위대한 지도자는 사람들을 위대한 길로 이끈다

요다가 토이다리아의 카툰코 왕과 공화국 가입 논의를 위한 협상을 벌이러 가는 동안 아사즈 벤트리스와 분리주의자 군대의 공격을 받는다.

믿음은 선택이 아닌 신념이다

분리주의자들은 새로운 비밀병기인 함선 맬러볼런스를 개발하였고, 이를 알아낸 플로 쿤은 곧장 군대를 이끌고 추격에 나서지만 이내 격파당한다. 연락이 끊기자 아나킨과 아소카가 이들을 찾아나선다.

겸손한 자의 여유가 지혜를 불러온다

아소카와 플로 쿤의 도움으로 아나킨은 맬러볼런스 호에 장착된 이온캐논을 박살내고 배를 반파시킨다.

계획은 통찰력을 가진 사람만이 세울 수 있다

반파된 맬러볼런스 호가 공화국에 쫓기는 동안, 두쿠 백작과 그리버스 장군은 함정을 꾸며 공화국의 손아귀에서 벗어나고자 한다.

최고의 자신감은 경험에서 나온다

카미노로 가는 길목에 위치한 리쉬 전초기지에 있던 신병들로 이뤄진 도미노 스쿼드는 어느날 분리주의군의 공격을 받고, 이들은 때마침 도착한 렉스, 코디와 함께 공화국 본대에 위험을 알리기 위해 분투한다.

친구들을 믿어라, 그러면 친구들도 당신을 믿을 것이다

아나킨은 작전중 R2를 잃어버리게 되고, 아나킨과 아소카는 R3-R6를 데리고 공화국의 중요한 데이터가 담긴 R2를 찾아 나선다.

재지 말고 따뜻한 가슴으로 친구를 감싸 안아라

아나킨과 아소카는 R2의 기지로 그리버스의 감청시설에서 R2 를 찾아내게 되고, 이에 감청시설의 파괴와 함께 R2를 되찾기 위한 작전에 나선다.

시대가 영웅을 만든다

파드메는 자자 빙크스와 C-3PO 를 데리고 로디아의 오노 의원을 찾아가 협상을 벌이지만, 이는 이미 로디아를 장악한 분리주의 군의 함정이었다. 파드메가 잡히자 자자 빙크스는 파드메를 구하기 위한 코믹한 작전에 돌입한다.

직감을 무시하는건 위험을 무릅쓰는 일이다

로디아에서 생포한 누트 건레이 무역연합 총독을 은하계 법정으로 끌고가기 위해 아소카와 루미나라 언들리, 그리고 공화국 의회 특공대가 투입되었다. 하지만, 이들의 함선으로 분리주의자들이 공격해 오면서 상황은 급박하게 돌아가기 시작한다.

자신의 힘을 제어하는 자가 가장 강한 사람이다

도망친 건레이의 추적신호가 발신되는 곳으로 킷 피스토와 그의 옛 제자 나다르 베브가 출동하였으나, 그곳에는 그리버스를 죽이기 위한 함정을 파놓은 두쿠 백작의 홀로그램만이 존재할 뿐이었다.

평화로 가는 길은 아무리 험난해도 도전할 가치가 있다

아나킨과 오비완은 두쿠 백작을 생포하기 위해 잠입하고, 홀로 도망친 두쿠는 외딴 행성에 추락해 그곳에 착륙해 있던 해적들에게 붙잡히게 된다.

제대로 지는 것이 억지로 이기는것 보다 낫다

아나킨과 오비완 역시 해적들에게 배신당한 채 붙잡히게 되고, 두쿠와 두 제다이는 해적들의 손에서 탈출하기 위해 발버둥친다. 공화국 역시 자자를 보내 제다이 구출에 나선다.

탐욕과 패배에 대한 두려움은 악의 나무로 자라나는 뿌리가 된다

아일라 세큐라와 아소카, 렉스, 그리고 아나킨은 작전중 하이퍼드라이브 고장으로 외딴 행성 마리둔에 불시착하게 되고, 아일라와 아소카는 이 과정에서 부상한 아나킨을 위해 중립지역으로 약을 구하러 간다.

전쟁중에 중립이란 있을 수 없다

드로이드 군대가 신무기를 테스트 하여 행성을 불바다로 만드려고 내려온 곳은... 바로 아나킨과 에일라가 머물던 그 마을이었다.

교민은 지혜를 좀먹는다

아나킨과 오비완은 연락이 끊긴 올토 플루토니아의 공화국 전초기지를 조사하다 원주민의 공격 흔적을 발견하게 되고, 그들은 이들을 찾아 나선다.

진실이 가르쳐 주는 것은 많다. 하지만 항상 즐거운 것은 아니다

크리스톱시스에서의 전세 반전을 노리는 공화국군이 특별 작전을 펼치지만, 분리주의군에 의해 격파당하게 된다. 이 사건을 조사하던중, 이 사태의 뒤에는 아사즈 벤트리스와 그의 사주를 받은 배신자 클론이 있다는 것을 밝혀내고 이들을 추격하기 시작한다.

희망만이 두려움을 물리칠 수 있다

나부 행성의 동물들이 자꾸 죽어나가자 나부 여왕은 제다이 평의회에 진상 조사를 요청하게 되고, 그 결과 누보 빈디 박사가 지하에서 '블루 섀도 바이러스' 를 만들고 있다는 사실을 알아낸다.

단 한번의 기회에 모든 것을 건다

누보 빈디 박사는 생포하였으나 블루 섀도 바이러스가 지하 실험실 안으로 퍼지게 된다. 이를 막기 위해 아소카와 파드메, 그리고 렉스가 실험실 안에서 분투하고, 오비완과 아나킨은 급히 해독제를 찾으러 이에고 행성을 찾는다.

위대한 경지에 도달하는 것은 험난한 여정이다

라일로스가 분리주의자의 손아귀에 들어가자, 아나킨과 아소카가 라일로스 공중 봉쇄를 풀기위해 출격한다.

전쟁으로 인한 손실은 헤아리는 것이 불가능하다

공중 봉쇄를 뚫는데 성공한 공화국 군은 오비완의 지휘로 행성 남반구 나밧 시에 갖힌 트웰렉 포로들을 풀어주고 공화국 전초기지 확보를 위한 작전에 돌입한다.

비밀을 나누면 믿음이 두터워진다

바운티 헌터인 케드 베인과 그의 일당은 지로 더 헛을 석방시키기 위해 의회 건물과 의원들을 장악하여 위험한 게임을 벌인다.