Roberto Ardenzi (Giorgio Tirabassi) decide di lasciare il distretto e al suo posto arriva dalla Calabria il commissario Marcello Fontana (Massimo Dapporto), il quale ha sotto protezione una ragazza, Nina (Raffaella Rea), figlia di un boss della 'ndrangheta, Don Vincenzo Neri. Intanto un bambino viene rapito in un supermercato da alcuni malviventi a scopo di estorsione.

Anna e Luca mentre stanno andando al Distretto vedono una ragazza che è stata violentata da tre ragazzi, fuori da una discoteca gay. Questi tre ragazzi, frequentano una palestra e il commissario Fontana decide di infiltrare Luca; ma quando i ragazzi scoprono che Luca è un poliziotto vanno a casa sua e tentano di violentare Anna, fin quando gli altri del commissariato non sopraggiungono.

Due tossicodipendenti rapinano un bar, in cui si trova anche l'ispettore Marchetti, al quale i malviventi rubano la pistola. L'ispettore Marchetti dovrà fare molto in fretta per recuperare la sua arma d'ordinanza, anche perché quel giorno è in programma anche la visita di controllo degli ispettori del Ministero. A casa dei due malviventi, il figlio piccolo della coppia nota la pistola e, credendola un giocattolo, la porta al parco per giocarci con gli altri bambini. L'intervento fulmineo di Raffaele evita così la tragedia. Intanto due uomini di don Vincenzo arrivano a Roma.

Si indaga sul caso di una persona la cui macchina è stata colpita da un sasso lanciato da un cavalcavia da dei giovani e su un caso di maltrattamento minorile. Ugo intanto scopre e sventa un caso di truffa. Intanto i due uomini del boss trovano Nina all'università e tentano di rapirla. Ma l'intervento del X tuscolano eviterà ciò.

Irene si trova in un negozio di strumenti musicali, per la scelta di una chitarra da regalare al nipote. In quel momento scoppia una bomba nel negozio. Intanto l'ispettore Berti è momentaneamente fuori dalle ricerche di Nina che intanto è scappata; nel frattempo, Vanessa, una sua amica, viene portata a Roma dal commissario Fontana per aiutarlo a rintracciarla.

Un bambino di dieci anni segue uno sconosciuto su un furgone bianco, scomparendo così dalla famiglia. Il padre ne denuncia la scomparsa al X Tuscolano. Intanto Vanessa finisce nelle mani di Sebastiano Morace, braccio destro di don Vincenzo, che la usa per arrivare a Nina. Fortunatamente il X Tuscolano interviene.

Al X Tuscolano viene affidata un'operazione della massima importanza: portare all'inceneritore 50 chili di droga purissima sequestrata a un narcotrafficante ricercato a livello internazionale. Intanto Nina si trova in un nuovo rifugio: ma suo padre è riuscito a parlare con lei e la ragazza non sa più se dare fiducia al suo amico Fontana e collaborare con la giustizia.

Berti e Marchetti indagano sull'assassinio di un'irreprensibile trentenne segretaria di un importante broker finanziario. Il commissario Fontana si occupa del difficile caso, impegnandosi anche a ricucire il rapporto con Nina: infatti la ragazza ha deciso che non vuole più collaborare ed è in partenza col maggiore Patrizi per una località segreta in Germania.

Un ex eroinomane ora sorvegliante notturno di un centro di recupero per tossicodipendenti è stato ritrovato morto. Irene è preoccupata perché nel centro risiede anche la sorella Valeria, che ancora non è riuscita a disintossicarsi e teme che possa esser implicata nella vicenda. Intanto Nina comincia a testimoniare.

Un armiere della malavita è ritrovato barbaramente ucciso nel retrobottega del proprio negozio-copertura. Gli agenti del X Tuscolano indagano sul difficile caso. Nel frattempo le dichiarazioni di Nina provocano molti arresti nel clan e la fuga di un faccendiere che chiede la protezione di Fontana.

In seguito all'attentato subito dal commissario Fontana da parte del fuggitivo Morace, l'archivista Parmesan rischia la vita per un infarto. Le agenti Valli e Gori indagano sulla morte di una prostituta nigeriana, mentre Raffaele e Luca sono alle prese col furto di un inchiostro speciale per stampare le banconote.

Fra i documenti del faccendiere ucciso, il commissario Fontana, grazie alla collaborazione di Nina, trova le prove di un orrendo delitto che permette l'arresto di Neri. Ma al momento del fermo il boss si sente male e Benvenuto è costretto a seguirlo in ambulanza. Nel frattempo Raffaele indaga sul tentato suicidio di una coppia salvata dal figlio quattordicenne.

Anna e Irene sono in un locale dove una donna ubriaca, sembra aver bisogno del loro aiuto. Ingargiola e Vittoria sono invece sulle tracce di un celebre ipnotizzatore. Fontana organizza il trasferimento di Nina al carcere dove suo padre è recluso: Neri ha chiesto un colloquio con la ragazza, che ha subito accettato.

Il distretto indaga sul rapimento di una ragazza ucraina che è riuscita ad avvertire il commissariato grazie ad una telefonata. Intanto il commissario Fontana scopre che c'è una talpa la quale informa Don Vincenzo di tutte le operazioni.

Irene e Anna indagano sul caso di un barbone trovato morto. Intanto il PM Corradi decide di affidare la protezione di Nina esclusivamente al maggiore Patrizi. Successivamente il X Tuscolano scopre chi è la vera talpa: il PM Corradi che tenta di uccidere Nina gettandola dal balcone.

Nina viene operata d'urgenza ma non riesce a sopravvivere. Intanto Corradi e l'agente di scorta vengono interrogati dal X Tuscolano, che indaga intanto su un caso di avvelenamento.

Gli agenti del X Tuscolano si misurano col tentato suicidio di una bambina ucraina in affido temporaneo e sul caso di un uomo che vuole obbligare la propria compagna a tenere il bambino che aspetta, arrivando a compiere un gesto eclatante. Intanto Fontana rassegna le dimissioni da commissario.

Alessandro Berti è il responsabile del distretto dopo l'allontanamento di Fontana. Coordina il servizio di Anna e Irene, responsabili del trasferimento di una partita di vasellame antico di immenso valore che verrà rubato da Giorgio, il ragazzo di Anna e un suo amico. I due però verranno scoperti.

Anna e Raffaele indagano sul caso di una ragazza scomparsa. Intanto Fontana si trova in Calabria e incontra la madre di Don Vincenzo Neri il quale, nel frattempo, ha ottenuto gli arresti domiciliari.

Berti e Valli indagano sull'omicidio di un senegalese avvenuto fuori della discoteca dove l'immigrato lavorava come cameriere. Fontana torna dal suo viaggio in Calabria e subito affronta Neri, in attesa del processo, promettendogli che Nina avrà giustizia e subito rientra in servizio al X Tuscolano. La sua prima mossa è interrogare Corradi: il commissario ha infatti scoperto il ricatto che ha ridotto al silenzio l'ex PM.

Marchetti è costretto a confrontarsi col proprio doloroso passato, visto che l'indagine sull'assassinio del titolare di una sala giochi sembrano coinvolgere il figlio del malvivente ucciso da Raffaele anni prima. Nel frattempo Cristina, moglie del commissario Fontana, scopre che Matteo, a scuola, ha ricevuto da due sconosciuti un'esplicita minaccia alla loro sicurezza. Marcello fa mettere sotto scorta la famiglia e con Irene e Alessandro prepara una trappola per Morace.

Mentre tutti gli agenti del X Tuscolano sono alla ricerca del commissario Fontana, che si è nascosto nel furgone di Morace, quest'ultimo viene circondato e si suicida. Berti e Valli si occupano del caso di una ragazza gettata da un burrone e uccisa.

Valli e Berti tentano di raccogliere più prove possibili contro Neri prima del processo finale, quasi una farsa senza la testimonianza di Nina. Anna, Luca e Raffaele indagano invece sulla morte di un prete, accoltellato nella propria sagrestia.

La Corte d'Assise proscioglie il boss della 'ndrangheta da ogni accusa. Neri è di nuovo libero e tutti gli agenti del X Tuscolano sono impegnati in una corsa contro il tempo per ritrovare la sua droga prima che venga raffinata e immessa sul mercato. Fontana accetta la sfida, mettendo a repentaglio la sicurezza dei suoi cari, la moglie Cristina e il figlio Matteo. Alla fine Neri viene ucciso.

Fontana si sveglia in ospedale, nel momento più duro della sua carriera: è salvo ma non ricorda nulla dell'incidente con vincenzo neri e della tragedia accaduta. Gli agenti del X Tuscolano dovranno dimostrare l'innocenza del commissario e lottare coi propri dubbi, mentre Irene e Alessandro cercano di proteggere Stefano che è in compagnia del padre, sta rischiando la vita a causa sua. finita l'indagine Fontana decide di tornare in Calabria lasciando così il distretto.