Aware his presence only puts Scully and William in jeopardy Mulder once again disappears — but at least this time it is his own choice. A frustrated Agent Doggett tries to find Mulder so he can proceed with his investigation against Deputy Director Kersh, but Scully and Skinner finally convince him to drop his case. Yet even as Scully helps Agent Doggett and Agent Reyes on some of their cases she realizes William is still in danger. When she learns a religious cult wants her son dead she turns to the Lone Gunmen. But even they cannot prevent William from being kidnapped, a fact which forces Scully to make a painful decision. Yet even in her darkest hour she receives word that Mulder has been found — and is being held in a military brig for the murder of a man who cannot die.

La sua presenza metta in pericolo Scully e William, così Mulder scompare. Doggett vuole proseguire le proprie indagini contro Kersh, ma Scully e Skinner lo convincono a rinunciare al caso. I Lone Gunmen non riescono ad impedire il rapimento di William e Scully deve prendere una decisione dolorosa. Mulder si trova in un carcere militare, trattenuto per l'omicidio di un uomo che non può morire.

外星人与政府的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。大结局《真相》(The Truth)里，穆德得到线报又回来寻找真相了，但是他却因同超级战士的搏斗而被关进了监狱，控以谋杀，接受审判。但是穆德否认指控，因为简单手法根本杀不死超级战士。道格特、史考莉、斯金纳、雷耶斯、斯班德、加布森等人用尽办法证明穆德的清白，但审判是不公正的，穆德将被执行死刑。道格特和斯金纳等人来到了监狱营救穆德，与此同时超级战士也来了，但是穆德他们早一步逃出了监狱。接着穆德和史考莉两人一起开车去找寻真相，证明外星人的阴谋。他们找到了给穆德提供线报的人，穆德告诉史考莉原来由于势力衰微无法组织有效进攻而企图暗中控制政府以逐步殖民的外星人由于计划屡屡受搓，将于2012年12月22日利用混入政府的超级战士进行孤注一掷的殖民入侵。

In dem Bewusstsein, dass seine Anwesenheit Scully und William nur in Gefahr bringt, verschwindet Mulder wieder einmal - aber wenigstens ist es dieses Mal seine eigene Entscheidung. Ein frustrierter Agent Doggett versucht, Mulder zu finden, damit er seine Ermittlungen gegen den stellvertretenden Direktor Kersh fortsetzen kann, aber Scully und Skinner überzeugen ihn schließlich, den Fall fallen zu lassen. Doch selbst als Scully Agent Doggett und Agent Reyes bei einigen ihrer Fälle hilft, merkt sie, dass William immer noch in Gefahr ist. Als sie erfährt, dass eine religiöse Sekte ihren Sohn töten will, wendet sie sich an die Lone Gunmen. Doch auch sie können nicht verhindern, dass William entführt wird, was Scully zu einer schmerzhaften Entscheidung zwingt. Doch selbst in ihrer dunkelsten Stunde erhält sie die Nachricht, dass Mulder gefunden wurde - und wegen des Mordes an einem Mann, der nicht sterben kann, in einer Militärhaftanstalt festgehalten wird.

Mulder part subitement sans laisser d’adresse, laissant Scully seule dans sa quête de la vérité. Avec les agents John Doggett et Monica Reyes, la nouvelle équipe des affaires non classées, Scully cherche à découvrir la vérité sans tenir compte des mises en garde de sa hiérarchie.

Mulder si je vědom, že jeho přítomnost Scullyovou a Williama jen ohrožuje, ale tentokrát je to alespoň jeho vlastní rozhodnutí. Frustrovaný agent Doggett se snaží Muldera najít, aby mohl pokračovat ve vyšetřování proti zástupci ředitele Kershovi, ale Scullyová a Skinner ho nakonec přesvědčí, aby od případu upustil. Avšak i když Scullyová pomáhá agentu Doggettovi a agentce Reyesové v některých jejich případech, uvědomuje si, že William je stále v nebezpečí. Když se dozví, že náboženský kult chce jejího syna zabít, obrátí se na Osamělé střelce. Ani ti však nedokážou zabránit únosu Williama, což Scullyovou donutí učinit bolestné rozhodnutí. I v nejtemnější hodině však dostane zprávu, že Muldera našli - a je držen ve vojenské věznici za vraždu muže, který nemůže zemřít.

El avistamiento de alienígenas ahora es una realidad. Tras conseguir escapar, por muy poco, de la amenaza de los extraterrestres al bebé de Scully, madre e hijo parecen estar aparentemente bien. Fox Mulder se ha tenido que ocultar ante la amenaza inminente. Por su parte, Scully se incorpora nuevamente a la academia del FBI.

Los encargados ahora de los Expedientes X son el agente John Doggett y su compañera, Mónica Reyes. Con la ayuda de Mulder, los agentes prosiguen con el legado marcado por el propio Fox y Scully mientras lo oculto y el propio FBI planean impedirlo.

シーズン9がシリーズ最後となることを承知のファンは、これで最終章となる「説明のつかない謎」「政府の陰謀」「エイリアンとの遭遇」を寸分たりとも見逃すまいと、テレビの前に釘付けとなった。だが、これらおなじみの設定に加え、このファイナル・シーズンには新たな要素も加わった。シングルマザーとなって苦闘するスカリーの姿と、ほとんどの事件が未解決に終わらざるを得ない謎多きX-ファイル事件を直に体験していくドゲットとレイエス捜査官の姿である。2時間の拡大特別版フィナーレでは、シリーズ9年間の歴史に息吹を吹き込んでくれた魅力的なキャラクター達へのトリビュートとして、ファンに根強い人気を誇るキャラクター達が総勢で登場した。そして、真実を追い求める気持ちを改めてファンに思い起こさせるラストシーンは、シリーズ第1話目を彷彿とさせるものとなった。