Mulder离开了Scully和William，无影无踪。Scully发现William可以隔空移物！几个环保部门官员相继离奇死亡，他们的死都与一个神秘女人有关，这个女人神出鬼没刀抢不入还能在水下呼吸，并且跟踪着Scully；这个女人是谁？William身上发生了什么事？好戏才刚刚开始~！

承接上一集，神秘女人身份曝光！她的名字叫Shannon,是狗探在海军陆战队时候的战友，被改造成了超级战士，那几个环保部门的人是她杀的，但她声称那是因为要阻止超级战士的最新一步计划：通过饮用水将可以改变基因的物质传送到每一个家庭，从而制造超级战士！与此同时，在公海上进行着超级战士研发工作的试验船接到通知要马上终止一切研究，并毁灭证据！而Monica又发现Shannon的真实身份：受雇于司法部，专门完成血腥任务，她认为Shannon对他们撒了谎，但试验船倒是可能揭开William身世之谜的一个关键！三人过关斩将，从入试验船，就在即将找到真相的一刻……船爆炸了，三人幸运的得以逃脱，但真相又一次对他们关上了大门……

狗探与莫妮卡共同处理一单变态杀人狂的案件，乔装成住户的莫尼卡不幸被杀人狂割喉，而狗探也在即将把杀人狂击毙之际中弹！！奇怪的事情发生了：莫妮卡来到狗探的病床前，对于自己被割喉一事全无记忆，同时也奇怪于为何狗探中弹……原来二人在经历着一场空间互换之旅……

小镇有一群中学生，热衷将自己的无聊疯狂行拍成DV寄给当地有线电视节目“Dumb Ass Show”，在一次拍摄过程中一名中学生离奇死亡，并且尸体里飞出无数的苍蝇，自然，这次的离奇案件又交给了X Files；经过我们Scully博士的推断，苍蝇就是本次案件的凶手，但何以在这么短时间内会有这么大量的苍蝇在这孩子的体内呢？一个不起眼的男生进入了他们调查范围内……

Scully被一对夫妇找到，他们声称自己的孩子和William有同样的能力，并且掌握了有关超级士兵计划的信息；然而，他们只会和Mulder交谈，相信他是唯一一个能够建立联系和揭露真相的人。Scully被迫陷入尴尬的境地，她不得不决定是否应该让Mulder的生命处于更危险的境地，尽管她非常想见穆德。

某天，狗探醒来时发现自己身处陌生之地，自己衣衫褴褛，身无分文。正当他努力的想搞清楚这一切时，他发现——他失去了记忆，他连自己是谁都忘了，而仅存的一点记忆告诉他，他有一个可爱的儿子……原来狗探因破案来到墨西哥，却被一神棍偷走了记忆……狗探如何才能寻回记忆呢？

心理医生贺兰开办了一个辅导小组，帮助那些失足过的人重新回到社会。最近，小组里的成员却连遭不幸，而且遇难方式相同——都被完整的剥皮。Monica认为这是一宗灵异案件，狗探不以为然，而Scully在慨叹凶手有着精湛的外科技术的同时发现了一个重要的线索……

有人不远千里加害威廉，幸亏超级老妈Scully护驾，一枪将此人击毙，此人在生死边缘也不愿意透露沙威廉的原因。此地不宜久留，Scully选择了最信任的孤抢侠把威廉带到安全的地方，可正在这时，一个女人跟上了他们，而她的目标就是威廉！孤抢侠失算，威廉还是被女人虏走了，狗探还被她开车撞晕……究竟是凶多吉少还是吉人天相？！

承接上一集，小威廉被一女人虏走后，FBI动用了所有可能的人力去找，但Scully不再相信FBI了，她决心自己把儿子找回来，她让孤抢侠做了假口供，绕开FBI,一段惊险的寻儿之路开始了！虏走威廉的是一群UFO组织成员，他们迷恋飞碟，同时也是虔诚的宗教徒，他们相信威廉就是上帝的使者,当Scully向他们要儿子的时候，他们开出的交换条件居然是“Mulder的首级”！Scully究竟该如何是好？

一个周末的晚上，把酒谈心后，Monica把狗探送回家，就在分别后的几分钟，Monica遇到了突如其来的车祸。在医院里，Monica遇到了十分奇怪的事情,原来重伤的她，灵魂游走到了一个护士用心灵建造的医院，在这里，Monica悟出了生命的意义，同时，也揭发出了一位医生长期以来对病人所犯下的罪行。

十三年前，还是巡警的狗探与同事捉获了一个连环杀人犯——有线电视维修工法索。13年后法索却被判无罪释放，法索从监狱里出来后准备迎接平静的新生活，可杀人事件又开始出现，是法索的恶性难改还是另有原因？一个双重性格到极度扭曲的人会做出一些如何不可思议的事情……

Monica根据数字命理把几桩看似毫无关联的凶杀案联系在了一起，Scully以一个科学家的身份质疑Monica的想法，可尸检却证明Monica是对的，一个追凶旅程就此开始。本集讲述了一个痴迷于数字命理的凶徒根据陌生人的出生年月日来决定行凶与否。片中还安排了一个神秘的命运老人，让我们明白何谓命运。

小男孩Tommy看到有怪物藏在自己的床下，并多次呼救，但爸爸说房间里并没有任何怪物，而Tommy的妈妈却离奇的自杀了。新扎师妹哈里森凭着对Scully的崇拜自动请缨接受此案，并激昂的发表自己对此案的另类看法，Scully觉得她只是一个对X档案过分迷信的新人，但哈林森这次似乎真的找到了破案的关键：Tommy的妈妈并不是自杀这么简单……

一个被孤抢侠崇拜得五体投地的女黑客最近行踪飘忽，她所经之处都会发生凶杀案，凶手就是她吗？孤枪侠面临着一个恐怖的阴谋，而这次他们要做出壮烈的英雄之举来保护人类的安全！

一个神秘的男人熟练的进入X档案办公室，并拿走了一些档案；狗探宝刀未老将此人抓获，经DNA测试，此人极有可能是Mulder！Scully怎么能轻易的面对这个人？！他浑身严重烧伤，面部被严重毁容，并且拒绝回答自己的身份。为了不让此人被更多人知道，Scully让他住到了自己家中，而某一个晚上，男人拿着一根针管一步步走向威廉……

Scully的一个学生，对于验尸有着特别的天分，他只要看着受害者的尸体便可以直接推断出凶手是谁，狗探想通过此人查清自己儿子死亡的真相！可过程却并不顺利，狗探经历了一场心灵战争。

Oliver是一个拥有超能力的孩子，他可以把想像中的事情变为现实，但由于从小就成为被研究对象，Oliver变得很孤独，直至成年，他都是孤独的生活在自己想像的世界中，可他不知道，他在运用超能力同时自己的身体正在受到严重的伤害。只有一个人和一样东西可以拯救Oliver，是谁？是什么呢？

失踪已久的Mulder终于又出现了！这次他混进了一个绝密的兵工厂，试图破坏影子政府的计划，不料超级战士诺尔再次出现，与Mulder展开殊死搏斗！Mulder宝刀未老借势将诺尔摔倒在高压电线……也因此，Mulder落下了谋杀军队要员的罪名…… Skinner挺身而出作为Mulder的辩护人，X档案的灵魂人物开始作为证人一个一个出场；基本上，本集是把X档案的主线捋了一遍，很多之前模棱两可的事情本集都作了肯定的回答。

军事法庭还是判了Mulder死刑，以打毒针方式执行……在这千钧一发的时候克许良心发现，和Skinner众人合力将Mulder救出监狱并叫他和Scully往加拿大方向逃，千万不要回头!Mulder并没有往北走，他走了反方向，去了一个印第安部落遗址，他要找一位先知，然后从他口中得出阴谋中的阴谋究竟是什么，一个他和Scully为此出生入死9年所调查的阴谋！