Jedi meester Yoda en drie clone troopers nemen het op tegen Asajj Ventress en haar droid leger, om te bewijzen dat de Jedi sterk genoeg zijn om een strategische planeet te beschermen.

Na een aanval van een Separatistisch superwapen, moeten Jedi-meester Plo Koon en zijn clone troopers in leven blijven, totdat Anakin en Ahsoka hen kunnen vinden.

Met hulp van zijn padawan Ahsoka en Jedi-meester Plo Koon gebruikt Anakin de nieuwe Y-Wing bommenwerpers om het slagschip van generaal Grievous, de Malvesie, en zijn superwapen aan te vallen.

Wanneer een invasie plaatsvindt op een verlaten buitenpost, moeten clone officieren Rex en Cody hun onervaren eenheid overtuigen om in zichzelf te geloven.

R2-D2 raakt vermist tijdens een gevecht en Anakin moet hem vinden voor de Separatisten de geheimen van de Jedi academie vinden die in hem liggen opgeslagen.

Anakin, Ahsoka en R3, vertrekken op een reddings-en sabotagemissie, als ze ontdekken dar R2-D2 gevangen is in een geheime luisterpost van generaal Grievous.

Jar Jar Binks is een Jedi knight? Dat denken de Separatisten wanneer de komisch heroïsche Gungan en C-3PO, Padmé uit de klauwen proberen te houden van de slechte Nute Gunray.

Ahsoka en Jedi meester Luminara escorteren de gevangen Nute Gunray naar de rechtbank. Count Dooku heeft zijn dodelijke sluipmoordenaar echter op hen afgestuurd om hen uit te schakelen.

Generaal Grievous moet zichzelf bewijzen aan de Separatisten wanneer Count Dooku de Jedi meester Kit Fisto en zijn voormalige padawan, de Mon Calamari Nahdar Vebb, naar zijn schuilplaats stuurt.

Tijdens hun poging Count Dooku te ontvoeren, ontdekken Anakin en Obi-Wan dat de Sith Lord al ontvoerd is door piraten.

Terwijl ze Count Dooku's losgeld aan het onderhandelen zijn, worden Anakin en Obi-Wan gevangen genomen. De Jedi en de Sith vormen een ongewoon verbond om te ontsnappen.

Wanneer Anakin dodelijk gewond raakt, moet Jedi-generaal Aayla Secura Ahsoka een oude Jedi filosofie aanleren, terwijl zij een ongastvrije planeet trotseren op zoek naar medische hulp.

Wanneer de Jedi een nieuw Separatistisch wapen bestrijden, moeten de pacifistische Lurmen besluiten of ze moeten buigen voor de Separatisten of de zijde van Anakin en Ahsoka moeten kiezen.

Tijdens hun onderzoek naar de verdwijning van een clone eenheid, raken Anakin en Obi-Wan verwikkeld in een strijd tussen de inwoners van een ijsplaneet en de hebzuchtige vertegenwoordigers van een nabije maan.

Anakin en Obi-Wan ontdekken bewijs van een verrader in hun midden, terwijl ze Republikeinse strijdkrachten aanvoeren in de bevrijding van Christophsis.

Padmé en Jar jar worden gevangen tijdens hun zoektocht naar een lab met biologische wapens, wat Anakin, Obi-Wan en Ahsoka aanspoort hen te redden en een biologische aanval tegen te houden.

Het dodelijke Blauwe Schaduw virus wordt losgelaten, en infecteert Ahsoka, Padmé en vele clone troopers. Anakin en Obi-Wan moeten het tegengif vinden op een planeet waar nog nooit iemand van is teruggekeerd.

Ahsoka negeert Anakin's orders en verliest bijna haar hele haar eenheid, waarna Anakin zijn Padawan een les leert over respect voor autoriteit en de kans op verlossing.

Om een Separatistisch wapen te saboteren, dringen Obi-Wan en een clone eenheid een toren binnen en ontdekken dat zijn bewoners als levend schild gebruikt worden.

Mace Windu moet de Twi'lek vrijheidsstrijder Cham Syndulla zien te overtuigen hem te helpen om de hoofdstad te redden van de totale vernietiging.

Om misdaadbaas Ziro de Hutt te redden, bezetten premiejagers het Senaatsgebouw en nemen zij gijzelaars, niet wetende dat Jedi knight Anakin Skywalker nog in het gebouw is.