Samtidigt som konungen över planetsystemet Toydaria och Yoda förhandlar om ett nytt fördrag, så anfaller Asajj Ventress och droid armén.

Anakin och Ashoka måste rädda Jedi-mästeraren PLO Koon och hans klontrupper efter att separatismarmén använder deras nya förödande vapen.

Anakin använder den nya Y-vingen för att leda en attack på General Grievous krigsskepp.

Padme Amidala och C-3PO har tagits som gisslan av General Grievous.

Ensam på en avlägsen utpost, klon officerare Rex och Cody måste inspirera sina nybörjare att tro på sig själva för att avvärja en Droid Commando invasion.

R2-D2 försvinner i en tuff rymdstrid och Anakin måste hitta honom innan Separatisterna upptäcker de hemliga militärplanerna som finns lagrade i hans minne.

Anakin, Ahsoka och ersättningsdroiden R3-S6 ger sig iväg på ett dubbelt räddnings/sabotage-uppdrag när de upptäcker att R2-D2 hålls fången vid General Grievous hemliga avlyssningsutpost.

Är Jar Jar Binks en jediriddare? Det tror i alla fall Separatisterna när den ofrivilligt komiske men heroiske gunganen och C-3PO slåss för att rädda Padmé Amidala från döden i händerna på den onde Nute Gunray.

Ahsoka och jedimästare Luminara unduli eskorterar den tillfångatagne Nute Gunray till sin rättegång, ovetandes att Dooku har skickat sin lärling/lönnmördare Asajj Ventress för att frita Gunray och eliminera jediriddarna.

General Grievous måste visa sig värdig Separatist när Dooku lurar jedimästare Kit Fisto och hans gamle lärling, Nahdar Vebb till Grievous skurkaktiga tillhåll.

Under deras försök att ta Dooku som gisslan, upptäcker Anakin och Obi-Wan att sithlorden redan blivit tillfångatagen av rymdpirater.

Samtidigt som de förhandlar om Dookus lösesumma, blir Anakin och Obi-Wan tillfångatagna. Jediriddarna och sithlorden formar en ovanlig allians för att kunna fly från piraterna, med Jar Jar Binks som deras enda hopp att lyckas.

När Anakin blir allvarligt skadad i en strid, måste jedigeneral Aayla Secura lära Ahsoka jedifilosofin att inte hysa personliga känslor - medan de nödlandar på en fientlig planet sökandes efter läkarhjälp åt Anakin.

Medan de slåss mot ett nytt Separatistvapen, måste det pacifistiska Lurmenfolket bestämma sig om de ska huka sig för Separatisterna eller slåss mot dem tillsammans med Anakin, Ahsoka och Aayla Secura.

Samtidigt som de undersöker en säkerhetsstyrkas försvinnande, hamnar Anakin och Obi-Wan mitt i en eskalerande konflikt mellan de lurviga invånarna på en isplanet och de giriga representanterna från en närbelägen måne.

Padmé och Jar Jar tillfånga tas när de söker efter ett hemligt labb för tillverkning av biologiska vapen. Nu måste Anakin, Obi-Wan och Ahsoka försöka rädda deras vänner och stoppa utsläppet av det dödliga viruset.

Det dödliga "Blåa Skuggviruset" är fortfarande löst och har infekterat Ahsoka, Padmé, och flera klonsoldater. Anakin och Obi-Wan har bara 48 timmar på sig att hitta motgiftet på Iego, en mystisk planet inga besökare har återvänt från.

Ahsoka trotsar Anakins order och förlorar större delen av sin skvadron – vilket får Anakin att ge sin lärling en lektion i respekt för överordnade, samt chans till upprättelse.

För att kunna sabotera ett kraftfullt Separatistvapen, beger sig Obi-Wan och en liten styrka med klonsoldater till en ockuperad stad, där de upptäcker att invånarna används som levande sköldar.

Mace Windu måste övertyga Twi'lek frihetskämpen Cham Syndulla att hjälpa honom att rädda huvudstaden och planeten från droidernas förödelse.

För att befria skurken Ziro the Hutt, tar prisjägare över kontrollen av senatbyggnaden och tar senatorerna som gisslan, helt ovetande om att Anakin Skywalker fortfarande är kvar i byggnaden.