják a szeparatisták. Heves harcok dúlnak a fontosabb peremvidéki területeken. A köztársasági hajók hősiesen igyekeznek helytállni a létszámfölényben lévő szeparatista sereggel szemben. A Quell rendszer egy távoli zugában Anakin Skywalker és padawanja, Ahsoka segélyhívást kap egy másik Jedi-lovagtól, Aayla Securától, aki a puszta életéért küzd a szeparatisták kegyetlen droidseregével szemben.

Visszavonulnak a köztársasági erők! A nehéz helyzetbe került Aayla Secura oldalán küzdve, Anakin Skywalker súlyosan megsebesül. Hőseink a csatából menekülve kényszerleszállást hajtanak végre a Maridun bolygón. Mivel a köztársasági erőkkel nincs kapcsolatuk, a jedik békés Lurmen telepesektől kérnek segítséget. A háború azonban úgy tűnik ezen a távoli bolygón is utoléri őket.

Megtámadtak egy köztársasági őrállomást! A jedik elvesztették a kapcsolatot a sivár, hó borította Orto Putonia bolygón létesített klónbázissal. Obi-Wan Kenobi és Anakin Skywalker, a közeli Pantora hold két vezetője kíséretében a bolygóra indulnak, hogy kivizsgálják, milyen sorsra jutottak a klónkatonák a távoli, kietlen bolygón.

Egy bolygó ostrom alatt áll! A szeparatista erők kíméletlenül pusztítják a Christophsis városait. A bolygó népe nem tudja visszaverni a támadást, szorult helyzetükben a jediktől kérnek segítséget. Obi-Wan Kenobi mester és Anakin Skywalker, hogy elejét vegyék a további pusztításnak, olyan akcióra készülnek, ami fordulatot hozhat a fontos csillagrendszerért vívott harcban.

Rohamdroidok járnak a Naboon! A szeparatista lázadás végigsöpör a galaxison, s a fenyegetés a békés bolygókat is eléri. Miután kiderül, hogy szeparatista droidok járják a Naboo füves pusztáit, a vezetés felkészül a legrosszabbra. A hazájukat fenyegető inváziótól tartva Amidala szenátor és Binks képviselő a Naboora sietnek, hogy felmérjék a helyzetet. Ezalatt a gunganek mocsarainak vidékén van egy másik, még fenyegetőbb veszély üti fel a fejét.

A jedik és klónkatonáik meghiúsították a szeparatistáknak azt a tervét, hogy a Köztársaság rendszereiben elterjesszék a halálos Kék vírust. Obi-Wan Kenobi és Anakin Skywalker elfogták a vírust kifejlesztő álnok tudóst, Nuvo Vindi doktort. A fogolynak a coruscanti bíróságon kell majd felelnie tetteiért.

Invázió a Rylothon! A szeparatista blokád alá vett bolygón a lakosságot nélkülözés és a droidok brutális elnyomása sújtja. Wat Tambor, a gonosz szeparatista vezér drákói szigorral uralkodik. A szenátus utasításait követve a köztársasági hadsereg támadást indít Ryloth felszabadítására. Anakin Skywalker és Ahsoka feladata utat nyitni az űrben Obi-Wan szárazföldi egységei számára.

Invázió! Wat Tambor szeparatista hadvezér elfoglalta a Ryloth bolygót, és a lakosságot brutális elnyomásnak vetette alá. Egy vakmerő támadás során Anakin Skywalker Jedi-lovag és padawanja, Ahsoka Tano áttörte a Ryloth fölötti űrblokádot. Mace Windu és Obi-Wan Kenobi Jedi tárbornokok megkezdik offenzívájukat az éhező rylothiak felszabadítására.

Küszöbön áll a győzelem! A klóncsapatok a Jedik vezetése alatt megvetik a lábukat a szeparatisták elfoglalta Ryloth bolygón. Anakin Skywalker űrcsatákat vív az ellenséggel, míg Obi-Wan Kenobi sorban szabadítja fel a falvakat a gonosz Wat Tambor vezér uralma alól. Mace Windu Jedi-tábornok most elindítja a hadművelet utolsó támadását a főváros, Lessu felszabadítására.

Fenyegető veszély! A peremvidéken vereséget szenvedett gonoszok most a köztársaság szívét támadják. Egy Cad Bane nevű fejvadász a galaxis legádázabb bűnözőivel szövetkezve vakmerő tervet eszelt ki a Szenátus tagjainak túszul ejtésére. Milyen célt szolgálhat ádáz akciójuk?