Никто не верит, что Малдера похитили пришельцы, несмотря на главного свидетеля — заместителя директора Скиннера. Скалли и Скиннер начинают собственный поиск Малдера, но новый агент, которому поручили работать со Скалли вмешивается в расследование.

По мере того, как поиски Малдера в пустыне Аризоны становятся интенсивнее, Гибсон Прайз убеждает Скалли, что она ближе к своей цели, чем предполагает.

С азартом взявшись за свое первое дело из разряда секретных материалов о серии жутких убийств, связанных с существом, похожим на летучую мышь, Доггетт быстро выясняет, что его техника расследования немного отличается от техники расследования Скалли.

Скалли отказывается от помощи Доггетта в расследовании дела о религиозном культе, чьи служители поклоняются существам, похожим на слизней.

Прокурор, обвиняемый в убийстве собственной жены, пытается доказать свою невиновность, но время в его жизни идет в обратную сторону.

Доггет и Скиннер пытаются предотвратить таинственные убийства, которые не входят в рамки обычного. Убийца — лидер религиозного культа, который не оставляет улик на месте преступления.

Снайпер, умеющий видеть сквозь стены, убивает людей. В деле замешаны два специалиста по уничтожению насекомых.

Недавно похороненный Рэй Пирс восстает из мертвых. Все люди, работавшие над проектом «умного металла» оказываются жертвами его мести.

Из Индии в Вашингтом прибывает последователь мистического культа, намеренный отомстить смертью за смерть. Как Скалли и Доггет остановить мага, который умеет изменять окружающую реальность?

Узнает о старом расследовании Малдера, которое тот держал в тайне от Скалли, Доггет отправляется по следам Малдера. В небольшом городке, где побывал Малдер за неделю до своего исчезновения, Доггет встречает женщину, которая явно что-то скрывает...

У Скалли и Доггетта есть лишь несколько часов, чтобы остановить распространение заболевания, появившегося в тоннелях метро Бостона. Скалли остается собирать информацию о болезни, а Доггет вместе с мини-камерой спускается в тоннель.

Чем больше Скалли узнает об искусственном оплодотворении женщин пришельцами, тем больше она задумывается о собственном ребенке и причинах его появления.

Доггетт просит другого агента помочь в деле похищения Малдера. Но когда внезапно люди, похищенные одновременно с Малдером, начинают возвращаться, страхи охватывают Скалли с новой силой.

"Одинокие стрелки" вместе с Уолтером Скиннером, Скалли и Доггетом хоронят найденное тело Малдера, прощаясь с ним навсегда. Но спустя три месяца когда один из похищенных "восстает из мертвых", и у Скалли появляется надежда на воскрешение недавно похороненного Малдера.

Заместитель директора Керш весьма доволен работой агента Доггета, за время работы которого процент раскрываемости дел существенно повысился, а потому не видит смысла в возвращении Малдера. В попытке вернуться к «Секретным материалам», Малдер переоценивает свои силы при поисках новых доказательств колонизации Земли инопланетянами.

Агент Рейес заручается поддержкой Малдера, пытаясь найти связь убийцы с оставшимся нераскрытым делом смерти малолетнего сына Доггетта. Узнав о том, что к делу присоединился Малдер, Доггет обрушивается на Малдера с обвинениями...

Малдер и Доггетт, сами того не желая, вынуждены вместе вести расследование смертей на борту плавучей буровой платформы, которая, по убеждению Малдера, на самом деле перевозит "чёрное масло" пришельцев.

Вместе с новой напарницей Лейлой Харрисон, назначенной в отдел "Секретные материалы" на то время, пока Скалли будет находиться в отпуске по беременности, Доггетт ведет расследование таинственного исчезновения двух людей. После исчезновения самого Доггетта Малдер, вопреки приказам, присоединяется к поискам.

Неофициальное расследование, проводимое Малдером и Доггетом, открывает новые факты истории беременности Скалли и раскрывает заговор против ее не рожденного ребенка.

Доггет, Малдер и заместитель директора ФБР Скиннер пытаются опередить инопланетных преследователей, чтобы обеспечить безопасное появление на свет ребенка Скалли.