W Galaktyce podzielonej przez wojnę, światy pragnące pokoju muszą poprzeć którąś ze stron, by oddalić groźbę inwazji. Separatyści i siły Republiki starają się pozyskać dla swojej sprawy neutralne planety. Mistrz Yoda spieszy z tajną misją na jeden z neutralnych księżyców w systemie Toydaria. Stawką jest budowa bazy zaopatrzenia dla sił Republiki.

Gwiezdna flota klonów otoczona. Dziesiątki krążowników Republiki uległy zniszczeniu w zasadzkach, w których nikt nie uszedł z życiem. Krążą wieści o nowej, strasznej broni Separatystów. W obliczu rosnącego zagrożenia Rada Jedi wysyła Mistrza Plo Koona, by wytropił zagrożenie zanim przyjdzie przyjąć kolejny atak.

Śmiercionośna broń nadciąga. Niepowstrzymany krążownik Separatystów - Malevolance przemierza przestrzenie Republiki niszcząc każdy statek na swej drodze. Po śmiałej akcji ratunkowej i szczęśliwej ucieczce Anakin Skywalker przygotowuje kontratak na statek wroga i jego diabolicznego przywódcy droidów - Generała Grievousa.

Mobilizacja wojsk klonów. Na Zewnętrznych Rubieżach Galaktyki, chronionych przez nielicznych Jedi narastają konflikty. Z powodu stałego zapotrzebowania na żołnierzy generałowie Jedi podjęli decyzję o przyspieszeniu klonowania. Wiele młodych klonów wyrusza do boju nieukończywszy nawet szkolenia. To oni, obsługując sieć stacji zwiadowczych, stanowią bardzo słabą zaporę pomiędzy Republiką a jej wrogami.

Po serii dotkliwych porażek z siłami Generała Grievousa bazy wypadowe Republiki są zagrożone. Tylko Anakin Skywalker i jego oddział z rozkazem obrony ważnego punktu strategicznego Bothawui stoją na drodze armii droidów.

Zaginiony w akcji! R2-D2 - droid nawigacyjny Anakina Skywalkera zaginął w czasie bitwy. Gdy gorączkowe poszukiwania nie przynoszą rezultatu, Anakin zmuszony jest przyjąć nowego nawigatora - R3-S6. Teraz Jedi szykują się do nowej misji znalezienia tajnego posterunku nasłuchowego wroga. Tymczasem R2-D2 wpadł w ręce nikczemnego przemytnika droidów i jest w drodze do Generała Grievousa, który podstępnie chce go wybawić z tajników Republiki.

Wojna Klonów zagraża jedności Republiki. Przez galaktykę przetacza się bitwa za bitwą, a coraz więcej światów daje się uwieść Separatystom i opuszcza Republikę. Senator Padme Amidala wyrusza z misją pokojową do położonego na Zewnętrznych Rubieżach świata Rodii, chcąc upewnić się że pozostanie on wierny Republice.

Wicekról Gunray pojmany. Senator Padme Amidala odnosi zwycięstwo nad Sojuszem Separatystów w odległym systemie Rodia. Biorąc do niewoli diabolicznego przywódcę konfederatów Nute'a Gunraya. Rada Jedi wyznaczyła mistrzynię Luminarę Unduli i padawana Anakina Skywalkera - Ahsokę do specjalnej eskorty wicekróla na Coruscant. Tam, podczas procesu, odpowie za swoje zbrodnie wojenne.

Wicekról Gunray ucieka. W drodze na Coruscant, gdzie miał odpowiedzieć za swoje zbrodnie, przywódca Separatystów - Nute Gunray, wymyka się eskorcie Jedi. Z pomocą popleczników Hrabiego Dooku nikczemnemu wicekrólowi udaje się zbiec. Uprzedzony o śmiałej ucieczce mistrz Jedi - Kit Fisto namierzył skradziony statek w odległym systemie, licząc na pojmanie Gunraya i postawienie go przed sądem.

Podczas własnej próby porwania hrabiego Dooku, Anakin i Obi-Wan odkrywają, że Lord Sithów został już schwytany przez piratów. Hondo Ohnaka i jego banda piratów trzymają Dooku w niewoli w swojej jaskini na Florrum i przetrzymują go dla okupu. Od Anakina i Obi-Wana zależy, czy oferta jest zbyt piękna, aby była prawdziwa.

Anakin i Obi-Wan zostali oszukani i są przetrzymywani dla okupu wraz z hrabią Dooku przez wodza piratów Hondo Ohnakę i jego zastępcę, Turka Falso. Podczas gdy Anakin, Obi-Wan i Dooku bezskutecznie próbują uciec, Republika wysyła okup przez specjalnego wysłannika, w tym przedstawiciela Jar Jar Binksa. Kiedy Falso próbuje ukraść okup od swojego szefa, zestrzeliwując wahadłowiec, jedynymi ocalałymi jest oddział klonów i Jar Jar, który jako najwyższy z żyjących oficerów musi przejąć misję. Staje się wyścigiem z czasem, gdy Jar Jar pędzi, by dostarczyć okup, by przejąć opiekę nad Dooku i uratować Jedi.

Anakin i Ahsoka przybywają do podniebnej bitwy, aby pomóc oblężonej generał Jedi Aayli Secura. Anakin zostaje ciężko ranny w walce. Aayla i Ahsoka wraz z rannym Anakinem, Rexem i ocalałymi klonami lądują na niezbadanej, porośniętej trawą planecie Maridun. Zmuszona do opuszczenia Anakina, aby go uratować, Aayla uczy Ahsokę, dlaczego Jedi nie mają osobistych przywiązań. Udają się do wioski Lurmen. Ich władca, Tee Watt Kaa, wyjaśnia, że ​​są pacyfistami w tej wojnie i nie są sprzymierzeni z żadną ze stron. Niepewny, czy mieć coś wspólnego z Jedi, Tee Watt Kaa zgadza się pomóc uratować życie Anakina.

Przywódca Lurmenów, Tee Watt Kaa, odmawia schronienia Jedi przed przybyciem sił Separatystów, obawiając się, że taka akcja niepotrzebnie wciągnie jego neutralnych ludzi do wojny. Ahsoka, Aayla, ranny Anakin i reszta klonów szanują ich życzenia, ponieważ nie chcą narażać wioski swoją obecnością, więc muszą wycofać się w dzikie tereny planety. Separatystyczny generał Neimoidian Lok Durd przybywa, aby przetestować niszczycielską broń, której planują użyć na Lurmenach! Ostatecznie mieszkańcy wioski muszą zdecydować, czy poddadzą się Separatystom, czy będą walczyć z Jedi w obronie swojej wioski.

Przybywając na opustoszały lodowy świat Orto Plutonia, Anakin Skywalker i Obi-Wan Kenobi badają zniknięcie sklonowanych sił bezpieczeństwa stacjonujących na odległym posterunku. Jedi, w towarzystwie senatora Riyo Chuchi i przewodniczącego Cho z pobliskiego księżyca Pantora, wkrótce odkrywają, że ich żołnierze-klony zostali zaatakowani przez plemię futrzastych tubylców znane jako Talz. Zaciekli wojownicy jeżdżący na bestiach, Talz są bardzo terytorialni i chcą tylko zostać sami. Jedi udaje się wynegocjować pokój z wodzem Talz, Thi-Senem, gdy chciwy Przewodniczący Cho łamie go, twierdząc, że planeta i Talz są pod jego władzą. Wynikający z tego konflikt przeradza się w wojnę między klonami pod dowództwem senatora a Talzem, z Jedi pośrodku.

Anakin Skywalker i Obi-Wan Kenobi dowodzą siłami Republiki, próbując pokonać armie droidów i uwolnić planetę Christophsis z oblężenia Separatystów. Kiedy Republika wpada w zasadzkę i zostaje zmuszona do odwrotu, staje się jasne, że ktoś pośród nich zaatakował ich. Jedi wierzą, że ta infiltracja jest operacją wspieraną przez Sithów i udają się za linie wroga, aby zbadać sprawę. Tymczasem kapitan Rex i komandor Cody wyruszają, by odkryć wśród nich zdrajcę.

Republika odkrywa laboratorium broni biologicznej Separatystów ukryte na planecie Naboo. Zamiast czekać na pomoc, Padmé; bada laboratorium z Jar Jarem. Anakin, Ahsoka, Rex i Obi-Wan przybywają i podążają za nią. Odkrywają, że senator jest przetrzymywany w niewoli przez złowrogiego dr Nuvo Vindi. Szalony naukowiec pracuje nad śmiercionośnym wirusem dla Separatystów. Vindi grozi, że zdetonuje bombę i uwolni wirusa!

Mimo że laboratorium zostało zamknięte, dr Vindi udaje się aktywować przerażającego wirusa Blue Shadow, zarażając Ahsokę, Padmé i wielu żołnierzy-klonów. Plaga jest śmiertelna w ciągu 48 godzin. Anakin i Obi-Wan muszą udać się na tajemniczą planetę Iego, aby zdobyć jedyne znane antidotum na chorobę. Anakin i Obi-Wan przybywają na tajemniczą planetę, aby odkryć, że jej populacja żyje w strachu przed tajemniczą siłą, która zabija wszystko, co próbuje opuścić ich świat. Z pomocą Jaybo Hooda, sprytnego chłopca z Iegoana, Anakin i Obi-Wan muszą rozwiązać tajemnicę planety, zanim będą mogli odejść i zanim zginą wszyscy zarażeni wirusem Separatystów!

Ryloth, ojczysty świat ludu Twi'lek, został poddany okupacji wojskowej przez armię droidów Separatystów i otoczony blokadą pancerników Federacji Handlowej. Podczas niespodziewanego ataku na blokadę Ahsoka sprzeciwia się rozkazom Anakina i traci większość swojej eskadry. Mimo tego, że ta porażka wstrząsa nią emocjonalnie, Anakin pomaga jej nauczyć się wytrwać, stawiając ją na czele kolejnego ryzykownego ataku.

Po zniszczeniu blokady kosmicznej wokół Ryloth, Obi-Wan Kenobi musi poprowadzić małą grupę klonów do miasta okupowanego przez droidów, aby sabotować ich działa przeciwlotnicze. Misja Obi-Wana komplikuje się, gdy dowiaduje się, że mieszkańcy miasta są wykorzystywani jako żywe tarcze. Para klonów w jego plutonie nawiązuje niezwykłą przyjaźń z uchodźczynią z Twi'leków, Numą, osieroconą przez wojnę. Dzięki ich relacjom z nią klony zaczynają rozumieć prawdziwe koszty wojny...

Bitwa o Ryloth, ojczyznę Twi'leków, szaleje, gdy Republika próbuje odeprzeć okupującą armię droidów dowodzoną przez przywódcę separatystów, Wat Tambor. Mając rozciągnięte siły, Mace Windu musi przekonać bojownika o wolność Twi'leków, Chama Syndullę, by pomógł mu ocalić stolicę przed zniszczeniem przez droidy. Początkowo bohater Twi'leków waha się, czy pomóc Mace'owi, ale ostatecznie zdaje sobie sprawę, że Jedi można zaufać i dołącza do niego, aby wyzwolić miasto - a ostatecznie planetę - w kulminacyjnej bitwie.

Chcąc wymusić uwolnienie zbrodniarza Ziro Hutta z więzienia, łowcy nagród przejmują kontrolę nad budynkiem Senatu i przetrzymują członków Senatu jako zakładników. Cad Bane, przywódca operacji, z pomocą łowczyni nagród Aurry Sing, kieruje swoje żądania do kanclerza Palpatine'a, który nie ma innego wyjścia, jak tylko spełnić jego prośbę. Bez wiedzy myśliwych Rycerz Jedi Anakin Skywalker przebywa na wolności w budynku Senatu.