Batman doit arrêter au plus vite deux super criminels, le Professeur Pyg et son acolyte Mr Crapaud. Les deux super vilains kidnappent toutes les personnes concernées par la création de Stagg Industries, dont Simon Stagg, Michael Holt et sans le vouloir Alfred qu'ils prennent pour Bruce Wayne. À la fin de cet épisode, Alfred blessé à une jambe, engage un nouveau garde du corps pour Bruce, Tatsu Yamashiro dont il a connu le père durant sa carrière d'espion.

Une mystérieuse voleuse nommée Magpie qui a la capacité de sortir des griffes de ses ongles, de voler les souvenirs de ses victimes et est insensible à la douleur. Elle s'en prend à une psychiatre, Batman devra user de son intelligence pour vaincre cette ennemie redoutable.

Batman fait passer des épreuves à Tastu (qui deviendra Katana) pour prouver sa loyauté. En même temps, il devra se battre contre Anarky, un mystérieux pirate d'Internet qui semble presque invisible alors que Tastu commence à découvrir les secrets de son employeur.

Lorsque la Ligue des Assassins prend pour cible le docteur Jason Burr, Bruce Wayne met ce dernier à l'abri dans son propre manoir, sous la protection de Tatsu.

Une collection de nouvelles statues surgit autour des Rues de Gotham. Batman et le lieutenant Gordon doivent travailler ensemble pour sauver des gens innocents pris au piège à l'intérieur avant que Notorious Humphrey Dumpler (Humpty Dumpty) ne les détruise.

Batman tente en vain de sauver Rex Mason de sa transformation en Metamorpho après qu'il a ingéré par erreur une dose élevée de produits chimiques toxiques.

Le docteur Bethanie Ravencroft attire Bruce au Club Argus pour une tentative de voler l'épée Soultaker. Katana sauve Bruce et ce dernier lui révèle qu'il est Batman.

Le lieutenant James Gordon demande l'aide de Batman pour récupérer sa fille Barbara qui a été enlevée. Batman et Katana travaillent ensemble pour la sauver.

Katana doit sauver Batman de Cypher, un androïde qui possède des pouvoirs permettant de contrôler les esprits. Chiffre cherche le Cortex Ionique.

Batman et Katana sont dans une course contre la montre pour échapper à une installation d'armes chimiques avant qu'elle ne soit détruite.

Le professeur Pyg et Mr. Crapaud sont de retour ! Ils ont jeté leur dévolu sur la culture de Gotham, laissant des indices que seul Batman peut déchiffrer. Pyg et Toad attaquent à la fois un mannequin et un designer de vêtements. Bien que Batman et Katana soient en mesure de sauver la situation, ils manquent de peu le plan de Pyg et Crapaud.

Magpie est de retour et est déterminée à enlever la nouvelle partenaire de Batman, Katana.

Jason Burr, qui est toujours sous l'influence du contrôle d'esprit du robot Chiffre, vole le Cortex ionique afin de faire affaire avec la Ligue des Assassins. Batman, Katana et Alfred se trouvent alors dans une situation difficile pendant qu'ils luttent contre la Ligue des Assassins dans un combat pour sauver Gotham City de l'obscurité. Batman est alors capturé par Ra's al Ghul, alors que Katana et Alfred sont laissés seuls et effrayés.

Batman fait une alliance peu probable avec Silver Monkey pour échapper à la Ligue des Assassins. Pendant ce temps, Katana, Alfred, le lieutenant Gordon et Barbara nettoient la ville durant la panne d'électricité initialisée par Ra's al Ghul, laissant Gotham à la merci des criminels.

Ra's al Ghul's recrute les ennemis de Batman (le professeur Pyg, Mr. Crapaud, Magpie, Tobias Whale, Phosphorous Rex et Cypher) pour l'éliminer en échange du contrôle d'une partie de Gotham. Batman court pour sauver ses partenaires de la ville entière pendant que le lieutenant Gordon et Barbara essaient de désactiver le Cortex Ionique une bonne fois pour toutes.

Six mois après la panne d'électricité, le nouveau Harvey Dent essaie de mettre fin à la vie de Batman. Il se retrouve piégé dans une attaque portant atteinte à la vie du maire Grange. Batman prend une mesure radicale pour découvrir qui est responsable.

Batman et Katana s'associent à Rex Mason, aussi connu sous le nom « Le Golem de l'ancienne Gotham » pour qu'ils combattent une armée croissante de voyous blindés qui ont terrorisé plusieurs parties de l'ancienne ville de Gotham. En outre, ils esquivent aussi l'Unité Spéciale du Crime, une nouvelle organisation créée par Harvey Dent.

il capture Batman, Katana, Gordon, le maire Grange et Tobias Whale.

Pour suivre à la trace un voleur qui s'est emparé d'une pièce d'un dangereux logiciel, Batman se fait arrêter afin d'intégrer la prison Blackgate.

Batman et Katana rencontrent une créature étrange nommée Bat. Il est le résultat expérimental du professeur Pyg et de l'armée animale d'humains mutants de Mr. Crapaud.

Une amie de Bruce Wayne vient à lui pour obtenir son aide, alors que son père a été cloné par une mystérieuse organisation pour créer une armée de super chasseurs d'hommes.

Voulant se débarrasser de Batman, Harvey Dent s'allie avec Anarky, qui recrute un nouveau vilain pour prendre la place de Batman, Deathstroke.

Quand Batman et Katana sont pris en embuscade dans le métro de Gotham par Killer Croc, il est du devoir de Barbara Gordon de les sauver. Seulement, cette dernière a un rendez-vous.

Quand Bruce Wayne est « assassiné » par Batman, il se fait passer pour mort afin de commencer sa recherche sur « Le faux Batman », un imposteur.

Batman continue de travailler dans le secret, afin qu'il puisse trouver des réponses à ses questions, tandis que Harvey Dent récupère à l'hôpital de Gotham. En accusant Batman pour tout, il promulgue la loi martiale dans Gotham.

Quand Alfred est pris en otage par Deathstroke à l'intérieur de la Batcave, Batman doit lui faire face seul. Harvey Dent révèle alors sa vraie nature comme étant Double-Face.