В результате войны Галактика раскололась на два лагеря и, под угрозой уничтожения, нейтральные расы и кланы оказываются перед неизбежным выбором одной из сторон, которые, в свою очередь, ведут непрерывное соперничество за поддержку со стороны сторонних планет. Испытывая необходимость в построении новой базы в Тойдарийской системе, Совет джедаев отправляет на переговоры генерала Йоду. Однако, пока магистр спешит на встречу, царю Катуунко поступает встречное предложение от злобного графа Дуку, который вызывает Йоду на состязание за право получить привилегии, которые сулит союз с Тойдарией.

Флот клонов оказывается в осаде, десятки тысяч республиканских кораблей были уничтожены в ходе атак, унёсших несметное количество жизней. Поползли слухи о новом ужасающем оружии сепаратистов и, обеспокоенные происходящим, члены Совета джедаев для предотвращения следующего удара оправляют на разведку магистра Пло Куна, однако без поддержки Скайуокера миссия республиканцев оказывается под угрозой. Когда флот генерала оказывается разгромлен, Энакин встаёт перед непростым решением - продолжать ли поиски оружия, или попытаться найти возможных выживших в обломках уничтоженных кораблей?

Самый опасный корабль сепаратистов, прозванный "Зловещим", беспрепятственно бороздит космические просторы Республики, уничтожая всё на своём пути, в то время как Энакин предлагает совету рискованный план контратаки на флот врага и стоящего во его главе главного дроида, генерала Гривуса. Тем временем, успешно отразив атаку республиканцев, сепаратисты выбирают следующей мишенью главную медицинскую станцию для восстановления клонов, и теперь лишь от умений и везения Энакина зависит судьба десятков тысяч республиканцев.

Не позволив Гривусу уничтожить медицинскую базу клонов, флот Скайуокера наносит серьёзные повреждения кораблю, выведя тем самым из строя оружие неприятеля. Однако призванный дать отпор всем пушкам флота Республики, "Зловещий" не уничтожен до конца, и, чтобы спасти свой главный боевой корабль от посягательства республиканцев, Дуку готовит западню, которая даст ему преимущество перед джедаями. Тем временем Амидала отправляется с миссией по поводу переговоров с одним из Кланов, не подозревая, что скоро станет наживкой в той самой ловушке.

Обострившаяся военная ситуация вокруг планет внешнего круга вынуждает джедаев рассеяться по галактике, под командованием которых на фронт поступает поток недавно созданных солдат, из-за сжатых сроков подготовки не успевших прошедших пройти полное обучение. Новобранцы отправляются на станции слежения, расположенные на краю нейтральных территорий - единственного барьера, защищающего Республиканский Союз от захватчиков. Вскоре дроиды-диверсанты захватывают одну из станций, служащую последней преградой к Камино - планете создания клонов, которую так жаждет захватить Гривус.

После серии катастрофический поражений от армии генерала Гривуса, республиканские плацдармы на внешнем кольце продолжают находиться в опасности, и назначенный для защиты стратегически важной планеты под названием Ботавуи, Скайуокер и его изрядно поредевший отряд остаются единственной преградой между легионом дроидов и системой. Для того, чтобы победить в неравной схватке, Энакин предлагает с помощью обманных манёвров заманить Гривуса в ловушку. Но, когда ценой за успешную реализацию задуманного оказывается пропажа верного друга-дроида, мужчина делает всё возможное, чтобы найти робота, данные памяти которого могут стать предметом пристального интереса сепаратистов.

После потери R2, Энакину приходится временно заменить его более продвинутой моделью, которая должна помочь джедаям в их новой миссии по обнаружению и уничтожению секретной станции перехвата. Тем временем потерянный робот оказывается в заложниках у алчного контрабандиста, который, желая нажиться на столь ценном грузе, отправляется к Гривусу для обмена его на вознаграждение. Скайуокер же, продолжая искать друга, натыкается на разыскиваемый ими пост неприятеля, внутри которого находится R2, но отряд джедая и не подозревает, что в их рядах затесался шпион, чьи действия ставит операцию под удар.

Война клонов угрожает целостности Республики, и с расширением задействованной в военных действиях территории всё больше изначально нейтральных миров делают выбор в пользу соблазнительных предложений сепаратистов. В рамках миротворческой миссии, сенатор Амидала отправляется на одну из планет внешнего кольца, чтобы убедить её правительство сохранить верность Республике. Однако, по прибытию Падме узнаёт, что её миссия напрасна, ведь давний друг семьи и правитель планеты в интересах собственного народа уже заключил сделку, частью которой оказалась и сама Амидала. Лишь Джа-Джа Бинкс и С-3РО могут спасти сенатора, но под силу ли роботу и неуклюжему гунгану такое важное задание?

Наместник Ганрей захвачен, а армия неприятеля на Родии повержена стараниями Амидалы и её верных друзей. Совет джедаев отправляет магистра Луминару Ундули и Асоку Тано для сопровождения наместника на Корусант, где последнего ждёт суд. Чтобы избежать раскрытия наместником всех секретов, Дуку отправляет к кораблю республиканцев своего лучшего агента, задачей которой становится спасение или уничтожение Ганрея. Используя слабые звенья в охране наместника, Асажж проворачивает хитрую операцию, в результате которой у джедаев появляется новая цель.

Угнанный звездолёт обнаружен, и, оповещённый о побеге наместника, один из оказавшихся поблизости магистров-джедаев Фисто, намереваясь вновь поймать преступника и лично доставить его в суд, отправляется в погоню за кораблем до одной из отдалённых систем, где, согласно показаниям, и скрылись беглецы. Объединившись со своим бывшим падаваном Надаром Веббом, Кит отправляется на разведку, в ходе которой обнаруживает, что они с Веббом стали наживкой в ловушке для Гривуса, в чьих силах граф Дуку разочаровался после последних проваленных им операций.

Выследив повсеместно разыскиваемого графа, Энакин, в попытках одержать победу над злодеем, бесследно пропадает, что заставляет Оби-Вана, в поисках друга, отправиться на место, где пропавший выходил на связь в последний раз - стоящий на дальнем рубеже фрегат неприятеля. Однако несмотря на уловку соратников, графу удаётся уйти и скрыться на неизвестной, и как оказалось впоследствии, опасной планете, где Кеноби со Скайуокером приходится вступить в сражение с чудовищем, в то время как граф неожиданно оказывается захваченным алчными пиратами.

Придя в себя на следующий день, Энакин и Оби-Ван обнаруживают, что сами стали заложниками пиратов, которые в связи с неожиданно улыбнувшейся им удачей собираются изменить требования, чтобы получить тройную сумму за заложников. Для того, чтобы выбраться из заточения, джедаям приходится объединиться с заклятым врагом, в то время как Джа Джа Бинкс с сенатором Харрусом отправляются выкупить пленников, когда из-за измены в рядах пиратов их корабль терпит крушение, что усложняет выполнение задуманного для каждой из сторон.

Война распространяется на дальние рубежи, и республиканцы теряют позиции, тогда как армия неприятеля, уничтожая малочисленный флот Республики, повсеместно наводит ужас и панику на окружающие миры. На фоне учинённых сепаратистскими войсками бесчинств, Скайуокеру с падаваном приходится отправиться на помощь джедаю Айле Секьюре, во время спасения которой Энакин получает серьёзное ранение. Асоке приходится приземлиться на нейтральной планете, где, не желающие вставать ни на одну из сторон местные жители, тем не менее, соглашаются помочь раненому джедаю.

Вслед за джедаями, на Мэридан вскоре пребывают новые гости, чьи намерения не столь невинны, как у их потерпевших крушение предшественников. Генерал союза сепаратистов Лок Дурд специально выбрал эту планету как полигон для испытаний уничтожающего органические формы жизни оружия, и теперь вождю местных племен Ти Ватт Каа необходимо сделать непростой для него выбор - сохранить нейтралитет и погибнуть, или встать на сторону республиканцев и получить шанс на жизнь.

Когда связь с одним из республиканских постов, расположенном на вечно холодных землях планеты системы Пантора, потеряна, расследовать дело об уничтожении форпоста отправляются Энакин с Оби-Ваном, которые вскоре узнают, что сепаратисты на этот раз остались в стороне, а их пост также был разгромлен неизвестными. Кто же эта загадочная третья сила, и чего она добиваются, уничтожая на своём пути всё без разбора? Плюс ко всему, джедаи сталкиваются с нежеланием заявившего права на эту планету сановника искать решение проблемы мирным путём, что заставляет миротворцев делегировать переговоры прибывшему вместе с ними сенатору.

Заметив в полях сепаратистских роботов, местное население планеты Набу немедленно сообщает об этом Сенату. Опасаясь оккупирования неприятелем своей родины, Амидала с Бингсом срочно вылетают на планету для выяснения ситуации, где попадают в ловушку к злобному и одержимому учёному, воссоздавшему в своей секретной лаборатории давно уничтоженный смертельный вирус. Узнав о возможном захвате планеты, совет посылает Энакина с Оби-Ваном и Асокой для урегулирования ситуации, однако по прибытии джедаев ждёт неприятная новость.

Несмотря на то, что джедаям удаётся сорвать планы неприятеля по уничтожению жизни в галактики и арестовать создателя вируса, Скайуокеру с Кеноби ещё предстоит отвезти учёного на Корусант. Однако, ещё до отправления корабля, стараниями одного из послушных доктору дроидов вирус всё же вырывается на свободу. В то время как остальные оказываются запечатанными в лаборатории, оставшиеся снаружи джедаи срочно отправляются в столицу, чтобы найти антидот и спасти друзей и галактику, однако на пути сталкиваются с весьма серьёзным препятствием.

Захвату неприятелей подвергается планета Рилот, где наместником становится жестокий и бескомпромиссный Уот Тамбор. Повсеместная блокада и жестокая оккупация местных жителей оставшейся армией дроидов приводит к голоду и лишениям. В ответ на распоряжение Сената, республиканский флот начинает готовиться к вызволению планеты из лап врага, где главными за первую и самую важную операцию назначаются Энакин со своим верным падаваном. Джедаям необходимо пробить блокаду и расчистить путь для главных сил Республики, однако сделать это оказывается весьма непросто.

После выполнения Скайуокером и Тано своей части операции, в дело вступают джедаи Мэйс Винду и Кеноби, задачей которых становится осуществление наземной операции по освобождению пленённых и голодающих местных жителей. Основная проблема, встающая перед генералами - успешная высадка солдат на поверхность, для чего республиканцы решают освободить крупный город планеты, в то время как неприятель решает использовать аборигенов в качестве живого щита в намечающейся битве. Тем временем, в процессе разведки, два солдата-клона обнаруживают маленькую девочку, которая оказывается неожиданно полезна в противостоянии замыслам врага.

Армия клонов во главе с джедаями успешно изгоняют неприятелей с оккупированной планеты, однако столица Рилота, Лиссу, всё ещё находится в руках коварных захватчиков. Чтобы успешно осуществить штурм города, Винду обращается за помощью к непредсказуемому, но сильному лидеру повстанцев Чаму Синдулле, ставшему символом свободы для своего народа. Тем временем граф решает использовать намечающееся поражение в политических целях, однако Тамбор не желает сдаваться без последнего боя.

В то время, как на дальних рубежах республиканская армия одерживает сокрушительные победы, в самом центре Республики охотнику за головами Кэду Бэйну, заручившемуся поддержкой товарищей по профессии, удаётся сплести заговор и захватить контроль над зданием Сената, чтобы позже обменять заложников на освобождение лорда Зиро Хатта. Скайуокер оказывается единственным джедаем, оставленным в здании, но причина его нахождения в стенах Сената ненамеренно лишает мужчину его же оружия, что усложняет и без того практически безвыходную ситуацию.