Batman impide que dos vigilantes se venguen de un acuerdo de tierra turbia. Un anciano Alfred contrata a su reemplazo: una guardaespaldas llamada Katana.

Una nueva villana, Magpie, secuestra a Batman, quien debe descifrar su desorden de personalidad múltiple para burlarse de ella.

Bruce pone a Katana a través de una serie de pruebas para demostrar su lealtad; Mientras tanto Batman lucha contra Anarky.

Presentando el prototipo de su producto más nuevo en todo el mundo, el Ion Cortex, un poderoso dispositivo capaz de resolver la crisis energética del mundo, Bruce Wayne contrata al científico brillante Dr. Jason Burr para trabajar en el proyecto. El anuncio también llama la atención de uno de los grupos más peligrosos del mundo: la Liga de Asesinos. Cuando uno de los asesinos mortales de la Liga, Silver Monkey, ataca a Wayne Manor para secuestrar al Dr. Burr mientras Batman está en Gotham, le corresponde a Alfred y Katana mantener a raya al asesino hasta el regreso de Batman.

Una colección de nuevas estatuas aparece en las calles de Gotham y Batman y el teniente Gordon deben trabajar juntos para salvar a las personas atrapadas en el interior antes de que el Notrorious Humphrey Dumpler (también conocido como Humpty Dumpty) los destruya.

Batman intenta evitar que Rex Mason se transforme en el villano Metamorpho luego de ingerir erróneamente una alta dosis de químicos tóxicos.

Bethanie Ravencroft atrae a Bruce al Club Argus en un intento de robar la Espada Soultaker; Katana lo rescata y Bruce revela que él es Batman.

El teniente Gordon pide la ayuda de Batman para recuperar a su hija Bárbara, secuestrada; Batman y Katana encuentran un ritmo trabajando juntos para salvarla.

Katana salva a Batman de Cypher, un villano robot en parte con poderes de control mental que busca el Cortex de ión.

Batman y Katana están en una carrera contra el tiempo para escapar de una instalación de armas químicas antes de que sea destruida.

El profesor Pyg y el Sr. Toad están de vuelta ... y se han fijado en la cultura de alta costura de élite de Gotham. Dejando pistas que solo Batman puede descifrar, atacan tanto a una modelo como a un diseñador de ropa, encerrándolas en trampas mortales. Aunque Batman y Katana pueden salvar el día, extrañan el plan maestro de Pyg y Toad: destruir el yate donde se está organizando la fiesta posterior a la Semana de la Moda de Gotham. Todos los íconos de la moda en el mundo estarán allí ... ¡y también Bruce Wayne!

Magpie regresa ... y está decidida a sacar a Katana, la nueva socia de Batman, a cualquier costo.

Batman hace una alianza improbable con Silver Monkey para escapar de la Liga de Asesinos.

Ra's al Ghul recluta un ejército de enemigos de Batman (el Profesor Pyg, el Sr. Toad, Magpie, Tobias Whale, Phosphorus Rex y Cypher) para eliminarlo.

Seis meses después del apagón, el nuevo D.A Harvey Dent está tratando de poner fin a la crisis de la máscara y la capa.

Batman y Katana se asocian con Rex Mason, también conocido como el "Golem de Old Gotham", mientras combaten a un creciente ejército de matones armados que han estado aterrorizando varias partes de Old Gotham. Además, también esquivan la recién creada Unidad de Crímenes Especiales de Harvey Dent, que tiene la orden de acabar con los criminales armados y los vigilantes que los combaten.

Humpty Dumpty captura a Batman, Katana, Gordon, el alcalde Grange y Tobias Whale y hace que todos ellos jueguen su Juego de misterio de asesinato.

Para rastrear a un ladrón que ha robado un peligroso software de descifrado de códigos, Batman fue arrestado y arrojado a la prisión de Blackgate.

Batman y Katana se encuentran con una extraña criatura Hombre-Murciélago, que es el resultado experimental del ejército animal de humanos mutantes de Pyg y Toad.

Una vieja amiga de Bruce Wayne acude a él en busca de ayuda, cuando su padre ha sido clonado por una organización misteriosa para crear un ejército de cazadores de súper soldados.

Desesperado por librar a la ciudad de Batman, Harvey Dent se alía con Anarky, quien recluta a un nuevo héroe para que tome el lugar de Batman ... Deathstroke.

Cuando Batman y Katana son emboscadas en el metro de Gotham por Killer Croc, depende de Barbara Gordon salvarlas. Sólo un problema: Barbara está en una cita.

Cuando Bruce Wayne es "asesinado" por Batman, deja que el mundo piense que está muerto y va en busca del impostor, "The Bad Batman".

Batman continúa trabajando en secreto para que pueda encontrar respuestas, mientras que Harvey Dent se recupera en el Hospital Gotham. Culpando a Batman por todo, promulga la ley marcial en Gotham.

Cuando Alfred es tomado como rehén por Deathstroke en Batcave, Batman debe enfrentarlo solo. Harvey Dent revela su verdadera naturaleza como Two Face.