Подруга Доггетта по морской службе, используя свою сверхъестественную способность находиться под водой, топит по неизвестным причинам двух человек. В результате предпринятого расследования, Скиннер и Доггетт попадают на завод по переработке отходов, где внезапное появление бывшей сослуживицы подвергает жизнь агента смертельной опасности...

Доггетт узнает от Шеннон Макмахон, что она является биологическим роботом, продуктом военной науки пятидесятых. Тайна, которую открывает бывшая боевая подруга агента, заставляет Доггетта и Скалли пойти на крайние меры...

Доггетт и Рейес расследует странные обстоятельства убийства женщины собственным мужем, принявшего свою жену за незваного гостя, проникшего в дом. Агенты приходят к выводу, что супруги стали жертвами сатанинского культа.

Во время записи трюков для кабельного шоу погибает подросток. Но причиной его гибели может оказаться не просто неудачное падение.

Скалли надеется на возвращение Малдера, когда информация, полученная от незнакомца, заставляет ее задуматься о том, что заставило Малдера скрыться. А ее доверие незнакомцу может стоить Малдеру жизни.

Агент Доггет приходит в себя в маленьком мексиканском городке, ни имея понятия кто она такой. Он пытается восстановить свое прошлое. Как он потерял память? И как оказался в незнакомом городе?

Убежденная, что перед ней очередное дело из серии секретных материалов, Рейес ищет убийцу, который заживо сдирает людей кожу. Но агента не покидает ощущение странной личной причастности к делу.

Заполучив рисунки с поверхности космического корабля, ФБР прячет их от сотрудников отдела секретные материалы, и есть только один человек, который может объяснить значение таинственных символов — Скалли.

При пересечении границы погибает нарушитель. Руководство ФБР пытается скрыть от Скалли, что погибший является агентом, внедрённым в секту, поклоняющуюся культу НЛО. В это время религиозные фанатики готовят очередную страшную акцию...

Доггет и Скалли ищут ответы на вопросы, как спасти жизнь Рейес после ранения в ужасной автокатастрофе. А Рейас в свою очередь тоже пытается остаться в живых в неизвестности между жизнью и смертью.

Агент Доггет вынужден заново начать свое расследование 13-летней давности, потому что убийцу, которого он посадил, оправдали отпускают на волю. Доггет твердо стоит на своем первоначальном заключении, которое не совпадает с теорией Скалли и Рейс.

Агенты Моника Рейес и Дана Скалли полагаются на собственные познания в нумерологии и таинственного незнакомца, помогающего поймать серийного убийцу.

Агент Лейла Харрисон снова просит Доггета, Скалли и Рейес помочь ей в расследовании убийства. Скалли обнаруживает необъяснимое сходство гибели женщины и ее кота. Малолетний сын погибшей утверждает, будто его мать и кота убили монстры. Доггетт и Рейес уверены, что жизнь мальчика под угрозой. Им даже не приходит в голову, что именно мальчик представляет опасность для окружающих...

На Карибских островах с яхты небезвестного сотрудника Зоны 51 Морриса Флетчера злоумышленники похищают девушку, а судно взрывают. Моррис настаивает на участии в расследовании Рейес и Доггетта. Пострадавшему удается заинтересовать агентов, которые надеются с его помощью выйти на совершенного солдата. Но в ходе следствия выявляются факты, ставящие под сомнение невиновность жертвы...

Доггетт задерживает в своём офисе незнакомца с обезображенным лицом, утверждающего, что его уродство — последствие провалившегося правительственного эксперимента по превращению его в инопланетянина. Результат взятого у незнакомца теста на ДНК не только не вносит ясности, но создаёт ещё большую путаницу. Оказавшись в квартире Скалли, неизвестный делает маленькому Уильяму инъекцию…

Доггетт по анонимной наводке находит замурованный в стене труп. Скалли обнаруживает сходство почерка преступления с убийством сына Доггетта, совершенного 9 лет назад. Молодой курсант ФБР помогает безутешному отцу выйти на след предполагаемого злоумышленника. Однако скоро выясняется, что курсант учится в академии под вымышленной фамилией...

Происходят два загадочных убийства в точной копии дома из популярного телесериала «Семейка Брэдли». Агенты пытаются найти связать между этими преступлениями и человеком, живущим в доме. Доггету и Рейес удается выяснить, что владелец особняка Оливер Мартин обладает психокинетическими способностями. Пользуясь удивительным даром, он подвергает себя смертельной опасности…

Бывший агент Малдер, пытаясь проникнуть в секретную правительственную базу, случайно убивает человека. Теперь Малдеру грозит военный трибунал, но он отказывается давать показания, которые могли бы спасти его жизнь...

Агент Скалли отчаянно пытается спасти жизнь своему бывшему напарнику, который внезапно начинает видеть духи умерших врагов и друзей, готовых ему помочь. Однако задача Малдера не только спасти себе жизнь, но и раскрыть все правительственные заговоры против "Секретных материалов", используя информацию от Курильщика, скрывающегося в руинах пустыни...