Doggett indaga sulla morte di un ufficiale, la cui auto è stata scaraventata giù da un ponte dopo che questi aveva offerto un passaggio ad una donna. Doggett chiede aiuto a Scully. Nel frattempo Reyes deve vedersela con un nuovo vicedirettore, mentre Mulder è letteralmente scomparso.

Il bimbo di Scully dimostra alcuni segni poco umani. Doggett viene minacciato e poi salvato da Shannon mentre con Reyes indaga sui segreti relativi ad una contaminazione delle acque strettamente collegata ad un laboratorio clandestino a bordo di una nave. I due continuano la loro battaglia dentro l'FBI.

Doggett e Reyes indagano sull'omicidio di una coppia avvenuto in West Virginia. Il fatto di sangue ha tutti i segni di un rituale satanico di morte. Le indagini conducono poi i due agenti in una clinica psichiatrica.

Un assassino minaccia la vita di Doggett e Reyes. Sembra essere un passo avanti a tutti. Dopo una serie di eventi che hanno condotto Reyes a fare fuoco su Doggett, diviene chiaro che l'omicida possiede l'abilità di saltare da una dimensione all'altra ed alterare gli eventi di ognuna.

Doggett e Reyes investigano sulla morte di un ragazzo avvenuta durante una stupida prova di coraggio. Ma quando i due agenti, insieme a Dana Scully, esaminano il cadavere scoprono che questi è stato letteralmente invaso dalle mosche.

Scully viene avvicinata da una coppia che dichiara di poter mettere l'agente dell'FBI in contatto con un uomo che possiede informazioni su William e sul programma di super soldati. Ma quest'ultimo riferirà solo a Fox Mulder. Così viene deciso l'immediato ritorno del collega, ma Doggett non si fida.

Scully e Reyes collaborano per ritrovare Doggett il quale è scomparso. L'uomo si è risvegliato in una prigione messicana in preda ad amnesia. Subito diviene amico di un criminale locale che si occupa di spedire immigrati clandestini oltre il confine USA.

Reyes indaga su un uomo che è stato trovato scuoiato vivo dopo aver avuto delle visioni di altre persone decedute nello stesso modo. Reyes si rivolge a Scully, la quale trova subito un collegamento con un caso avvenuto nel 1960.

Quando alcuni pezzi dell'astronave aliena rinvenuta da Scully sulla spiaggia africana improvvisamente riemergono, la cospirazione all'interno dell'FBI tenta di insabbiare la storia. Doggett e Reyes temono per l'incolumità di Scully e William, e Scully è costretta così a prendere drastiche misure.

Scully viene a sapere che Mulder potrebbe essere morto. L'FBI continua a collaborare alle indagini, mentre William viene rapito dai membri del culto alieno. Con l'aiuto di Pistolero Solitario, Scully scopre le terrificanti verità che si nascondono dietro i rapitori di suo figlio e suo figlio stesso.

Dopo un terribile incidente stradale, Reyes versa tra la vita e la morte. Doggett non crede alla diagnosi dei dottori, mentre Reyes combatte per rimanere in vita in una sorta di limbo sospeso tra la vita stessa e la morte.

Scully, Doggett e Reyes indagano su un vecchio caso di Doggett, quello del "Killer del Cacciavite", del quale egli si era occupato quando faceva il poliziotto a Brooklyn. Il gruppo deve stabilire se l'uomo che è stato condannato ed ora appena rilasciato dalla prigione è il vero responsabile degli omicidi.

Con la partecipazione di Burt Reynolds. Un serial killer è guidato, nel compiere i suoi delitti, dalla numerologia. Occasionalmente costui si confronta con un tizio, il quale è conosciuto per i suoi consigli confusi. L'uomo aiuta Scully e Reyes nelle indagini le quali si rivelano più bizzarre del previsto.

L'Agente Harrison discute con Doggett e Reyes sul caso di un ragazzo, il quale sostiene che alcuni mostri hanno ucciso la madre. I tre agenti si recano a visitare la casa dove il padre si è ritirato con il piccolo e scoprono la verità che si cela dietro i mostri menzionati dal piccolo.

Gli agenti chiedono aiuto ai tre di Pistolero Solitario per ritrovare la loro vecchia amica Yves Adele Harlow, dopo che Morris Fletcher ha dichiarato che la ragazza è una dei "super soldati".

Doggett sorprende in ufficio un uomo sfigurato che stava cercando di impadronirsi di alcuni documenti inerenti la sorella di Mulder. L'uomo conosce molti fatti sulla storia degli X-Files e Doggett si convince che si tratta di Mulder. A William viene inoculata una misteriosa sostanza.

Doggett e Reyes indagano su un omicidio. Un testimone asserisce che l'interno della casa nella quale è avvenuto il delitto è uguale in tutto e per tutto al set della serie televisiva "La Famiglia Brady". Doggett si convince che l'uomo ucciso sia stato sparato dal soffitto della casa.

After not knowing Fox Mulder's whereabouts for the last year, A.D. Skinner and Agent Scully learn he's being held for the murder of a military man he couldn't possibly have killed: Knowle Rohrer, one of the government's secret super-soldiers. With Skinner acting as Mulder's defense, people who Mulder has dealt with during his last nine years as an FBI agent testify on his behalf. But the military tribunal isn't interested in the truth.

When an unexpected person comes to Mulder's rescue, Mulder refuses to slip north over the border to safety. Instead, he heads southwest to the Anasazi ruins of New Mexico seeking a mysterious wise man who the Indians call "The Keeper of the Truth".