Shaggy invita il suo cucciolo Scooby a ritirare la consegna dei giornali, ma Scooby ha un faccia a faccia con un mostro verde che ruba la bici di Shaggy; i due si rivolgono quindi all'Agenzia Investigativa Scooby-Doo. Fred inizia a sospettare del suo nemico Red Herring, iniziando a pedinarlo. Il bullo conduce i ragazzi a una palude dove Fred trova una bici, che però si scopre essere la sua. Velma poi trova una pista che li porta alla redazione del “Pettegolo”. Dopo aver fatto domande al direttore, Scooby fiuta dell’inchiostro da tipografia che lo fa starnutire, mettendo a soqquadro la stanza. Il direttore li caccia, quindi i ragazzi percorrono una nuova pista fino alla casa stregata dei Ferguson. Qui incontrano la medium Shirley, che li mette in guardia sui pericoli che li attendono.

Nella fabbrica di Scooby Snack, un mostro di formaggio prende vita e spaventa tutti. Giorni dopo, Shaggy e Scooby si rendono conto che tutte le scatole di Scooby Snack sono terminate sia in casa loro che al supermercato. Dopo il disappunto di Scooby, i ragazzi vengono a sapere che i biscotti sono stati rubati e che la direttrice della fabbrica è stata assunta dalla fabbrica di biscotti Acme, ex concorrente degli Scooby Snacks. Il direttore Larry Acme chiede alla direttrice della ricetta segreta, ma lei dice che è rimasta nella fabbrica ormai chiusa per il mostro. La gang inizia ad investigare nella fabbrica trovando in una stanza la ricetta segreta dei biscotti. Il mostro appare dal nulla e getta la gang in bidoni di formaggio ma Velma riesce a salvare tutti tramite una leva.

Scooby e Shaggy sono emozionati dell’arrivo della convention di fumetti di Coolsville per acquistare una delle uniche tre copie del primo fumetto della serie di Commander Cool, il supereroe preferito dei due. Selma, la venditrice di fumetti preferita di Shaggy in città, gli vende il fumetto che viene quasi rubato subito dopo dal dottor Croaker, un mostro uscito direttamente dal fumetto. Il resto della gang si trova alla convention e inizia ad investigare dopo che Shaggy gli parla dell’accaduto. Vicino allo stand di Selma, incontrano il burbero signor Cashmore, ossessionato dalle vendite dei suoi fumetti. Non appena Cashmore li lascia, i ragazzi vengono attaccati dal mostro, il quale ruba la seconda prima edizione del fumetto, conservata da Selma. Durante il furto il mostro dà voce al suo disgusto nei confronti di Commander Cool e dei fumetti proprio come il signor Cashmore.

La gang si trova negli studios dove si gira il loro game show preferito “Per Una Lettera O Peggio” dove Shaggy e Scooby vengono scelti per competere contro una coppia di bambini saccenti. Sul set si presenta Prestina, la conduttrice dello show cancellato per prioritizzare il game show, condotto da Davie. Durante il gioco, il fantasma di Al Cabone spaventa tutti, cacciandoli dallo studio. La gang scopre da un ex impiegato dell’azienda che il mostro si tratta del fantasma del gangster Al Cabone, vissuto nelle vicinanze. Dopodiché, la gang incontra il Grande Mel, un aspirante cantante che sta facendo un'audizione di fronte al manager della stazione, che lo rifiuta, suscitando la rabbia del cantante.

Shaggy e Scooby sono a casa a guardare la TV quando i genitori del ragazzo gli affidano la sorellina minore per la sera. Purtroppo, i due hanno già l'impegno di guardare un film al cinema. I ragazzi incontrano il resto della gang al cinema, ma Daphne disapprova che la sorellina possa vedere un film dell'orrore. Per questo, i ragazzi chiamano una baby-sitter ma una volta arrivati alla casa della donna, vedendola travestita da moglie di Frankenstein, scappano. Lei li rincorre ma Shiggy, la sorella di Daphne, piange per aver lasciato il suo orsacchiotto nella casa della babysitter. I ragazzi ritornano alla casa lasciando la baby-sitter chiusa fuori.

La gang è in vacanza ad uno chalet in montagna, organizzata da Fred, ma una volta arrivati notano che l’albero è fatiscente e spaventoso, infestato da un mostro di ghiaccio. I ragazzi vengono accolti da una coppia. Dopodiché, un uomo bussa alla porta. Egli si presenta come un agente immobiliare che vuole trasformare il posto in un centro commerciale. I proprietari rifiutano e lui li minaccia con la leggenda del mostro di ghiaccio. La notte stessa, Shaggy e Scooby si trovano faccia a faccia con il mostro. I proprietari sono dispiaciuti ma non volevano dire ai ragazzi del mostro per non farli scappare. La mattina seguente, arriva un ranger che dice di aver voluto comprare il posto per creare un parco ma fu ostacolato da una miniera, di cui ha una mappa stracciata.

La gang si trova al museo per una mostra speciale sul Giappone, quando il fantasma di un vecchio samurai si presenta rubando delle spade preziose. Shaggy e Scooby vengono erroneamente accusati, per questo la gang si mette al lavoro per scagionarli. Velma trova una traccia, quindi la gang torna al museo per investigare. Una volta arrivati, notano che il proprietario del museo, la guardia di sicurezza e la guida della mostra si stanno accusando a vicenda sul furto. I ragazzi si dividono per cercare indizi trovando una polizza assicurativa in cui vi è scritto che la guida riceverebbe un milione di dollari se le spade venissero rubate. Il fantasma si presenta dal nulla inseguendo la gang per tutto il museo.

La gang viene chiamata all’istituto marino della zia di Velma, Thelma, perché tutti i delfini sono scomparsi. Shaggy e Scooby, una volta arrivati, praticano del surf, trovandosi di fronte a Red Herring travestito da mostro, che prova a spaventarli ma con poco successo. Thelma accorre a presentarsi e a dare l’annuncio che un mostro sta infestando l’istituto. I ragazzi conoscono l’ultimo delfino rimasto, Skipper, ma vengono interrotti dal pattinatore senza testa, il quale li vuole fuori dalla sua spiaggia. Mentre si nascondono, Skipper viene rapito. Durante le investigazioni, i ragazzi incontrano Sandy, un’eccentrica pattuglia della spiaggia e Gnarly Charlie, un surfista contento che i delfini siano stati rapiti poiché attraevano troppi turisti alla spiaggia. La gang va ad indagare ad un parco di skateboard, di cui Al, il proprietario, ha paura possa chiudere per i pochi turisti.

I ragazzi sono in giro a fare “dolcetto o scherzetto” quando le ragazze decidono di bussare ad una casa infestata. I proprietari gli dicono che il fantasma è innocuo, ma una volta apparso, il fantasma di Barbalunga attacca i ragazzi. Anche Jack, il tuttofare viene spaventato via dallo scantinato. I proprietari, allora, dicono di voler lasciare la casa con amarezza. La gang, allora, decide di aiutarli. Una volta arrivati al quartier generale, un fantasma si materializza, dicendo di essere il vero fantasma della casa dei Johnson. Egli gli narra della sua vita come amabile pescatore, nonostante tutti pensavano che in vita fosse un uomo cattivo e che se demolissero la sua amata casa lui sparirebbe. I ragazzi, ritornati alla casa per investigare, trovano un barattolo di vernice spray bianca e catene dipinte. Il fantasma li sorprende ad indagare e li spaventa.

I ragazzi sono al campeggio in una zona presidiata da nativi americani. Shaggy e Scooby vanno a cercare della legna per il fuoco ma si imbattono in un totem vivente che vuole cacciarli dalla terra. I due ritornano al campo dove li aspetta Warren, un ragazzino indiano americano e suo nonno, il quale è arrabbiato perché un’agenzia di alberghi raderà al suolo la sua città. I ragazzi vanno in giro a cercare indizi, trovando una pietra della collana del nonno di Warren. Dopodiché, si imbattono nel costruttore dell’albergo che ignora i rancori dell’anziano. I ragazzi ritornano al campo dove Warren gli regala un legnetto istoriale con il quale raccontarsi storie a vicenda intorno al fuoco.

I ragazzi si dirigono verso la casa di Daphne per vedere come ha decorato la sua stanza. Una volta entrati scoprono che la stanza è stata ripulita dai ladri nonostante le estreme misure di sicurezza della guardia Gordon. I genitori di Daphne gli dicono allora di chiedere aiuto ad un sistema di cane robot tuttofare. L’efficienza del cane fa ingelosire Scooby che si separa dalla gang insieme a Shaggy. I due incontrano il fantasma di uno chef che li rincorre per la cucina. Nel frattempo, il resto della gang trova delle impronte di fango e un fiore. Il cane robot fiuta Shaggy e Scooby che nel frattempo si sono nascosti nel giardino. Qui incontrano Mr. Conroy, un ex-ladro ora appassionato di giardinaggio. Una volta tornati in casa, i genitori di Daphne raccontano ai ragazzi del cuoco Pierre, un vecchio chef che lavorava nella magione. Il suo fantasma irrompe nella sala, interrompendo la conversazione.

La gang è al viale di Coolsville per girare un film con la videocamera che Fred ha ricevuto in regalo. Il film è basato sul mostro che realmente infesta il viale, il quale appare sul set e li fa scappare e crea scompiglio per i negozi, rubando dalle casse. I ragazzi cercano delle tracce, trovando il poster di un film basato sul mostro. La gang va in cerca dell’attore che interpreta il mostro che si trova al viale per firmare autografi, Vincent Thorne. Daphne accusa l’attore ma lui dice di essere vittima della cattiva reputazione e ingaggia i ragazzi per scoprire chi gli sta dando un cattivo nome. Dopo la prima visione del film, una donna fa i complimenti a Vincent, mentre un suo rivale lo prende di mira, dicendo di essere migliore di lui. I ragazzi lo seguono fino al set di una pubblicità e cercando indizi nel suo camerino, dove trovano una delle casse rubate. Sul set, tra l'altro, vi è anche la donna del cinema che sgattaiola sospetta.