Scully assiste officieusement Doggett et Reyes pour découvrir les secrets de la contamination de l'eau. Leur enquête les mène à un vaisseau de la marine marchande, où ont lieu de très étranges expériences...

Un couple est trouvé mort dans sa cuisine ; il s'agirait d'un double suicide. Rien ne semble étrange. Et rien n'indique un phénomène surnaturel. Si ce n'est le jeu de scrabble sur la table de la cuisine : au centre est composé le mot «daemonicus», qui signifie «satan», «possédé par le démon»... Dogger et Reyes enquêtent... Pendant ce temps, Dana Scully donne des cours de pathologie médico-légale à l'école du FBI de Quantico...

L'agent Dogget surveille le domicile d'Erwin Lukesh, un meurtrier psychopathe. L'individu est soupçonné de trancher la langue de ses victimes. Reyes sert d'appât devant la boîte aux lettres de Lukesh, celle de l'appartement 4-D. Mais Lukesh, repérant la police, s'engouffre dans la cage d'escalier. Reyes le poursuit avant d'être égorgée. Dogget parvient à appréhender l'assassin quand celui-ci disparaît brutalement...

Un adolescent meurt alors qu'il exécute une cascade pour une émission de télévision à sensation diffusée sur une chaîne locale. Mais le médecin légiste est incapable de déterminer la cause de la mort et fait donc appel à Doggett et Monica. Lors de l'examen du corps, ces derniers voient le cadavre s'agiter et des mouches sortir d'un des yeux de l'adolescent défunt !

Scully découvre que Mulder lui a transmis un message via internet. Il y exprime son désir de la revoir. Plus tard, Doggett et Reyes informent Scully que quelqu'un, en possession d'informations concernant le programme des «Super Soldats», a tenté d'entrer en contact avec Mulder, le seul qui serait, selon cette mystérieuse source, capable de découvrir la vérité...

Allongé dans le hall d'un immeuble abandonné, Dogget est réveillé lorsqu'un drogué lui vole une de ses chaussures. S'en suit une poursuite au cours de laquelle Dogget remarque qu'à l'extérieur, tous les écriteaux sont en Espagnol. Il réussit enfin à l'intercepter quand la police survient. Dogget tente d'expliquer qu'il s'agit là de sa chaussure. Reconnaissant l'accent américain, le policier demande à Dogett son passeport, ce qu'il n'a plus sur lui. Aussi, quand l'agent lui demande son nom, il ne s'en souvient plus...

L'agent Reyes explique à Doggett et Scully les détails du meurtre de Victor Dale qui a été retrouvé... sans peau ! Une mutilation qui fut réalisée alors qu'il était encore vivant ! Le défunt avait eu des visions de sa mort, et de celles d'autres personnes pareillement dépouillées. Scully accepte d'aider Reyes, bien qu'elle estime que cette investigation ne relève pas des dossiers «non classés». En enquêtant, Dana découvre un lien avec une autre affaire, qui date des années 60...

Des inscriptions identiques à celles qu'avaient découvertes autrefois Mulder et Scully dans un vaisseau spatial en Afrique, sont retrouvées près du corps inconscient d'un motard. Poursuivi par des policiers pour avoir illégalement traversé la frontière entre le Dakota et le Canada, il a terminé sa course dans un ravin. Le FBI enquête, sans en informer le service des affaires non classées...

Au Canada, Zeke Josepho, un ancien officier de l'armée américaine, travaille à déterrer le vaisseau spatial... Pendant ce temps, au quartier général du FBI, Brad Follmer briefe une équipe sur l'enlèvement du bébé de Scully. Il révèle que Doggett est dans le coma. L'agent Comer sur lequel a tiré Scully, est, lui aussi, entre la vie et la mort à l'hôpital...

Monica Reyes dépose Doggett à son domicile. Sur le chemin du retour, elle est victime d'un accident de la route qui nécessite son hospitalisation. Lorsque le médecin approche une lampe de ses yeux, elle se réveille, mais dans une chambre totalement différente. Elle se trouve seule et l'établissement semble désert...

Surnommé le «tueur au tournevis», Bob Fassel, qui a passé treize ans derrière les barreaux pour avoir tué sept personnes, est innocenté par des tests génétiques. Doggett, qui avait contribué à son arrestation, quand il était policier à Brooklyn, est hors de lui...

Une femme blonde est découverte morte dans les toilettes d'un casino... Monica Reyes demande à Scully si elle adhère à la doctrine selon laquelle l'univers se réduit à une simple équation, la «Théorie du Tout». Scully affiche son scepticisme avant de découvrir que Monica tente de résoudre certains meurtres en ayant recours à la numérologie...

Tommy Conlon, un jeune garçon, entend un mystérieux bruit sous son lit et croit voir un reflet dans le miroir de sa chambre. Son père, ne le croit pas et ferme la porte, laissant son fils hurler à l'aide... A Quantico, l'agent Harrison, du FBI, montre à Scully la photographie d'une femme qui s'est poignardée. Le fils de celle-ci n'est autre Tommy. Il affirme que c'est un monstre qui a tué sa mère...

Sur un luxueux bateau ancré dans les Caraïbes, Morris Fletcher courtise une jeune femme lorsque, soudain, le bruit d'un moteur se fait entendre. Trois Bahamiens montent à bord, enlèvent la fille, et arrosent le pont d'essence. Le yacht explose. Morris est sauvé par des gardes-côtes, qui exigent la présence de Doggett et de Reyes...

Un couple de fermiers s'apprête à adopter un enfant prénommé William... Pendant ce temps, un inconnu, entré par effraction dans le bureau de Dogget, tente de dérober des documents. L'agent du FBI parvient à maîtriser le voleur. Ce dernier, surnommé le Respirateur, prétend alors être une victime de la conspiration des extraterrestres et connaître Mulder...

Dans un immeuble, l'agent Doggett découvre le cadavre d'une femme dissimulée derrière un mur en plâtre. Lors de l'autopsie effectuée par Scully, un étudiant prénommé Hayes lui fait remarquer qu'une victime trouvée deux semaines auparavant a été tuée de la même manière. Doggett et Reyes se lancent alors sur la piste d'un certain Regali. Ce dernier aurait un lien avec le meurtre de Luke, le fils de John.

En Californie, deux jeunes, Blake et Mike, visitent une maison qui, selon Blake, aurait servi de décor pour une série des années 70. Blake tombe nez à nez avec deux personnages de la série...

Mulder arrive en hélicoptère au Mount Weather Complex dans un bâtiment du gouvernement. Alors que tout le monde est guidé vers l'intérieur, Mulder parvient à s'échapper...

Mulder pénètre dans une zone sécurisée. Sur un ordinateur, il découvre une information capitale. Mais avant qu'il ait pu faire quoi que ce soit, Knowle Rohrer le trouve. Les deux hommes se battent. Mulder ne doit son salut qu'à l'intervention de Krycek...