Scully i Skinner počinju potragu za Mulderom. No novi agent John Doggett šef je službeni istražitelj i miješa se u njihovu istragu.

Potraga za Mulderom nastavlja se u arizonskoj pustinji. Gibson uvjerava Scully kako je blizu svom cilju.

Dok rješava svoj prvi slučaj X, seriju krvavih umorstava u koje su umiješana bića nalik na šišmiše, Doggett brzo shvaća da se njegove metode istrage razlikuju od Scullynih.

Scully izbjegava Doggettovu pomoć dok istražuje ubojstvo u zabačenom području države Utah. U provincijskom je gradiću zarobe članovi vjerskog kulta koji vjeruju da je biće nalik na puža drugo Božje uskrsnuće koje treba čovjeka domaćina da bi preživjelo.

Godine 1990. dječak je neobjašnjivo nestao sa školskog igrališta i otada mu nitko nije ušao u trag. Pojavio se iznenada deset godina poslije, a da nije ostario ni dana...

Ugledni odvjetnik budi se u zatvoru i saznaje da je protiv njega podignuta optužnica za ubojstvo žene. Uopće se toga ne sjeća, ali kad se dani počinju vraćati prema ubojstvu, shvaća da je dobio novu priliku. Kao gosti u epizodi glume Robert Patrick i Joe Morton, koji su surađivali i u filmu "Terminator 2". Patrick je glumio kiborga T-1000, a Morton je bio kreator budućeg superkompjutora.

Doggett i Skinner bez Scullyne pomoći pokušavaju zaustaviti tajanstvenu seriju ubojstava za koju je osumnjičen vođa vjerskog kulta. On može ući u snove ljudi koje poznaje i ubiti ih u snu.

Čovjek čija se krv naglo pretvara u metalnu leguru osvećuje se onima koji su izazvali takvo stanje njegova organizma. Na jednome mjestu u epizodi agent Doggett komentira kako metalne ljude možemo vidjeti samo u filmovima - primjedba na vlastiti račun, jer Robert Patrick koji glumi Doggetta, glumio je kiborga od tekućeg metala u Terminatoru 2.

Indijski mistik čiji je sin poginuo u nesreći kemijske tornice, ilegalno ulazi u SAD i osvećuje se dvjema obiteljima.

Doggett otkriva stari slučaj koji je Mulder rješavao potajno od Scully i počinje istraživati u nadi da će otkriti vezu s Mulderovim nestankom. Mulder se nakratko pojavljuje u epizodi iako samo u kratkim sjećanjima, a Scully uopće nema.

Scully i Doggett utrkuju se s vremenom kako bi istražili zarazu koja prijeti iz podzemnih tunela Bostona.

Scully i Doggetta za pomoć moli čovjek čija je žena ubijena ubrzo nakon što je rodila dijete izvanzemaljca. To potiče Scully da istraži slučajeve u kojima su Zemljanke oplodili izvanzemaljci i počinje sumnjati i u svoju trudnoću.

Doggett traži pomoć još jednog agenta koji će s njim tražiti Muldera. Kad Jeremiah Smith izliječi nekoliko ljudi otetih istodobno s Mulderom, Scully se suočava sa strahom da će naći Muldera mrtvog.

Ubrzo nakon što je Mulder pokopan, Billy Miles je nađen mrtav. No, nekim je čudom oživio. Skinner i Scully se nadaju da će otkopati Muldera i otkriti da je i on živ. Dok Mulder leži u bolnici, Krycek Skinneru nudi cjepivo protiv virusa koji je zarazio Muldera. Cijena cjepiva je da Skinner ubije Scullyno nerođeno dijete.

Kersh odbije Mulderovu molbu da ga opet dodijele Dosjeima X. Kersh se nada da će Mulder napustiti FBI. No Mulder je čvrst u namjeri da donese dokaze o izvanzemaljskoj invaziji.

Specijalna agentica Reyes moli Muldera za pomoć pri istrazi dotad neriješenog ubojstva sina agena Doggetta.

Mulder i Doggett zajedno istražuju nekoliko smrti na naftnoj platformi. Mulder je uvjeren da na platforni živi naftno čudovište.

Dok je Skali na dopustu, agenti udružuju snage i istražuju smrt starog čovjeka i nestanak njegovog sina, odjednom nestaje i Mulder.

Mulder i Doggett ponovno udružuju snage kako bi ispitali paljenje genetskog laboratorija u kojem je ubijen doktor optužen da je eksperimentirao s izvanzemaljcima. Kako istraga napreduje, agenti su sve uvjereniji da moraju zaštititi agenticu Scully i njezino dijete.

Mulder, Doggett i Skinner pokušavaju odbiti izvanzemaljske replikante i otkrivaju vezu koja vodi u FBI. Agentice Reyes i Scully odlaze na udaljenu farmu gdje će Scully roditi.